秦始皇親自根據《五德終始說》進行推演，指出既然周為火德，秦代周而興，水克火，秦就應為水德。在這個基礎上，他又進行了一番更詳細的推演：過去周以十一月為歲首，現在秦就應以十月為歲首，並應在十月初一舉行朝賀。水為黑色，因此衣服、旗幟都應以黑為貴。水結成的晶體為六角形，因此以六為貴。符節、法冠都要六寸；車要六尺；一步為六尺；駕車的馬要六匹。把黃河改名為德水，表示它是水德之始。水主陰，陰主刑殺，因此應拋棄仁義，專任刑殺、嚴刑酷法，以應“五德之數”。
《五德終始說》不僅給秦帝國的皇權披上了一層神秘的外衣，同時也與秦始皇執行的法家路線接軌，從而為他以後的殘暴統治製造了神學上的根據。
三、父子成為仇敵
統一前的秦國雖然強大，但也僅是“七雄”之一。現在，四海一家，從塞北到江南，從東海到隴西，全都納入秦帝國的版圖。麵對如此遼闊的空間，如何建立和施行牢固的統治，就成了秦始皇首先要考慮的問題。
現在擺在秦始皇眼前的形勢，倒很有點像西周初年武王滅商後的情況。周武王以一個小邦周，聯合數百諸侯，消滅了商王朝。為了在商王朝所轄地區內建立起周人的統治，周人發明了分封製，用它來解決這個問題。所謂分封製就是周天子把自己的兄弟與同姓之族派往被征服的各地，建立拱衛周王室的諸侯國家，如封太公於齊、周公於魯、召公於燕、康叔於衛、叔虞於晉……通過血緣和婚緣關係，建立一個等級分明的政治國家，這種國家從行政權力的運作看，它無疑是一種分權製國家。
秦帝國的上層人物對是否以這種分權製的國家模式，來鞏固自己的統治爭論很大。當時以丞相王綰為首的一批官僚認為，秦帝國應該實行分封製來鞏固自己的繞治，他們的理由是： 諸侯初破，燕、齊、荊地遠，不為置王，毋以填之。請立諸子，唯上幸許。
秦始皇覺得這是件大事，確實值得研究。因為當時雖然六國已被武力征服，然而六國對秦的敵愾情緒還沒有消除，各地的反秦勢力還在暗中活動，準備伺機複辟自己的國家。這種潛在的危機和威脅，在秦始皇那個位置上，感覺得更清楚。在這方麵，最使他難以忘懷的事情是荊軻事件的餘波——高漸離事件。統一天下之後，他開始在全國範圍內搜捕和鎮壓反秦分子，其中重點通緝對象就是燕太子丹和荊軻的餘黨。荊軻的摯友高漸離為了躲避追捕，更名改姓，隱藏在宋子這地方，在一家小酒館當雇工。勞作之餘，為了解除疲勞，他常常去聽客人們表演擊築。他本是擊築高手，自然見獵心喜，流連忘返，忘記了自己的身份。每當一曲奏完之後，他都要指出演奏者的高明處和不足。有人把這事告訴了酒館的主人，說：“這個雇工很懂音樂，常常背地裏說三道四。”主人聽後，就把他找來，讓他表演擊築，四座都被他的精湛的表演感動了，紛紛上前給他祝酒。高漸離想，這麼東躲西藏的終究不是個事，就換上過去的服裝，拿出匣中自己的築琴，以本來麵貌站在眾人麵前。在座的客人大吃一驚，趕緊站起來向他行禮致意，讓他坐在嘉賓席上。高漸離也逸興遄飛地邊彈邊唱，在悲涼的歌聲中，客人無不揮淚而去。從此高漸離名聲大噪，連秦始皇也知道了這個人。秦始皇也是個音樂迷，尤其喜歡擊築表演，他立刻下令召見高漸離。高漸離來到鹹陽宮後，突然被人認出來。密告秦始皇說：“他就是荊軻的朋友高漸離！”秦始皇鑒於他是個大音樂家，竟動了惻隱之心，發出特赦令，免於追究他的罪行。但把高漸離的雙目弄瞎，讓他給自己擊築。高漸離的演奏常常讓秦始皇讚歎不已。高漸離看到自己漸漸取得了秦始皇的信任，就偷偷把鉛灌到築琴中。有一次，趁給秦始皇演奏之機，高漸離突然舉琴向秦始皇砸去，遺憾的是沒有擊中秦始皇，高漸離被殺。秦始皇發誓：“終身不複近諸侯之人。”
