《基金黑幕》到底都揭了一些什麼“黑幕”呢？可以說，該文所談到的問題基本上涉及了目前人們對證券投資基金運作中的種種質疑，主要集中在六個方麵：
一、“基金穩定市場”——一個未被證明的假設
中國的證券投資基金業的發展，還隻有兩年多的時間。該報告研究區間集中於1999年8月至2000年4月底。此間，我國有10家基金管理公司管理著22家規模較大的證券投資基金。作為報告的研究對象，這10家基金管理公司分別為博時公司、華安公司、嘉實公司、南方公司、華夏公司、長盛公司、鵬華公司、國泰公司、大成公司和富國公司。報告的作者指出，“發展證券投資基金，究竟為誰服務的問題，可能目前還不十分明確。”
這涉及到基金的定位問題。新基金的各種說明書都說得明明白白，“基金是一種代客投資理財的工具”；媒體上普遍出現的論點是，“基金要為穩定市場服務，是中國市場理性機構投資者的生力軍。”
最初的邏輯是相當簡單的，即認為隨著市場擴容，資金的供給方出現了問題，而老百姓或一些保險公司雖然手上有錢，卻因不會投資或沒有時間而不敢或不能入市，因此應當把錢交給專家管理操作，這樣供需就會平衡了，也就穩定了市場。
這種看法在一開始當然是符合實際的。兩次研究都證實，證券投資基金剛入市時基本上有穩定市場的功效。但是，當證券投資基金隨著上市“老化”之後，其作用又如何？
報告將1999年8月9日到2000年4月28日的172個交易日具體劃分為盤整期、下跌期和上升期三個階段，而後一一進行分析。結果表明，“在盤整期，除了新入市的基金天元以外，15隻基金中基金泰和和普豐沒有交易，其餘12隻參與交易的基金4隻淨買入，8隻淨賣出，基金總體表現為淨賣出，淨賣出金額為31018萬元；在下跌期，除了新入市的4隻基金外，16隻參與交易的基金4隻淨買入，12隻淨賣出，基金總體表現為淨賣出，淨賣出金額為11262萬元；在上升期，除了新入市的2隻基金外，20隻參與交易的基金5隻淨買入，15隻淨賣出，基金總體表現為淨賣出，淨賣出金額為421680萬元。而從整個樣本期來看，除了新入市的基金漢興和基金景福外，20隻基金中，7隻為淨買入，13隻為淨賣出，基金總體表現為淨賣出，淨賣出金額為441436萬元。”
作者指出，從基金總體減倉的情況看，無論在盤整期還是上升期和下降期，“都有近三分之二的基金始終處於減倉階段。”在三個階段中均為淨賣出的基金有9隻，均是1999年上半年以前發行的基金，其減倉的主要原因可能在於：一是受到年終基金分紅的現金壓力；二是這些年上市的基金倉位一直較重，尤其是一些基金的重倉股流動性較差，在年初的行情中借科技股走強大量減持重倉股票；三是部分基金對後市看法比較謹慎，特別是在滬市創曆史新高後大量減持股票，例如基金興和4月12日在滬市拋出股票市值3.77億元，創下單日基金賣出股票金額的最高記錄，作者的結論是：“這表明了基金對後市的看法並不樂觀。”
以上還隻是“宏觀”麵上的統計。接下來，作者又對“中觀”作了一番實證研究。其方法是研究上證指數漲跌輻較大的交易日（報告名之為“事件日”）基金交易行為可能會對大盤產生的影響。經過研究，作者發現在盤整期和下跌期的事件日中，基金均為淨賣出。很顯然，定量分析的事實使我們看到，至少在1999年8月至2000年4月底的“樣本期間”，基金穩定市場的作用並不顯著。相反，就總體而言，基金在大盤處於下跌期中，一般借高位反彈減倉；而上升期中，則一直處於顯著的減倉過程中。
二、“對倒”——製造虛假的成交量
或許，更長期的觀察可以說明基金仍有穩定市場的作用？然而，從報告中進一步披露的證券投資基金減倉手法中，我們仍難以得出肯定性的結論。
眾所周知，要將一種商品賣出去，必須有人來買。如果買家和賣家的需求和供給差不多，價格和交易行為都會十分穩定。可惜的是，市場經常會產生供不應求或求不應供的現象。當求不應供的時候，商家隻能靠降價來吸引顧客，甚至不得不“大甩賣”。股票也是一種商品，被迫低價拋售股票亦即“割肉”。但是，由於“買漲不賣跌”的顧客心理，“割肉”也未必有人買，做鬼的辦法就是自己做托。在證券市場上，這種做法被稱為“對倒”，係嚴重違法行為。
“對倒”，即自己買賣自己的股票，目的是製造虛假的成交量。這是機構利用大額資金和持股量優勢所采取的惡劣行為，在任何股市中都會被指為操縱市場甚至欺詐。這在我國的《證券法》中也有明確的界定和判斷。《刑法》第一百八十二條則明文規定，這些行為屬於操縱證券交易價格，獲取不正當利益或者轉嫁風險，應該處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處違法所得一倍以上五倍以下罰金。
令人遺憾的是，從這份報告的分析看來，大部分基金都發生了“對倒”行為。
在第一次研究中，作者就發現，從1999年8月9日到12月3日的80個交易日中，同一家基金管理公司管理多家基金進行同一隻股票的同時增倉、減倉或有增有減所涉及的股票有76隻，自身對倒的7隻，基金間雙向倒倉的11隻。
第二次研究從1999年12月3日擴展至2000年4月28日，其間基金共同減倉、增倉或有增有減涉及的股票140隻。作者的分析表明：（1）2家以上（含2家）基金管理公司共同增倉或減倉的股票57隻，其中基金參與配售的新股17隻，除了2隻新股，參與交易的基金均是在配售上市日拋出股票；基金重倉的科技股11隻，重組概念股6隻，其餘主要是國企大盤股。（2）除了基金泰和，其餘基金在17隻新股配售上市當日均有減倉行為。（3）博時基金管理公司、南方基金管理公司、國泰基金管理公司管理的多家基金存在著較多的自身對倒行為，且品種主要集中在重倉股票中；嘉實基金管理公司沒有對倒行為；其他6家基金管理公司均有自身對倒行為。
作者還將兩次研究的結果進行了綜合分析，發現：1．從新股配售來看，除了基金泰和，其餘基金一般在配售上市的首日或次日拋出配售新股；2．除嘉實基金管理公司，其他基金管理公司都存在著一定的自身對倒行為，其中，博時、南方和國泰的自身對倒較為嚴重，對倒品種仍然集中在重倉股票中，例如博時的國脈通信、清華同方，南方的南京高科、東方通信，國泰的第一百貨、愛建股份等，這對基金維持或提高淨值有著重要作用；3．同一家基金管理公司管理的多家基金存在明顯的共同減倉或建倉行為，其中博時、南方和長盛基金管理公司涉及的股票家數較多，對於共同建倉的基金，對提高基金持股集中度、通過維持或提高重倉股票股價、提高或穩定基金淨值有重要作用。