清朝用兵西藏後即決定在西藏開始駐兵防守。進兵之前，議政大臣等曾議奏："明年若送達賴喇嘛登禪榻，即令一千步兵前往看守。"（《清聖祖實錄》）
清朝自雍正時期加強對西藏的駐兵，使西藏"數年來安靜無事"。乾隆十四年（1749年），為減少開支，將駐藏官兵大部分內撤，僅留百餘名護衛駐藏大臣。這時珠爾默特那木劄勒（頗羅鼐次子，1747年清朝封卿襲為郡王並執政）反叛的跡象日漸暴露。珠爾默特那木劄勒的野心膨脹。他"耗費地方資財"，殺死其兄車布登全家，公開與達賴喇嘛為敵，無視駐藏大臣的權威。他甚至勾結準噶爾部，請求罷撤駐藏清軍，阻絕交通，欲殺盡清朝駐藏官兵。1750年，駐藏大臣拉布敦、傅清先發製人，將其誘殺，但兩位駐藏大臣也以身殉職，西藏地方陷入混亂之中。
清朝立即派遣四川總督策楞率軍入藏平亂。此時，七世達賴喇嘛盡力保護駐藏官員家屬，很快控製住了西藏的局勢。清廷遂下令停止川軍入藏，隻派策楞赴藏辦理善後事宜。清朝鑒於珠氏之亂，廢除了郡王製，授權達賴喇嘛"親政"，管理西藏地方政府；組建噶廈地方政府，設噶倫四人，三俗一僧，共同協商辦理日常事務，遇有重大政務必須請示達賴喇嘛和駐藏大臣；噶倫由達賴喇嘛和駐藏大臣舉薦，呈報清朝正式任命。此次對西藏行政體製的重大調整，一改以往的政教分離方式，而實行了政教合一的製度。這一做法更符合當時西藏社會的特點，這種製度一直延續到了清朝滅亡。（馮智《清"康乾盛世"冊封達賴與治藏的階段性特點評述》）
1751年初，雲南提督冶大雄奏請，"藏內仍照前安設重兵駐防"，"三年一換"。同年4月，四川總督策楞等亦奏："藏內仍須駐兵五百，其沿途台站亦應照數安設妥協。現將所帶進藏官兵內，照數挑選駐藏……兵一千名。"（注：《清高宗實錄》卷387）清朝鑒於西藏之亂的嚴重教訓，采納此奏，恢複藏內仍駐兵500的舊製，另派兵千名駐守四川至西藏沿途所設軍台、糧站。同時批準了策楞等擬定的《西藏善後章程》，該章程提高和鞏固了達賴喇嘛的地位和職權，強調了駐藏大臣與達賴喇嘛地位平等。關於駐防軍隊事項規定：增設管理西藏地方軍隊的代本一名，加強防禦。藏軍的調遣，防禦卡隘，"均應遵旨，聽候達賴喇嘛並駐藏大臣印信文書遵行"。
此後，駐藏清軍發揮了重要作用，對西藏長時期的穩定做出了貢獻。但到18世紀末，西藏又陷入廓爾喀（清史作"巴勒布"）兩次入侵的混亂局麵，清朝再次大規模派遣部隊入藏征剿。
乾隆五十四年（1789年），在廓爾喀第一次侵藏後，乾隆帝即派理藩院侍郎巴忠、成都將軍鄂輝等率軍入藏。清軍抵藏後，廓爾喀求和，巴忠等人違反乾隆帝意旨，擅自議和，許給廓爾喀每年元寶三百個（合銀九千六百兩），作為"地租"賠償，廓爾喀退兵。鄂輝等人謊奏"業經全行收複，邊界廓清"。
乾隆五十五年（1790年），廓爾喀以向西藏索要議和所許賠款為借口，再次侵入西藏，占領聶拉木、濟嚨、定日等地，長驅直入，攻陷日喀則，大肆搶掠紮什倫布寺後退回至聶拉木。乾隆帝得奏後，首先對怯懦無能、膽小怕事的駐藏官員進行嚴懲。將保泰革職，巴忠則畏罪自殺。對受命率兵入藏的鄂輝、成德，也因"坐失機會，其錯謬甚大"，將鄂輝革去總督職，賞給副都統銜；將成德革去將軍職，賞給副都統銜。清朝嚴辦了媚敵的薩迦寺喇嘛、預言不可敵的紮寺仔仲喇嘛、攜資逃跑的仲巴呼圖克圖，以及勾敵入寇的沙瑪爾活佛等罪人。但卻稱讚八世達賴喇嘛"毅然決斷，甚有識見"。（《清高宗實錄》）
乾隆五十六年（1791年）初，清朝任命嘉勇公福康安為大將軍，海蘭察、奎林為參讚，率領清軍入藏。在西藏人民的支持下，福康安率領清軍迅速收複失地，逼近廓爾喀首府陽布（今加德滿都）時，廓爾喀統治者不得不投降，並把從紮什倫布寺掠去的財物歸還西藏。清軍旋即而歸，廓爾喀派人至北京認罪。清朝兩次派軍入藏，驅逐廓爾喀的入侵，保衛了西藏，鞏固了邊防，增強了漢藏等各族人民的愛國主義精神。