這還僅僅是零星的個人反抗，至於局部的、地區性的反抗就更為頻繁了。江陵張家山漢簡《奏讞書》中的，一件秦始皇二十七年（公元前２２０年）的文書《南郡卒史蓋廬、摯田，假卒史夏攸等獄簿》，就記載了秦統一初期動蕩不已的政治局勢。此案案情大致是：“攸縣令史和義等奉命率吏卒和新黔首去鎮壓蒼梧縣利鄉的反叛者，義等被殺。攸縣先後三次發新黔首前往，才將反叛平息。第一、二批新黔首均失利，按秦律規定，當以儋乏不鬥的罪名被捕入獄論罪。令史外逃，失利的第一、二批新黔首有部分被拘捕，其餘多逃散於山穀中……”。
各處的、各種的反秦活動，使秦始皇認識到，僅靠神化皇權這種政治遊戲來騙取天下人對自己的擁戴未免太天真了。他感到還要製定和頒布實行一係列重大的措施，這樣才能平息反秦活動，讓新帝國逐漸得以鞏固。王綰等人讓自己的子弟到各處鎮守江山的建議確實很誘人，也不失為一條有效的曆史經驗。但是他還是不放心，決定來個“廷議”，讓群臣討論。在討論中，絕大多數人認為這是個好辦法，其中多數人倒並非真心想搞什麼分封製，但誰敢反對皇帝的子弟去稱王呢？因此隨聲附和者大有人在。 隻有廷尉李斯力排眾議，表示堅決反對，他說： 周文王所封子弟同姓諸侯為數甚多，但隨著時間的推移，他們之間的血緣關係越來越疏遠了，結果彼此像仇敵似的互相攻擊，大打出手，周天子也難以製止。今天四海之內有賴陛下的神威而獲得統一，各處都成為中央直轄的郡縣，現在拿出國家的賦稅重賞皇子和功臣，不讓他們握有實權，這是最好的控製天下的辦法。隻要四海之內無人敢起異心，這就是安寧之術。我認為分封諸侯不是好辦法。
聽完李斯的意見，秦始皇立刻表態說： 天下人長期以來苦於戰亂不已，根本的原因是天下各處有一些獨立的侯王。我們有賴於祖宗保佑，總算結束了長期戰亂的局麵，現在天下剛剛統一，卻又要分王封侯，到處立國，這無疑是製造新的戰亂，在這種情況下想求天下太平，豈不太困難了嗎？我認為廷尉李斯說得對。
於是在秦帝國全境開始推行郡縣製，最初分天下為３６郡，以後迭有增設，計四十餘郡，其可考者如下，它們是：
上郡（今陝西省黃河以西，黃陵宜川以北，內蒙伊金霍洛旗、烏審旗以東地區）。
河東郡（今陝西省洛河、黃梁河以北，東北到子長、延安一帶）。
漢中郡（今陝西省秦嶺以南，湖北省鄖縣、保康以西，大巴山以北地區）。
巴郡（今四川省閬中以東，巫縣以西，武隆、江安以北地區）。
蜀郡（今四川省閬中以西，鬆潘、天全以東，宜賓、石棉以北地區）。
隴西郡（今甘肅省臨夏、臨潭以西，宕昌、禮縣以北地區）。
北地郡（今寧夏青銅峽以東，包括今甘肅省東北部馬蓬河流域）。
南郡（今湖北省武漢以西，襄樊以南，監利以北及四川省巫山以東地區）。
南陽郡（今湖北省襄陽、隨縣以北，河南省欒川、魯山以南，信陽以西，湖北省均縣、河南省西峽以東地區）。
定陶郡（今山東省寧陽到定陶一帶）。
上黨郡（今山西省太行山以西、以北，和順、榆社以南，沁源、沁水以北地區）。
黔中郡（今湖北省洞庭湖以西，包括湖南省沅水、澧水流域，湖北省清江流域，四川省黔江流域）。
太原郡（今山西省句注山以南，霍山以北，五台、陽泉以西，黃河以東地區）。
三川郡（今黃河以南，河南省靈寶以東，中牟以西及北汝河上遊地區）。
東郡（今山東省東阿、梁山以西，定陶、成武以北，河南省延津以東、清豐以南、長垣以北地區）。
雁門郡（今山西省北部神池、五寨、寧武等縣以北到內蒙古一部分地區）。
