2.慢性毒性
目前使用的絕大多數有機合成農藥都是脂溶性的，易殘留於食品原料中。若長期食用農藥殘留量較高的食品，農藥則會在人體內逐漸積累，最終導致機體生理功能發生變化，引起慢性中毒。許多農藥可損害神經係統、內分泌係統、生殖係統、肝髒和腎髒，影響酶的活性，降低機體免疫功能，引起結膜炎、皮膚病、不育、貧血等疾病。這種中毒過程較為緩慢，症狀短時間內不很明顯，容易被人們所忽視，潛在的危害性很大。
3.特殊毒性
目前動物實驗已證明，有些農藥具有致癌、致畸和致突變作用，或者具有潛在“三致”作用。
研究發現，很多急性與慢性病的誘發都與使用化學農藥有關。例如，有一種控製植物病原體的農藥DBCP，在動物實驗中能引起睾丸機能障礙，對人體的影響則是導致接觸DBCP生產流程的工人不育。動物實驗累積的大量證據證明，化學農藥還會產生免疫係統機能障礙。尤其值得憂慮的是，用於大量代替有機氯的有機磷農藥，可能導致某些不可逆轉的神經性疾病，還會對記憶、情緒與抽象思維方麵產生不良影響，並已證實，即使在急性中毒症狀消失以後，持續的毒性仍然存在。
四、農藥殘留限量
為了保證人類的飲食安全，確保人體健康，世界各國都非常重視食品中農藥殘留的研究和檢測工作，製定了農藥允許限量標準。FAO/WHO農藥殘留專家委員會聯席會議（Joint FAO/WHO Meeting on Pesticide Pesidues，JMPR）規定了多種食品中農藥的最高殘留限量（Maximum residues limit，MRL）、人體每日允許攝入量（Acceptable daily intake，ADI），到1999年底已製定農藥殘留限量3274項。美國食品與藥物管理局（FDA）和歐盟也有相應的標準。2000年歐盟發布了新歐盟指令2000/24/EC，對茶葉中農藥殘留量作了修改，殺冥丹的MRL由20mg/kg降至了0.1mg/kg，新增加的殺蟎特、殺蟎脂、燕麥靈、甲氧滴滴涕、枯草隆、乙滴涕、氯殺蟎等農藥的MRL均為0.1mg/kg，到了2001年7月1日，歐盟僅對茶葉中規定執行的農藥殘留限量標準已達108項。我國也很重視食品中農藥殘留與危害問題，根據食品毒理學評價資料和我國食品中農藥殘留實際情況，製定和頒布了農藥的ADI值、食品中農藥的MRL。
我國農產品出口主要市場是日本，2006起日本對我國進口的蔬菜等實施“肯定列表製度”，這對我國一些蔬菜出口企業產生了強烈的衝擊。日本“肯定列表製度”涉及對所有農業化學品的管理，在該製度下，對所有農業化學品製定了限量標準，包括：“暫定最大殘留限量標準”（以下簡稱“暫定標準”），和“一律限量標準”（以下簡稱“一律標準”），此外，還製定了“豁免物質”清單。
日本“肯定列表製度”涉及的農業化學品殘留限量包括4個類型：
（1）“暫定標準”共涉及農藥、獸藥和飼料添加劑734種、農產品食品264種（類）、暫定限量標準51392條；
（2）沿用原限量標準而未重新製定暫定限量標準，共涉及農業化學品63種、農產品食品175種、殘留限量標準2470條；
（3）“一律標準”是對未涵蓋在上述標準中的所有其他農業化學品或其他農產品製定的一個統一限量標準，即0.01mg/kg；
（4）豁免物質共68種，包括殺蟲劑和獸藥13種、食品添加劑50種和其他物質5種。
此外，還有15種農業化學品不得在任何食品中檢出，有8種農業化學品在部分食品中不得檢出，涉及84種食品和166個限量標準。
農產品中農藥的汙染成為國際上日益關注的問題，農藥殘留標準已成為各國間貿易保護的重要技術壁壘，為此引起了各國的高度重視。為了減少國際貿易間的糾紛，做到互相兼容，FAO/WHO食品法典委員會下設兩個專門負責製定和協調農藥殘留法規和食品中農藥最高殘留限量的組織：農藥殘留專家委員會聯席會議（JMPR）以及農藥殘留法典委員會（Codex Committee on Pesticide Residues，CCPR）。JMPR負責農藥安全性毒理學學術評價，隻修訂農藥的每日容許攝入量，僅從學術上評價各國政府、農藥企業、公司提交的農藥殘留試驗數據、市場監測數據，提出最高殘留限量推薦值。CCPR負責提交進行農藥殘留和毒理學評價的農藥評議優先表，審議JMPR提交的農藥最高殘留限量草案，製定食品（和飼料）中農藥最高殘留限量法典。截止到2002年，FAO/WHO已經正式頒布155種、2322項農藥最高殘留標準。美國共製訂近10000項最高農藥殘留限量標準。德國製定200種農藥3400餘項最高農藥殘留限量標準。日本衛生省對218種農藥製訂出了9000多個最高殘留限量。到目前為止，我國已經製定了79種農藥在32種（類）農副產品中197項農藥的最高殘留限量國家標準。與國際先進國家相比較，我國現行的農藥殘留限量標準製定工作還有待於進一步加強，尤其是現行標準中存在作物分類不細、標準數量少等突出問題。
五、農藥殘留分析
殘留分析屬於痕量分析範疇，分析的農藥及樣品基質種類多、成分複雜，分析中投入的成本高。分析的結果經常用於政府管理部門作為貿易、生產等活動的決定性依據，具有極大的責任和權威性。
農藥殘留分析一般包括以下步驟：①樣品的采集和製備；②樣品的提取和濃縮；③淨化；④農藥的定性定量分析。
樣品的采集和製備是農藥殘留分析中最基礎的工作，樣品的采集應是有代表性的，並且滿足分析測定精度的要求。由於大多數農藥極性較弱，在農產品中含量少，因而在提取過程中多用丙酮、乙腈和石油醚等有機溶劑提取；在提取時，同時會將脂肪、色素等雜質一同提取出來，所以須進行淨化處理，常見的淨化方法有液—液萃取法、柱層析法和化學處理法。通過淨化得到的溶液經過濃縮定容後即可進行定性定量分析。
農藥殘留分析方法一般有氣相色譜法、液相色譜法、薄層色譜法和酶免疫分析法等。目前采用較多的是氣相色譜法和高效液相色譜法，它們具有操作簡便、靈敏度高、重複性好、線性範圍寬等優點。
氣相色譜法多用於檢測含磷、含硫有機物，如有機磷農藥等。
高效液相色譜法多用於不易汽化或受熱易分解的農藥的檢測，如多菌靈、氯苯胺靈、滅幼脲、甲霜靈、麥草靈等。