華倫斯坦從此聲名大振。斐迪南本想重賞華倫斯坦，可是，一些忌妒華倫斯坦的佞臣在斐迪南麵前誹謗他，耳軟的斐迪南聽信讒言，撤了華倫斯坦的職，還解散了華倫斯坦招募的軍隊。
此時，新教同盟之一的瑞典強大起來，瑞典國王早就垂涎德國富饒的土地。1630年，瑞典出兵攻打德國。在很短的時間內，德國北部和南部的重鎮相繼失守。德皇斐迪南隻好讓華倫斯坦重新領軍。華倫斯坦不計前嫌，領軍投入戰鬥。7萬多德軍在薩克森的呂岑，與瑞典人展開了廝殺。戰鬥十分激烈，瑞典人越戰越勇，倉促募集的德軍有些力不從心。華倫斯坦見戰局不利，出於保存實力的考慮，命令部隊撤退。為了防止敵人追擊，他讓所有的弓箭手和槍手留在隊伍的後麵。瑞典國王見德軍撤退，親自領軍追趕，結果被德軍的亂槍射死。
華倫斯坦雖然失利，卻保存了實力。為了德國長遠的利益和穩定的發展，華倫斯坦建議斐迪南同瑞典講和。這種想法引起斐迪南的不滿，他再次解除華倫斯坦的職務。華倫斯坦憤然而歸，在回捷克的路上突然死去。
得知華倫斯坦已死，瑞典人覺得斐迪南手下已無良帥，於是麻痹大意。士兵們整天喝酒、賭博，軍容大亂。因此，當斐迪南領著西班牙人殺來的時候，他們已經無法抵禦。德國在西班牙的幫助下，又一次打敗了新教同盟國。但這次戰爭還是造成大量的德國士兵傷亡，百姓流離失所，使得德國的土地大片荒蕪。
年輕的法國國王路易十三對丹麥、瑞典的相繼失敗感到憤怒。他覺得，為了新教同盟的利益，必須給哈布斯堡王朝以沉重的打擊。於是在法國首相黎世留的斡旋下，英國、荷蘭、威尼斯、瑞典等紛紛支持法國。法國終於成為戰爭的主角。
1635年，法國正式向西班牙宣戰。西班牙國王下令全力打擊法國人。起初，法國軍隊由於經驗不足，被西班牙軍打得節節敗退。西班牙和德國的默契配合，讓法王路易十三傷透了腦筋。英國、荷蘭等國紛紛慷慨解囊，有錢的出錢，有兵器的支援兵器，甚至為了提高法軍的作戰能力，還派出一批批教官參與訓練指導。各國的幫助，給了法國軍隊極大的信心。1643年，法軍調集優勢兵力參加了洛可瓦會戰。經過一番血戰，法軍獲勝，從此轉變了戰局。西班牙國王腓力三世得知戰況，感到大勢已去，命令西班牙退出這場戰爭。從此，西班牙失去了一等強國的地位。沒有西班牙的支持，斐迪南隻好求和。
1648年，德國被迫簽訂《威斯特伐裏亞和約》。
三十年戰爭，結束了自中世紀以來“一個教皇、一個皇帝”統治歐洲的局麵，德國分裂為近300個獨立的大小不同的諸侯領地和100多個獨立的騎士領土，皇帝企圖在歐洲恢複天主教地位完全破滅，神聖羅馬帝國事實上已不複存在。
與此同時，由於德國是三十年戰爭的主戰場，生產力遭到嚴重破壞，六分之五的鄉村被毀滅；捷克和撒克遜的礦山全部被破壞；人口減少三分之一以上，捷克居民在戰前有300萬，戰後隻剩78萬人；工商業急劇衰退，絕大多數城市淪為諸侯的統治中心。
西班牙失去了一等強國的地位。戰勝國法國從這場戰爭中得到了德國大片領土，包括在1552年占領的梅斯、土爾、凡爾登等洛林土地得以承認，阿薩斯和下阿爾薩斯以及西南德意誌的一些地區。法國因此成了歐洲霸主。
戰勝國瑞典也得到了波羅的海沿岸的大片土地，擁有德意誌北部各重要河口。而且由於成了德意誌的諸侯，可以隨時參與德意誌的內部事務。此外，瑞典還得到一大筆賠款。瑞典因此成為北歐強國。
和約正式承認荷蘭獨立；正式承認瑞士脫離神聖羅馬帝國，成為獨立國。