1998年6月，中情局局長喬治·特尼特在和幾名官員和助手商量之後，最終做出了一個遺憾的決定：行動取消。
就在這項秘密行動被取消之後兩個月，1998年8月7日，“基地”組織的自殺襲擊者同時對美國肯尼亞和坦桑尼亞的使館發動了震驚世界的自殺式襲擊，共造成224人死亡，4000多人受傷。
在中情局總部大樓，當情報官員和分析家從電視上看到慘不忍睹的畫麵時感到無比的痛心和憤怒。一名中情局官員後來回憶說，當時負責追蹤本·拉登的一名情報官員就直接衝著特尼特發泄心中的不滿。“你要對這些死者負責，”這名憤怒的官員對特尼特大聲嚷道，“那時你完全有機會抓到他，但是你卻沒有根據我們獲得的情報采取行動。”
顯然，這名官員所指的就是放棄對塔爾納克莊園的突襲行動。這番公開的指責讓特尼特顯得十分尷尬。在美國朝野施加的巨大壓力之下，特尼特終於決定要對本·拉登采取行動，但那時本·拉登已經離開了塔爾納克莊園。
從此以後，特別行動小組再也沒有找到對本·拉登下手的良機。因為自從美國在1998年8月20日向阿富汗境內的“基地”組織營地發射導彈之後，本·拉登就變得行蹤不定，而且關掉了移動電話，增加了保鏢人數。1999年，特別行動小組曾經計劃對本·拉登在喀布爾的一處住所采取行動，但是當他們靠近住所時遭到了槍擊，導致一人受傷。追捕行動也就無疾而終。
幾年後，一位退休的“拉登處”特工朔伊爾這樣說道：“我們有很多機會可以幹掉他（本·拉登），尤其是在1998年到1999年之間。這樣的機會至少有8到10次。中情局向‘上麵’報告了所掌握的情況，並提出抓住他或從空中對他進行軍事打擊的可行性報告，但沒有一次得到批準。決策者擔心，美國一旦采取行動，將會被指控為搞暗殺。這樣做一是代價太大，二是會得罪歐洲人，三是會引起穆斯林的憤怒。這些機會都出現在克林頓時代。”
正如朔伊爾所說，“9·11”之前，中情局有太多的機會使本·拉登無法活生生地看到“9·11”慘案。朔伊爾回憶說：“1998年12月，我們得到情報，本·拉登某晚在阿富汗坎大哈城的一所房子裏過夜。我們非常準確地掌握了這個地點，並再次提出用導彈或飛機從空中幹掉他。但這一方案又被否定了，原因是那座房子的隔壁是清真寺。決策者擔心會炸毀那座清真寺，從而引起伊斯蘭世界的憤怒。”朔伊爾說，“如果那時幹掉了本·拉登，就不至於（在“9·11”事件中）喪失3000條美國人的生命。”
不過到了1999年3月，又有一次機會擺到了中情局麵前。“拉登處”得到情報，本·拉登正在阿富汗南部沙漠中的一個狩獵營裏和某中東國家的幾名王子一起享樂。“拉登處”提議用導彈把整個營地夷為平地，但是遭到了拒絕。白宮最擔心的是，導彈會同時傷及那些王子，由此會帶來很多負麵的影響，會使美國在伊斯蘭國家陷入更大的危機。
1999年10月的一天，美國中情局反恐中心的一個特工小組飛到了塔吉克斯坦共和國首都塔什幹。這個特工小組代號“JAWBREAKER-5”，組長是中情局反恐中心本·拉登行動小組的負責人裏克。他是一個在阿爾及利亞以及其他發展中國家摸爬滾打許多年的老特工。特工小組來到塔什幹的一個秘密機場，在那裏登上一架蘇製的米-17運輸直升機，旋即向白雪皚皚的阿富汗北部山區飛去。特工小組此行的任務是拉攏阿富汗北方聯盟最高軍事指揮官馬蘇德，一起來幹掉本·拉登。裏克直言不諱地對馬蘇德說：“我們有共同的敵人，那就是本·拉登，讓我們攜起手來吧！”
