為控製動物食品藥物殘留，必須嚴格遵守休藥期，控製用藥劑量，選用殘留低、毒性小的藥物，並注意用藥方法與用藥目的一致。在農業部2001年頒發的《飼料藥物添加劑使用規範》中規定有各種飼料添加劑的種類和休藥期。農業部於1999年9月發布了修訂後的《動物性食品中獸藥最高殘留限量》，規定了上百種獸藥的最高殘留限量，其中氯黴素、製黴菌素、潮黴素在所有動物可食用組織中殘留量為零，其他抗生素最高殘留限量如下（μg/kg或μg/L）：氨苄西林，肌肉中50，腎髒中50，奶中4；安普黴素（牛），肌肉中1000，肝髒中10000，腎髒中20000；杆菌肽（牛、豬、禽可食組織）500；土黴素，肌肉中100，肝髒中300，腎髒中600，奶中100，蛋中200；馬杜黴素（禽），肌肉中240，肝髒中720。
2.磺胺類藥物
磺胺類（Sulfanilamides）藥物是一類具有廣譜抗菌活性的化學藥物，廣泛應用於獸醫臨床。磺胺類藥物於20世紀30年代後期開始用於治療人的細菌性疾病，並於1940年開始用於家畜，1950年起廣泛應用於畜牧業生產，用以控製某些動物疾病的發生和促進動物生長。
磺胺類藥物根據其應用情況可分為三類，即用於全身感染的磺胺藥（如磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲嘧啶）、用於腸道感染、內服難吸收的磺胺藥物和用於局部的磺胺藥（如磺胺醋酰）。我國農業部在1999年9月發布的《動物性食品中獸藥最高殘留限量》中規定：磺胺類總計在所有食品動物的肌肉、肝、腎和脂肪中最高殘留限量為100μg/kg，牛、羊乳中為100μg/kg。
磺胺類藥物殘留問題的出現已有近30年時間了，並且在近15～20年內磺胺類藥物殘留超標現象很嚴重。很多研究表明豬肉及其製品中磺胺藥物超標現象時有發生，如給豬內服1%推薦劑量的氨苯磺胺，在休藥期後也可造成肝髒中藥物殘留超標。按治療量給藥，磺胺在體內殘留時間一般為5～10d，肝、腎中的殘留量通常大於肌肉和脂肪，進入乳中的濃度為血液濃度的1/10～1/2。
磺胺類藥物大部分以原形態自機體排出，在自然環境中不易被生物降解，從而導致再汙染，引起獸藥殘留超標。
3.促生長劑（激素）類藥物
激素是由機體某一部分分泌的特種有機物，可影響機體機能活動並協調機體各個部分的作用，促進畜禽生長。20世紀人們發現激素後，激素類生長促進劑在畜牧業上得到廣泛應用。但由於激素殘留不利於人體健康，兒童食用含有生長激素的食品可以導致早熟，另外，激素通過食物鏈進入人體會產生一係列其他的健康效應如導致與內分泌相關的腫瘤、生長發育障礙、出生缺陷和生育缺陷等，給人類健康帶來深遠的影響，因此有許多種類現已禁用。我國農業部規定，禁止所有激素類及有激素類作用的物質作為動物促進生長劑使用，但在實際生產中違禁使用者還很多，給動物性食品安全帶來很大威脅。
激素的種類很多，化學結構差別很大，可從兩個方麵進行劃分：按化學結構可分為固醇或類固醇（主要有腎上腺皮質激素、雄性激素、雌性激素等）和多肽或多肽衍生物（主要有垂體激素、甲狀腺素、甲狀旁腺素、胰島素、腎上腺素等）兩類，按來源可分為天然激素和人工激素。
天然激素指動物體自身分泌的激素，合成激素是用化學方法或其他生物學方法人工合成的一類激素。人工合成的激素一般較天然激素效力更高。合成激素有雄性激素、Trenbolone acetate（TBA）、孕激素、十六亞甲基甲地孕酮以及乙烯雌酚、乙雌酚、甲基睾酮、Zeranol等。β—興奮劑（β—Agonist）是一類化學結構與腎上腺素相似的類激素添加劑物質，主要種類有：Clenbuted（雙氯醇氨、克侖特羅、克喘素、氨哮素）、Cimaterol（息喘寧）、Ractopamine（來可多巴胺）和Salbutamol（沙丁胺醇、阿布叔醇、舒喘寧）等十餘種。
在畜禽飼養上應用激素製劑有許多顯著的生理效應，如加速催肥，還可提高胴體的瘦肉與脂肪的比例。使用激素處理肉牛和犢牛可提高氮的存留量，從而提高增重率和飼料轉化率。性激素是曾廣被研究和應用並有著非常顯著應用效果的甾體類生長促進劑。20世紀60～70年代，美國80%～90%的育肥牛用了此類激素。生長激素是由動物腦垂體分泌的單鏈多肽分子，對蛋白質合成、糖代謝、水代謝和提高細胞對氨基酸的通透性均有促進作用，因而促生長效果明顯，這種激素存在種的特異性。近年來，人們將有的生長素基因直接轉入動物，創造出了轉基因魚、轉基因豬和轉基因牛等動物，增加內源性生長激素的數量來代替外源生長激素的給予，提高動物的生長發育速度。
β—興奮劑可以促進動物營養的再分配，所以又稱重新分配劑，20世紀80年代美國率先將其應用在畜禽飼養中，應用效果表現為動物胴體瘦肉率很高，動物生長加快。
4.其他獸藥
除抗生素外，許多人工合成的藥物有類似抗生素的作用，例如呋喃類、抗寄生蟲類等藥物。化學合成藥物的抗菌驅蟲作用強而促生長效果差，且毒性較強，長期使用不但有不良作用，而且有些還存在殘留與耐藥性問題，甚至有致癌、致畸、致突變的作用。化學合成藥物添加在飼料中主要用在防治疾病和驅蟲等方麵，也有不少毒性低、副作用小、促生長效果較好的抗菌劑作為動物生長促進劑在飼料中加以應用。