（二）家譜所記李自成祖父、父名、母姓為何與史載不符
青城《李氏家譜》世係部分未提到李自成的曾祖，隻記他的祖父叫李建和，父親叫李虹，母親是徐氏。這同樣與史載不符。
多種史籍說，米脂李自成的曾祖父、祖父、父親姓名分別是李世輔、李海（又名李勢）、李守忠（又有載李印、李務）。如《甲申傳信錄》卷六載：李自成“曾祖世輔，祖海，父守忠，一名印。”《流寇誌》卷四記李自成“祖海，父守忠。”《明季北略》卷五說：李自成“父名守忠，……守忠父李海，一名勢。”李自成建國時，頒布他和上輩名字避諱規定：“其一切文書避海、玉、光、明、印、受、自、務、忠、成等十字，不許用。”這裏均未提到“建”、“和”、“虹”字，可見李自成祖父李海、父李守忠是可信的。
他的母親姓氏，史料有呂氏、金氏、石氏三說，但無徐氏的說法。譚吉璁《延綏鎮誌》卷五之四記載，李自成建國時，“追尊其母呂氏為皇太後。呂氏者，懷遠堡人。”可見呂氏是可信的。
青城《李氏家譜》所記李自成祖父、父名與母姓，是否說明他是另一個李自成呢？這也是一個疑點。
（三）家譜所記吳三桂追趕李自成的情況是否可信
《李氏家譜》在序言中記載：
李斌提筆集禎詳，……誰想半世失榮昌。不知祖父無厚德，還是大明氣數亡。大明江山十七世，至因崇禎喪天榜。非我侄子闖國亂，魅星降在他身上。布衣起兵是天降，魅星下凡接（結）成黨，……可憐侄子李自成，非是惡心害家庭。也非官貴害黎民，此是天命到如今。
且說吳三貴（桂）將自成追趕到雲南口子羅共山下，自成單人獨馬，急時無力，三貴（桂）也如此。自成曰：“‘仁兄速回京地，九龍正位無臣無主，大業在你，殺死愚弟何以足乎？”將話言訖，三貴（桂）俱禮，勒馬急回，不知下事如何。
序言以詩的形式說明，致使明亡家衰的是李氏家族中“闖國亂”的李自成。接著記述了吳三桂追趕李自成至“羅共山”的情形。“羅共山”當為羅公山，雲南口子不見他書提到，按家譜所言應在羅公山附近。家譜寫的是“雲南口子”，有報紙寫成“雲南”不甚準確。
李自成、吳三桂都是領軍人物，不大可能都精疲力盡、單人獨馬對陣。吳三桂在山海關受到大順軍的打擊，為求自保最初向清軍求援時未必真降清，清人人關後便容不得他有何幻想，形勢所迫他也就真降了清，而且追擊李自成十分賣力，豈肯放過他？家譜所記情節應不可能，所記文字頗似說書，降低了記載的可信度。
多種史籍記載李自成結局時提到了羅公山或黔陽羅公山。《明季遺聞》卷一、《後鑒錄》卷八說他病死於羅公山，《明季北略》卷二十三說他病死於黔陽羅公山，《流寇誌》卷十四、《明史紀事本末》卷七十八則說他在黔陽羅公山被村民擊斃。《石匱書後集》也記他在羅公山被村民擊斃。青城《李氏家譜》也記載，李自成到了羅公山，但未說他在這裏死了。這是否值得注意呢？此家譜中的上列記載是李斌於順治年間所寫，上述書籍有的這時尚未成書，如《流寇誌》、《明季北略》成書於康熙十年（1671年）。即使有的已成書，當時難比現代書籍發行用時快，渠道多，居於青城邊地的李斌想必難得一見，不大可能依據這些書。會不會未死的李自成或在他失敗時仍追隨他的人後來到了青城，李斌聽到羅公山等情後記於家譜呢？似不能排除這種可能。
（四）李家為何移居甘肅青城，大量購置房產原因何在
《李氏家譜》在序言中記：“至大明崇禎大亂，金玉銀錢行發錢州，故鄉難守，奔馳跋涉，行至甘肅蘭州府皋蘭縣所屬地方一條城洛家莊子安家置業。”
在世係部分二世祖李斌下又記：“父子合家移於甘肅蘭州皋蘭水北門口袋巷豐盛永官店住身，後住於彭義太宅內。順治三年，……三子自興病故。……十月間，有條城堡商人錢得中，將自盛、自文代（帶）至條城，到他家中同居數月。四年二月間，自文投奔錢州，此地有從兄自成積下金銀銅錢四庫，望切此事。自幼出門無跡，隻留自盛。央請錢得中商議，置買洛家莊前後坐宅四處，出簷廈房二院，裝板廈房兩院。……時值賣價紋銀七百六十五兩整，即日銀契兩交無欠。……之後，改名李家台子。又買南武當龍水地一畝三分，作為菜園，此水地時值價銀每畝六十兩。……順治十一年八月初六日，斌祖升天。”