中情局的“JAWBREAKER-5”情報小組在阿富汗工作了幾個月之後，中情局反恐中心接到情報說，本·拉登將秘密造訪賈拉拉巴德東部山區內的“德魯塔訓練營”。中情局反恐中心的本·拉登小組立即將此情報交給馬蘇德，告訴本·拉登已經來了。馬蘇德立即糾集起數隻毛驢，馱上蘇製火箭，然後派出一個突擊小組潛伏到“德魯塔訓練營”附近的一座山上。當小組上路後，馬蘇德向中情局蘭利總部彙報了他的計劃：用火箭彈來消滅本·拉登。
沒想到這立即引起了中情局法律專家的警覺，因為白宮的法律部門可沒批準中情局可以跟馬蘇德搞這樣的純軍事行動。實際上，現在等於是中情局給情報讓馬蘇德行動，所以最後的板子是要打到中情局頭上的。為此，反恐中心趕緊發出一封電報：立即取消這次行動！
2001年9月9日早晨，馬蘇德接受兩名阿拉伯記者的采訪。結果隱藏在攝像機內的炸彈發生爆炸，馬蘇德當場死去。數小時後，馬蘇德的情報助手打電話給中情局，幾乎無法解釋馬蘇德的情況。中情局官員問：“馬蘇德呢？”馬蘇德的助手回答說：“他在冰箱裏了！”顯然，他不會用英語表述“停屍房”。2001年9月10日早晨，全世界都知道馬蘇德死了。
從1999年末直到2001年8月，中情局幾乎每隔一個月就會向白宮提出一次本·拉登要攻擊美國的警告。“狼來了”兩年後，已經沒有人相信中情局的警告了。
到了小布什時代，中情局對本·拉登似乎已經沒有了從前的敏銳感覺了。2000年10月12日，美國“科爾”號驅逐艦在也門的亞丁港遭到一艘滿載炸藥的小型橡皮艇的自殺式攻擊，中情局黯然神傷。也就是從那時起，本·拉登變得異常謹慎，行動十分詭秘，甚至有時候一天要換三個地方。“拉登處”通過各種手段搜集情報，都無法得知本·拉登到底在哪裏。
2001年9月11日，本·拉登和他的手下終於對美國下手了，襲擊了美國華盛頓和紐約，製造了驚動全球的“9·11”慘案。
而從“9·11”之後，本·拉登更成了神奇的影子，他完全進入地下秘密活動狀態，想發現他已非常困難了。另外，美國發動的對薩達姆的戰爭實際上幫了本·拉登“美國是伊斯蘭的敵人”的宣傳，“伊拉克戰爭，使一些穆斯林更相信本·拉登，認為美國確實是一個殖民主義大國”。這一切對美國都不利，而本·拉登在“9·11”後更是給中情局出了一個難題——那就是中情局能不能把他抓捕歸案，最後送上審判席？
“9·11”事件爆發後的9月17日，小布什向特尼特和中情局發出最高機密指令，命令中情局追蹤、逮捕、拘禁並訊問全球各地的嫌疑分子，而且沒有定下任何限製。中情局官員以及被他們聘用的人可以利用刑訊等手段對他們所懷疑的人進行審訊。於是有近1000名嫌疑犯被中情局扔進了阿富汗、泰國、波蘭的秘密監獄，以及美國設在古巴的監獄。另外還有幾百名嫌疑人則交給了埃及、巴基斯坦、約旦和敘利亞的情報機關審問，中情局在一旁協助。
中情局還派遣了數十名特工，深入巴基斯坦與阿富汗交界處的部族地區。中情局一直都認為，本·拉登就藏在這個地區。這也難怪，巴阿邊界長達2400公裏，這是“基地”組織在地球上最集中的地方，中情局的報告指出，這裏缺乏任何防守，毗鄰阿富汗的兩個巴基斯坦省——俾路支省和西北邊疆省，一個是荒涼遼闊、酷熱難耐；一個是山高路險、要塞當關。世界上最大的部族普什圖族就居住在這兩個省，他們的個性是好客、報複和榮譽，更大的特點就是對“基地”人慷慨熱情。
2001年11月，在阿富汗首都喀布爾建立中情局機構的特工格雷·貝斯特恩獲得情報：本·拉登和約1000名追隨者藏匿在托拉波拉地區的黃山中，他立即通知了軍隊，美國人第一次采取了針對本·拉登的大規模軍事行動。
