他也在退休前一直在說：我已經是微軟公司的第二號人物了，我不再是微軟公司的決策者。
鮑默爾1980年加入微軟公司，是比爾聘用的第一位商務經理。隨後負責公司營運、操作係統開發等工作。
鮑默爾1998年躍升為總裁，負責微軟公司日常管理。
2000年鮑默爾被任命為首席執行官，比爾自己則改任公司首席軟件設計師，為他20年來的得力助手充當配角。而鮮為人知的是，這場角色換位令這一對有史以來最成功的商業搭檔一度幾乎分道揚鑣。
鮑默爾坐上了頭把交椅，但比爾仍手握大權，這引發了兩人間持續一年的爭奪戰。兩人的衝突讓公司的戰略決策陷入癱瘓，董事會成員隻好介入調停。
兩人在2001年言歸於好。當時比爾終於意識到他需要接受第二號人物的角色。比爾說，我必須改變。
如果這一次交接順利，那麼在很大程度上要感謝8年前的那場衝突促使兩人直麵一個關鍵問題：比爾能否讓他的這位朋友毫無羈絆地經營公司。微軟公司在計劃這最終的權力交接時，也汲取了那場危機的教訓。
交接在兩人心頭的分量，在微軟公司最高管理層3月份的一次會議上體現得淋漓盡致。
鮑默爾向與會者發表了開幕致詞，當他提到這是他和比爾以及傑夫·雷克斯一起參加的最後一次這樣的會議時，他的眼眶裏充滿了淚水。
雷克斯是微軟公司的老資格高管，也是鮑默爾的朋友，他也將加入比爾的慈善事業。
上個月，在比爾和鮑默爾的一次共同采訪中，兩人談到創建微軟公司時，鮑默爾眼裏含著淚水說：“這有點兒像生兒育女，比爾生出了孩子，而我就像是孩子小時候帶他的一個保姆。我們在一起共事其樂融融，這很好。我的意思是，這很重要，不過這就是我們做的。”
比爾笑著說：“進入2008年，權力交接已成定局的根據就是今春微軟公司對雅虎的收購努力。”比爾基本沒有參與此事，並表示交易背後的那個人是鮑默爾，而負責兩家公司技術合並工作的則是奧茲。
盡管現在看來這項計劃已經徹底失敗，而且將雅虎推到了競爭對手穀歌的懷抱，並引發了外界對鮑默爾判斷能力不足的質疑，但不管怎樣，比爾站在了鮑默爾一邊。在雅虎問題上，比爾和史蒂夫的看法是一致的。
有件事是顯而易見的：要不是鮑默爾願意接班，比爾是不會這麼快放手的。比爾的妻子梅琳達說：“比爾曾經多次跟我說過，如果史蒂夫不待在公司，他是無法放下微軟公司的。”如果史蒂夫做得不好，比爾也不會放心退休，他永遠不會。
下個月，鮑默爾就將搬入比爾多年來使用的辦公室。而今後，身為董事長的比爾每周將隻為微軟公司工作一天。對於未來的日子，鮑默爾說：“我不會因為任何事情找比爾幫忙，這是原則。利用他嘛，會的，但需要他！”
此次交接標誌著一段聞名遐邇的商業夥伴關係就此終結。這對夥伴締造出了一個嶄新的行業，孕育出許許多多的百萬富翁，還為全世界重新界定了電腦的使用方式。
在比爾的領導下，微軟公司還回擊了美國曆史上最激烈的反壟斷訴訟戰，而比爾積聚起來的個人財富成為他參與解決艾滋病等全球問題的資本。
微軟公司內部把比爾這次轉身稱為變遷。盡管比爾已安排好諸項事宜，但考慮到員工的心理變化，眾多業界人士預計，這場變遷會給微軟公司留下一條無形鴻溝。英國廣播公司報道說，微軟公司員工們樂於承認比爾即微軟公司。
1999年，反壟斷判決拖累美國股市微軟公司的另一位創始人保羅·艾倫。在回憶1983年離開微軟公司這段經曆時他說：如果人們並不是每天依照你的決定行事，你並不能時時意識到轉變角色將帶有什麼樣的戲劇性。
對於比爾來說，離開自己深愛的崗位並投身一些充滿不確定性的領域，也一定會遇到前所未有的挑戰和困難。比爾很清楚，慈善家這個身份與一直以來扮演的軟件之王角色絕對有天壤之別。
他說：“我們不可能舉辦一個針對瘧疾的國際展。你不能讓50000人聚集到一座城市，說比爾有關瘧疾的講話就要開始了。”比爾意識到，與數字世界領導者這個身份相比，參與基金會的工作意義更大。
他說：“這是一個全新的世界，與舊世界相比更為傳統。我們要進行計劃生育，資助與農作物有關的研究。一些人認為，你不應該借科學之力幫助窮人。但與涉及饑餓和死亡的問題相比，使用什麼樣的操作係統簡直不值一提。”
“比爾是永遠不可替代的。”這是鮑默爾在兩年前對公司領導班子所說的話。鮑默爾說，“相反，他們應該將比爾帶給微軟公司的東西複製下來。”
沒有比爾的微軟公司，能夠在前進的道路上走多久呢？微軟公司許多員工認為，鮑默爾比比爾更有闖勁，這可能也是比爾早在1980年就想讓鮑默爾加入微軟公司的原因之一。
從這個角度上來說，微軟公司今後肯定會繼續生存下去，但是生存的方式可能會有些不同。
用比爾最喜歡說的話來說，微軟公司很可能會繼續保留其硬核本色，就像比爾時代的微軟公司一樣。
不過，如果微軟公司遭遇危機，比爾能否抵擋住重返公司的誘惑，還不得而知。
在過去的10年間，有好幾位知名創始人在他們的公司遭遇困境時都義無反顧地回來主持大局，其中包括重塑蘋果公司的史蒂夫·喬布斯、戴爾公司的邁克爾·戴爾和星巴克的霍華德·舒爾茨。
谘詢公司的高級合夥人大衛·納德勒說，他們都有一種救世主情結，認為“我是唯一一個能讓公司重現輝煌的人”。
比爾表示：他樂意在某些長期項目上幫忙。
比爾對鮑默爾作出的其中一項承諾就是，除了繼續參加公司董事會會議之外，每周會花兩個半小時在“繼續與搜索”和廣告團隊合作的業務上。
但他明確表示不會重返微軟公司。
他說，那一頁已經翻過去了。
比爾從離開微軟公司後就很少參與微軟公司事務。
在2012年10月，比爾罕見地回到公司，鮑默爾和員工熱烈地歡迎了他。
比爾這次回公司的原因依然是慈善，微軟公司內部舉行了一個慈善慶祝晚宴。
比爾和鮑默爾透露，該公司成立30年來，其團隊成員已經籌集了10億美元，資助了31000個非營利組織和社區組織；微軟公司高達65%的員工參與了捐獻，同時也付出了與員工捐款相匹配的雇員誌願工作時間。