雲中郡（今內蒙古大青山以南，黃河南岸及長城以北地區）。
潁川郡（今河南省登封以東，尉氏以西，包括舞陽、臨潁等地）。
邯鄲郡（今河北省癏河以南，河南省浚縣以北，山東省冠縣以西地區）。
巨鹿郡今河北省白洋澱以南，南運河以西，晉縣、任縣以東，平鄉、威縣以北，山東省德州、高唐以西地區）。
廣陽郡（今河北省雄縣、易縣、房山及北京市等地）。
上穀郡（今河北省張家口、小五台山以東，赤誠、延慶以西及北京昌平以北地區）。
漁陽郡（今內蒙古赤峰以南，北京市通縣、懷柔以東及天津市以北地區）。
右北平郡（今河北省承德、薊縣以東，遼寧省大淩河上遊以南，六股河以西地區）。
遼西郡（今遼寧省大淩河以西，長城以南，河北省遷西以東地區）。
碭郡（今安徽省碭山以西，亳縣以北，河南省開封以東，山東巨野以南地區）。
楚郡（今河南省平輿以北、柘城以南，包括淮陽、鹿邑等地）。
泗水郡（今安徽省、江蘇省淮水以北，宿遷以西，渦陽以東地區）。
薛郡（今山東省新汶、棗莊、濟寧之間地區）。
九江郡（今安徽省淮河以南，贛江流域以東江西省大部）。
長沙郡（今洞庭湖以南，湖南省大部和江西省西部）。
會稽郡（今江蘇省長江以南，安徽省黟縣、旌德以東，及浙江金華以北地區）。
代郡（今山西省東北部和河北省、內蒙古一部分地區）。
桂林郡（今廣西自治區）。
象郡（今廣東省、廣西自治區及越南北部地區）。
閩中郡（今福建省地區）。
究竟應該怎樣看待秦帝國建國之初，統治階級內部有關郡縣製和分封製的大爭論呢？從今天看，當時這場郡縣製和分封製的大爭論的意義已經遠遠地超出了它當初的著眼點，而成為秦以後曆代帝國所關注的政治焦點。郡縣製和分封製的區別，本質上是集權製和分權製的區別。自從國家被看作是帝王的私產之後，他們當然要優先考慮用何種有效手段去控製這個版圖遼闊的大帝國，以便世代保住這份家業。從這種動機看，集權製也好，分權製也好，對一般民眾似乎並無更大的關係。但從另一方麵說。代表國家意誌的皇權如果通過某種手段能夠有效地控製住全國的局麵，建立起穩定的社會秩序，這在客觀上又是民眾所希望的。因為隻有在正常的社會秩序下，民眾的生產與生活才能正常地進行。 秦帝國建立伊始，秦始皇獨許李斯推行郡縣製的建議而否定了王綰等眾人提出的分封製的建議，固然出自集權的需要，同時也是接受了曆史上的教訓，“周文武所封子弟同姓甚眾，然後屬疏遠，相攻擊如仇讎，諸侯更相誅伐，周天子弗能禁止”。春秋、戰國時代延續五百餘年的大混亂景象還曆曆在目，而這種空前的劫難正是那些兄弟、甥舅之間的血腥廝殺造成的。曆史告訴他，人與人之間的血緣、親緣關係並不可靠，在切身利益麵前，父子也會成為仇敵，兄弟間也會殘殺，曆史的教訓使他變得更理性。所以他斷然否定了派自己的親骨肉去各地鎮守天下的建議，而把郡縣製作為他控製天下的手段。
就秦始皇的主觀意圖來說是這樣，而這種主觀意圖恰恰又與客觀形勢吻合，因此郡縣製的推行如順水行舟，沒有遇到任何阻礙。說客觀形勢必欲行郡縣製的根據，歸根結底就是像夏、商、周那種血緣、政治互補型的原生態國家經過春秋、戰國兩個時代的驗證，它已經失掉了存在的根據，人們為了自身的生存必須對之實行徹底的改造，對它作結構性的整體轉換，使之向純粹的以地緣為基礎的政治社會過渡。否則新的、穩定的社會秩序就無法建立，中華民族就無法正常地生存，這就是當時的大趨勢。而郡縣製正是人們順應這種大趨勢創造並選擇的一種新的管理國家的方法。唐代的柳宗元在其著名的《封建論》中，關於這方麵曾有過精彩的論述，他說：
