與此同時，軍機處所收到的各類奏折和皇帝批的諭旨，都有一整套嚴格的保密管理規定，每日奏折，於寅卯二時發下，由軍機章京分送各軍機大臣互閱。凡皇帝在奏折上批有"另有旨"、"即有旨"的奏折，由軍機處章京貯於專門的保密黃匣中，交軍機大臣捧入請旨，然後由軍機大臣根據皇帝的旨意，命軍機章京起草諭旨，經皇帝朱筆改定後，交各部院速議速辦。為防止文件在傳遞過程中的失密，由軍機處將文件密封後交兵部捷報處遞往。
在文件的封袋上，分別規定右書（辦理軍機處封），左書（某處某官開拆），至於皇帝親筆改定的諭旨，在封袋上，則居中大書（傳諭某處某官開拆），其封口及書年月日處皆鈐。除此之外，皆使領者（領取文件者）注明畫押於簿中，謂之"交友"。這可謂保密責任到人了。
"清軍機處還實行了嚴格的歸檔保密規定："值日章京……凡本日所奉諭旨，所遞片單，均鈔訂成冊，按日遞添，月一換，謂之"清檔"。凡發交之折片，由內閣等處交還及彙存本處者，每日為一束，每半月為一包……均責成章京檢覆無訛，按季清檔，月折及各種存貯要件，收入櫃中，值日者親手題封，謂之"封櫃"。清軍機處還設有專門的檔案房，有專職的保密人員管理這些檔案，由此而使軍機處的保密工作做得非常之好，同時，為後代留下了許多難得的珍貴史料。"（蔡美彪主編《中國通史》）
軍機處無正式衙署，其辦公處所設於內廷隆宗門內，稱為值房，無專職官員，全部工作由軍機大臣主持，軍機處的人數無定額，任期無限止。凡經皇帝選調到軍機處任職的軍機大臣，稱"入值"。由皇帝指派滿、漢各一員為首領，稱為"揆首"、"領袖"。初期，凡應皇帝召見議商政務、承皇帝旨意起草諭旨以及寄給各官員之諭旨的署名等，均為領班軍機大臣專責。
初入值軍機處者，因資曆或能力尚淺，則命在"軍機大臣上學習行走"。加"學習"二字，意示見習，其地位低於一般。一兩年後，再由領班的軍機大臣奏請去其"學習"二字。各軍機大臣之間，因資格、品位之高低而有差別，除視秩排班外，權力亦有不同。如：有的滿洲軍機大臣隻準閱辦滿文奏報；新任之軍機大臣不準閱辦皇帝朱批過的奏報。這些等級差別，均不見有"則例"、"章製"，而是由皇帝親定。
軍機章京，俗稱"小軍機"，亦稱"司員"。初期，軍機章京無一定額數，由軍機大臣在內閣中書等官中選調。乾隆時改由內閣、六部、理藩院等衙門取用。嘉慶四年（1799年）始，定軍機章京分滿、漢各兩班，每班八人，共三十二人。各班設領班、幫領班章京各一員，由軍機大臣於章京中擇資深望重者任之。其後增設額外章京一二員，至光緒三十二年（1906年）確定漢軍機章京額數為二十人。
軍機章京亦為兼差，選用者必須為進士、舉人、拔貢出身，年紀輕，辦事練達，撰擬迅速，書寫端正。其原職缺升至通政司副使、大理寺少卿官及三品，即調歸本任。軍機處選補章京，由各衙門開具履曆保送，軍機大臣親加考試，合格者即帶領引見，錄用與否由皇帝決定。錄取後，依次列名存記，俟缺出按單調取。軍機章京向例不參加京察，其獎敘升轉由軍機大臣酌情保奏。
軍機章京負責軍機處的日常工作，如處理文書、記注檔冊、撰擬文稿等。值宿之章京，夜間遇有緊要事件，亦有單獨被皇帝召見承旨撰書諭旨者；還可參與軍機大臣所承辦案件的審理等。
軍機處內部的分工是按職掌設滿屋和漢屋。滿（漢）屋為其內部俗稱，其對外行文時稱滿（漢）軍機處，由滿、漢章京分別任事。其職掌除分辦滿漢文之諭旨和奏折外，滿屋掌在京旗營及各省駐防和西北兩路軍營官員的補放事務，負責內蒙古、外蒙古、藩部及喇嘛等朝貢時擬賞單，並掌管軍機處本身的事務性工作；漢屋辦理在京部院及各省文職官員、綠營武職官員的補放進單，王公內外大臣賞單及擬給外國朝貢使臣賞單，辦理皇帝交下的應查、應辦的事務以及負責軍機處的對外聯係、管理檔案等工作。（《清史論叢》）
軍機處的設立，讓大清帝王真正"乾綱獨斷，事必躬親"，進一步加強了清王朝封建君主專製製度，它成為清代皇帝直接控製下的全國行政之總彙。
清朝大事記
公元1626年（天命十一年）正月努爾哈赤統兵攻明寧遠城，遭受起兵以來惟一的敗仗，負重傷而歸。
公元1628年(天聰二年)以征朝鮮凱旋，立纛拜天。自是出征班師祭纛以為常。
因多爾袞、多鐸出征有功，賜多爾袞墨爾根代青稱號，晉固山貝勒，賜多鐸額爾克楚虎爾稱號。
公元1633年(天聰七年)六月諭官民冠服遵製劃一。
十月太宗皇太極率諸貝勒督厲眾軍，練習行陣，是為大閱之始。
公元1636年（崇德元年）
改國號大清，皇太極稱帝，清朝建立
公元1638年(崇德三年)二月太宗親征喀爾喀，以禮親王代善、鄭親王濟爾哈朗、睿親王多爾袞等居守。六月始設理藩院，專門處理蒙古事務。七月定六部、理藩院、都察院等八衙門官製。