格雷·貝斯特恩和他的戰友們在阿富汗向導的指點下，用了兩天時間才攀過10多公裏的崇山峻嶺，發現了本·拉登的營地。營地裏駐紮了六七百人，卡車、崗哨、機槍一應俱全。格雷·貝斯特恩叫人支起了激光定位儀鎖定目標。美國佛羅裏達的美軍中央司令部開始行動。3天後，B-1B和B-2轟炸機、F-14戰鬥機轟炸了“基地”組織的營地。但本·拉登並沒有被炸死，而是與一批人逃進了山林更深處。
貝斯特恩後來說：“我們找到了一部基地組織成員的步話機，並請來了中情局最權威的阿拉伯人，他研究本·拉登的聲音有5年之久，因此，我們可以確定那就是本·拉登的聲音。通過步話機，我們一直能聽到他在祈禱、說話，呼籲他的部隊堅持戰鬥。”
貝斯特恩覺得應該乘勝追擊，所以，他成了追捕本·拉登12人小組的成員，這12人和一些空中力量牽製住“基地”分子，協同阿富汗兵力一起形成三麵夾擊之勢。貝斯特恩後來說，當時很多次他都覺得本·拉登唾手可得。通過步話機，他們聽到本·拉登已彈盡糧絕，希望得到當地阿富汗人的供給。“我們給他們送去了食物，並在其中附帶了全球定位係統。確定了本·拉登藏匿的確切地點。我們投擲了82枚炸彈，一枚重達1.5萬磅、大如汽車的炸彈，把他們炸了個稀巴爛。”可就在12月15日，他又聽到了本·拉登的聲音出現在廣播中。
那一天，貝斯特恩黯然地離開了阿富汗，回到美國。
2004年1月份，中情局再次得到可靠情報，美國和巴基斯坦展開了“鐵砧行動”，雙方動用了7萬部隊，到巴基斯坦與阿富汗交界處的部族地區進行“掃蕩”，企圖把“基地”要員驅趕到守候在阿富汗邊境的美軍的懷抱之中，但是依然一無所獲。
2004年1月剛上任的美國參謀長聯席會議主席理查德·邁爾斯說，美國正在采取極大的努力搜捕本·拉登。他說，近幾個月以來，美國已經鎖定了一些本·拉登可能藏身的區域。
本·拉登終於被擊斃
2009年9月13日，“基地”組織在一家伊斯蘭網站又公布了本·拉登的講話錄音《給美國人民的聲明》——幾乎美國每換一回總統，本·拉登就要發表一次這樣的講話錄音——本·拉登在講話中稱，奧巴馬沒有能力結束伊拉克和阿富汗的戰爭。本·拉登指出，奧巴馬就任總統後依然留用了布什政府的許多軍事領導人，例如國防部長蓋茨，人們因此知道，奧巴馬沒有對美國的外交政策作出根本的改變，沒有能力像他許諾的那樣結束戰爭。本·拉登還對美國和以色列保持親密關係發出警告。他說：“20多年來，我們已經說過多次，我們與你們的分歧在於你們支持占領巴勒斯坦土地的以色列，你們遲遲不能理解這些原因，並為此付出代價。”他再次警告：“如果你們結束戰爭，那就好；否則，我們將從一切可能的方向繼續進行這場消耗戰。”
從2001年9月到2010年9月，整整9年的時間過去了，本·拉登除了偶爾在錄像中露麵外，在中情局眼中依然是神龍見首不見尾。9年以來，中情局一直和巴基斯坦三軍情報局聯手搜捕本·拉登，巴基斯坦三軍情報局雇用當地情報員搜集線索，可這種聯手行動的效果一直不理想。中情局中的許多人對三軍情報局並不信任，認為該局同瓦濟裏斯坦地區的普什圖人有著很密切的關係，而在中情局眼中，普什圖人是本·拉登的朋友。中情局陸續派出大量特工到巴基斯坦，可惜沒有任何成績。很多特工都覺得追捕本·拉登的工作已經漸漸失去意義。