或者又以為殷周聖王也，而不革其製，固不當複議也，是大不然。夫殷周之不革者，是不得也。蓋以諸侯歸殷者三千焉，資以黜夏，湯不待而廢；歸周者八百焉，資以勝殷，武王不得而易，徇之以為安，仍之以為俗，湯武之所不得已也。夫不得已非公之大者也，私其力於己也，私其衛於子孫也。秦之所以革之者，其為製公之大者也。其情私也，私其一己之威也，私其盡臣畜於我也。然而公天下之端自秦始。
柳宗元獨具慧眼地看到了秦始皇的個人意圖，與曆史大趨勢不期然而然地吻合在一起，因此，郡縣製值得肯定。不過應該補充的是，郡縣製既非秦始皇的獨創，也非李斯的發明，而是在此之前就已出現的新製度。郡縣的名稱春秋時代就已經存在，不過那時郡縣乃是卿大夫的封邑，與後世的郡縣同名異實。到了戰國時代，各新興國家在實行中央集權製的同時，除齊國外，都程度不同地推行了郡縣製。郡縣製的特點就是中央直接委派由國君任命的、非世襲的、可以隨時撤換的行政官吏管理國家的各個轄區。其中秦國在商鞅變法時就全麵推行了郡縣製，它距秦始皇時代已經一百多年了。後來，秦始皇也在統一戰爭中，每征服一地就設置新郡縣，以期最有效地控製新占領區。等到天下統一，秦始皇隻不過是把郡縣製推廣到全國各地，並且最後把它確定為國家行政組織的定製。當然，我們也不應否定秦始皇在確立郡縣製時所起的決定性作用。因為在封建專製主義的社會中，曆史發展的趨勢隻有通過最高統治者的意誌才能表現出來，這就常常造成一種“英雄造時勢”的假相。
不過，曆史的發展並非是線性的。由於秦帝國短命，僅存在１５年就灰飛煙滅成為曆史的陳跡，因此秦帝國施行郡縣製的合理性，也受到了後世人的普遍懷疑。比如，踵秦之後的西漢帝國在建國之初就又恢複了分封製。先是分封異姓王，覺得異姓王不可靠，又分封同姓王。景帝時，同姓王聯兵造反，釀成大災，於是又想方設法削奪同姓王的權力。自此之後，直到明初，雖然郡縣製已經成為不可動搖的製度，但統治者始終沒有放棄施行分封製。到了明末清初，鑒於明亡的曆史教訓，啟蒙思想家顧炎武、黃宗羲等人重新挑起郡縣製與分封製孰優孰劣的爭論，這場爭論的餘波甚至遠及於以後的一些思想家。人們會問，事情何以會出現如此反複呢？從最高統治者的利益來說，他們以天下為私產，所以他們總是消極地總結曆史教訓，當郡縣製無法滿足其“私”時，就補之以分封製；當分封製又侵害其“私”時，便千萬百計地加強郡縣製。因此他們永遠找不到兩者之間的平衡點。對思想家們來說，他們始而鼓吹郡縣製，是因為他們看到了郡縣製對國家政治開放有促進作用，其中柳宗元的話最具有代表性，他說： 夫天下之道治安斯得人者也。使賢者居上，不肖者居下，而後可以治安。今夫封建者，繼世而理，繼世而理者，上果賢乎，下果不肖乎？則生人之理亂，未可知也。將欲利其社稷，以一其人之視聽，則又有世大夫，世食祿邑以盡其封略，”聖賢生於其時，亦無以立於天下，封建者為之也。 柳宗元認為實行郡縣製，必行官僚製，行官僚製，必使血緣貴族無法壟斷國家政治，從而為大多數人參與國家政治開辟了一條途徑，因此，他讚成郡縣製。
當宋代結束了五代十國由藩鎮割據而引起的社會動亂之後，郡縣製成為統治者實行中央集權的不容置疑的工具。從此，郡縣製的弊端也就逐漸暴露出來。所以，明末清初郡縣、分封之議又起。郡縣製原是皇帝集權過程中的產物。在這個過程中，國家最高權力走了一個由分權到集權再到極權的過程。因此，郡縣製在其施行的過程中也就因此而進入病態。明末清初的思想家正是從這一角度去批判郡縣製的，比如顧炎武在《亭林文集-郡縣論》中說：