在常用的中草藥中，絕大多數無明顯的毒性及副作用，但也不是沒有不良反應。因此，服中藥也應當注意安全。
1.注意藥物的毒性 有些中草藥有一定的毒性，有的甚至有劇毒，如水銀、紅砒石、白砒石、斑蝥等。一些生藥的毒性也比較大，如生附子、生川烏、生草烏、巴豆、馬錢子等。這些藥物經過炮製毒性雖可大大降低，但藥量過大時仍可出現副作用，甚至中毒或死亡。
2.注意藥物的副作用 還有一些中草藥有副作用，尤其是服藥量大、用藥時間長及敏感體質者更易發生。如甘草可能出現低鉀血症、血壓上升、浮腫等；人參可引起不眠、高血壓、浮腫、鼻出血、軟便；黃連、桔梗、川芎、石膏、當歸等可引起胃部不適、食欲下降等；細辛可引起出汗、惡心、嘔吐、不安、麵紅、頸強、呼吸緊迫等；蘿芙木引起口幹、鼻塞、頭昏、嗜睡、心跳減慢、腹脹等；桃仁、牡丹皮、紅花、牛膝，巴豆、大戟、水蛭、虻蟲等可引起孕婦流產。中藥湯劑也能引起副作用，如黃連解毒湯、溫清飲、桔梗湯、五虎湯、四物湯、小青龍湯、當歸芍藥散、麻杏石甘湯等可引起胃部不適、食欲下降的副作用；三物黃芩湯、柴胡清甘湯、八味地黃丸、六味湯等可引起下利、腹痛的副作用。
3.注意藥物的過敏反應 有的中藥可引起過敏反應，如銀翹解毒丸服藥後兩小時左右，可出現胸悶、心慌、頭暈、惡心、嘔吐、渾身發癢、出風疙瘩，嚴重者可發生過敏性休克、血壓下降、麵色蒼白、四肢發涼、冷汗淋漓、神誌恍惚等。
4.注意藥物的配伍 中藥的配伍使用也很重要，有的藥物配合一起使用可降低毒性及副作用，如白虎湯中的石膏、知母苦寒傷脾胃，加一匙粳米，則可減少副作用；十棗湯中的大棗可製約大戟、甘遂、芫花的毒性；生薑可製約生半夏、生南星的毒性等等，特別應該注意的是中藥有十八反，不能放在一起服用。
5.注意藥物不良反應 自1998年起，北京、上海、南京等地的一些大醫院陸續收治因服中成藥而患腎病的患者，其中以服用龍膽瀉肝丸者為多。龍膽瀉肝丸用於治療肝膽濕熱所致頭暈目赤、耳鳴耳聾、脅痛口苦，以及由此所致的濕熱帶下、痤瘡等病症，療效顯著，已有幾百年的曆史，且很少發生不良反應。經調查發現，龍膽瀉肝丸中使用的中藥木通是東北馬兜鈴的幹燥藤莖，味苦、性寒、有毒性，其莖葉含馬兜鈴酸，對腎髒有較強毒性，可損害腎小管功能，導致腎衰竭，叫馬兜鈴酸腎病。目前，國家中醫藥管理局及藥品監督管理局已決定禁止使用關木通，並將龍膽瀉肝丸歸為處方藥。另外，據知含有馬兜鈴酸的藥用植物還有細辛、青木香、馬兜鈴等。
總之，中藥也有一定的毒性和副作用，服用時亦需遵醫囑，謹慎為宜。