在很多人印象中，中情局的偵察飛機可以從高空拍攝到最清晰的圖片，而衛星甚至可以發現山坡上的小羊。本·拉登那樣一個大活人不可能每天都躲在暗處，為什麼發現不了他呢？中情局本身道出了問題所在：美國缺乏情報人員。
那位曾經險些把本·拉登捉住的特工貝斯特恩說：“我們需要情報人員才能滲透到他們的組織裏，可是我們的情報人員遠遠不夠。”
克林頓任職期間，中情局進行了一次大規模的裁員行動。貝斯特恩認為：“大量裁員必將導致情報人員的流失。我們不可能突然雇傭到一流的人才。建立一個有效的情報機構至少需要7年時間。”
讓人並不感到驚訝的是，“9·11”事件發生時，中情局在阿富汗竟然沒有一個專業的情報人員。擅長阿拉伯語言的情報人員屈指可數。那位被捉住的卡西在一次受中情局訊問時，問他如何能捉住本·拉登，他的回答是：“關鍵是擴展信息來源，你必須得在大量信息中去偽存真，找到最有用的信息，而且情報最容易過時，所以必須快速反應。”這正是中情局最致命的弱點所在。
多年以來，本·拉登的下落始終是很多人關注的焦點，中情局無法得到可靠情報，所以隻能道聽途說。以色列情報組織認為，本·拉登在伊朗或阿富汗北部，中情局點頭；巴基斯坦總統穆沙拉夫堅持認為，本·拉登仍在阿富汗，中情局點頭；阿富汗總統卡爾紮伊則堅持，他已經逃往巴基斯坦，中情局還是點頭。阿富汗一個軍閥戲謔中情局說：“美國抓不到本·拉登的原因之一，就是有太多的傳言，可憐的美國人如無頭蒼蠅，不知道相信誰好。他們以為用錢就能解決一切問題。”
中情局除了在巴基斯坦和本·拉登出沒的地方放置並不能得到情報的特工外，最常用的就是使用信號監聽，也就是對無線電信號進行截獲和破譯，除此之外，中情局還在巴基斯坦西北部“基地”組織活動頻繁的地區部署了“捕食者”遙控偵察機和“死神”無人攻擊機。“死神”無人攻擊機上安裝有“死光”的尖端武器，它采用了尖端的化學和生物技術，應用了當今最先進的納米技術、遙感技術等，可在幾百英裏之外“聽”清本·拉登的聲音，“聞”到本·拉登的氣味，並發起導彈攻擊。可是，本·拉登用土辦法靜默了一切可以導致被監聽的裝置。即使必須傳遞信息時，他也是用身邊的人去送信。
從2001年“9·11”事件發生至今，已經過去了10 年，本·拉登一直逍遙法外。然而，本·拉登的生命卻在2011年的春夏之交終結了。這位在“9·11”恐怖襲擊事件後“隱居”了將近10年的“基地”組織大頭目最終沒有逃過美軍的追殺。2011年5月1日，這位藏身巴基斯坦北部城市的“恐怖大亨”被美軍特種部隊擊斃，其遺體身份得到確認後，迅速被葬入大海。
本次行動開始前，美國總統奧巴馬下達了“隻要死拉登”的命令。
事後美國總統奧巴馬說，首次了解到本·拉登蹤跡的線索是在2010年8月，直到2011年4月下旬，關於本·拉登下落的情報才得到了確認，得知拉登的確是藏身在距巴基斯坦首都伊斯蘭堡約64公裏處的阿伯塔巴德市的一幢房子裏。拉登生前藏身的這幢兩層房子從外表看去並沒有什麼特別之處。 這棟“豪宅”建於2005年，價值約100萬美元，裏麵設施一應俱全，並且有逃生的地道，但沒有電話和互聯網服務，隻有為數不多幾個保鏢和服務人員，此外還有本·拉登的妻子和家人。美國官員最終確定，這裏就是本·拉登的“家”。
此前，西方媒體曾多次宣稱，拉登為了躲避美軍，一直在巴基斯坦和阿富汗交界地帶的崇山峻嶺中“穴居”，並多次披露其“早已因健康原因喪生”。不過，事實證明，拉登還是采取了“大隱隱於市”的做法，在距離巴基斯坦軍事學院不遠的居民區內藏身數年。