擊退廓爾喀後，清朝鑒於西藏地方弊端繁多，導致戰亂頻繁，於是決定大力整頓，乾隆五十八年（1793年）清朝頒行《藏內善後章程》29條。規定駐藏大臣監督辦理西藏事務，其地位與達賴和班禪相等。《藏內善後章程》的頒布實施，標誌著清朝對西藏統治的各項製度的完善，確保了西藏成為中國領土的一部分。（此上均摘自馮智《清朝用兵駐兵西藏製度的形成、發展和影響》）
9.立軍機處，強帝獨裁
努爾哈赤起兵時實行的是軍民合一的八旗製度，政治權力集中於王公貴族，重大決策由貴族共同討論決定，是為滿洲議政王大臣會議。後皇太極於天聰五年（公元1631年）仿明朝製度設立六部，試圖逐漸削弱滿洲貴族權力，實行中央集權。
順治七年（公元1650年），順治皇帝對八旗製度進行改革，由自己親自掌握正黃、鑲黃、正白三旗，形成了"上三旗"和"下五旗"，改變了以前八旗由不同王公掌握的局麵，同時加強上三旗的實力，滿洲議政王大臣會議的權力有所削弱。
清朝設六部（吏、戶、禮、兵、刑、工），各部長官稱尚書，副長官稱侍郎，以前尚書均由滿人擔任，順治元年（公元1644年）規定尚書及侍郎滿、漢各一。在六部之外和六部並立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府、都察院。清朝官員等級分"九品十八級"，每等有正從之別，不在十八級以內的叫做未入流，在級別上附於從九品。
"康熙十六年（公元1677年）康熙皇帝設立南書房，起初是康熙帝為了與翰林院詞臣們研討學問，吟詩作畫而設。因在乾清宮西南角特辟房舍故名南書房。由於南書房"非崇班貴檁、上所親信者不得入"，所以它完全是由皇帝嚴密控製的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令，這使南書房"權勢日崇"。南書房地位的提高，是康熙帝削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權的重要步驟。
雍正七年，用兵西北，以內閣在太和門外，恐泄露機密，始於隆宗門內設置軍機房，選內閣中謹密者入值繕寫，以為處理緊急軍務之用。十年，改稱"辦理軍機處"，簡稱"軍機處"（趙翼《簷曝雜記》）。由於軍機處本是一個非常的臨時機構，自誕生之日起就擺脫了正式官僚體係的壅滯、繁瑣的毛病，非常適合皇帝加強君權的意願，所以，在準噶爾戰事平定之後，按理應裁撤軍機處，但結果非但不將其撤銷，反而進一步擴大了軍機處的權力，使其超越議政王大臣會議、內閣，成為最主要的政治核心。"（宋希斌《論清代軍機處的創立及其正規化》）
乾隆初年，一度改稱"總理處"，後又改稱軍機處。軍機處的工作人員沒有定員，最多的時候達到六至七人，由親王、大學士、尚書、侍郎或京堂充任軍機大臣，通稱大軍機。設首席軍機大臣，或稱領班軍機大臣，一般由滿族親王或大學士擔任。其他任職者按各人資曆分別被任命為軍機處行走、大臣上行走、大臣上學習行走等。
"軍機大臣須每天值班，等候皇帝隨時召見。另選內閣中書等官充軍機章京，通稱小軍機，滿漢各半，掌繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議。整個軍機處的職責則是：撰擬諭旨和處理奏折；議大政，議後提出處理意見，奏報皇帝裁奪；讞大獄，參與重大案件審擬；參與對重要官員的任免和考核；隨侍皇帝出巡，奉旨出京查辦事件等，用字寄上諭的名義對各地各部官員發布指令。"（張傳璽主編：《簡明中國古代史》）
軍機處的辦事效率很高。根據內閣製度，下屬官員有事題奏，或皇帝頒發詔旨，都是經過層層機構，輾轉交送，常常要花費很多時間。軍機處則不然，一切均由大臣和章京通同辦理，皇帝有諭，隨時奉詔承辦，而且必須當日事當日畢。
"在通常情況下，軍機大臣每日早5點左右進宮應召覲見皇帝，有時一天召見數次，主要是承受諭旨，然後回堂擬寫。起先由大臣親自主稿，後來才改由章京起草，大臣擬定。經皇帝認可後，按照諭旨的性質分"明發上諭"和"廷寄上諭"兩種形式向下傳達。明發上諭指交內閣發抄，宣示天下。廷寄上諭因奏請而降旨，事屬機密，由軍機大臣直接密寄具奏人。廷寄需封入信函，交兵部加封，發驛馳遞，根據事情的緩急，或馬上飛遞，即日行300裏，或400裏，或500裏，或600裏加急，一律由軍機章京在封函上注明。封口及年月日處，加蓋"辦理軍機處"銀印。如遇特別機密緊要的密諭件，則由軍機大臣自行繕寫封固，上寫"軍機大臣密寄"。這一套廷寄製度，減少了很多中間環節，大大加快了辦事速度。"（範文瀾主編：《中國通史》）
軍機處職掌著每日晉見皇帝，共商處理軍國大事，並奉旨對各部門各地方負責官員發布指示的重要使命，因此它在清廷中具有舉足輕重的地位。但是，軍機處在清代初設階段，由於無保密製度，造成清廷許多軍國要事的嚴重泄密，其後果是可想而知的。這殘酷的教訓，使清軍機處不得不對保密規製進行強行規定。據清吳振《養吉齋叢錄》載：軍機處自清朝嘉慶以後其保密規製始嚴，規定凡軍機大臣隻準在軍機處輸本日所奉諭旨，部院稿案不準在軍機處輸，司員不準至軍機處啟事，不許閑人窺視，王以下及文武大臣不準至軍機處與軍機大臣談論。至於通諭王公大臣之事，在乾清門階下傳述，不許在軍機處傳述。並命科道官一人輪日至隆宗門內糾察。