漢族文化在高山族中進一步傳播，文化交流更加豐富。清朝在原有"社學"的基礎上，在許多新開發的地區設立學校，聘請漢人教育高山族兒童。雍正十二年（1734年），在鳳山、諸羅縣和淡水廳等地共設四十所"社學"。這些社學的興辦為傳播漢族封建文化，對於改善高山族的文化落後麵貌，提高高山族的文化生活水平都起了一定的積極作用。"各社番眾，衣衫半如漢製，略曉漢語，肆業番童……誦詩讀書，習課藝，應有司歲科試，鋟鋟乎禮教之鄉矣。"同時，居住在平地的高山族，由於長期和漢族交錯雜居，接觸頻繁，在經濟文化上相互關係十分密切，一般都會說漢語和使用漢文。住在偏僻山區的，都說本民族的語言。在高山族語言中，也借入不少漢語詞彙（閩南、客家等方言），更加豐富了高山族的語言。漢高兩族人民在文化上的交流，彼此的了解，對於消除社會生活中的許多因文化差異而造成的障礙起到了巨大的作用。
同時，台灣廣大的土地得到開發。漢族移民和原來的高山族漸漸地融入到了一起，在兩族人民共同的辛勤勞動下，把台灣島從南部到北部、東部地區等高山族聚居區都逐漸地開發出來。
東嘉朱先生在《台灣經濟史研究》中認為：康熙年間台灣同大陸的貿易，主要是台灣商船單向駛向大陸。真正由大陸商船來台灣貿易，則是雍正年間前後的事。
"商務特盛，貿易之船充積港內"，貨商往來很多。貿易範圍很廣，"北至津沽，南達岑嶠"都與台灣發生交易關係。由於貿易的頻繁，富商很多，"各擁巨資，以操勝算"。這時由內地去台灣的商船運去了大量的商貨。"海船多漳、泉商家貿易，於漳則載絲線、漳紗、剪絨、紙料、煙布、草席、磚瓦、小杉料、鼎縐、雨傘、柑柚、青果、桔餅、柿餅，景德鎮則載瓷器、紙張，興化則載杉板、磚瓦，福州則載大小杉料、幹、香菰，建寧則載茶。（從台灣）回來載米麥菽豆、黑白糖粉、番薯、鹿肉，售於廈門諸海口。"交易的商品種類繁多，各地商品都有其特色，商人往來販運，都有不同商貨。商業貿易的興旺，把內地和台灣聯結得更為緊密，使全國統一有了牢固的經濟基礎，台灣已經深深地植根於整個中國經濟圈中。
（中華曆史網《清朝統一台灣與台灣經濟的發展》）"西藏與清朝的聯係也開始於清朝入關之前。崛起於東北的清王朝深受藏傳佛教的影響。1639年清朝經藏傳佛教高僧伊拉古克三呼圖克圖的赴清聯絡，與西藏地方建立聯係，並把利用藏傳佛教格魯派以籠絡蒙藏人心作為一項戰略。1652年（清順治九年），五世達賴喇嘛應邀覲京，順治帝待以殊禮，次年（1653年）正式冊封他為"西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛"，頒發金冊、金印，從此確立了曆代西藏達賴喇嘛都必須經清朝冊封的製度。同時，清朝還敕封統領西藏的顧實汗為"遵行文義敏慧顧實汗"。"（馮智《清朝用兵駐兵西藏製度的形成、發展和影響》）
顧實汗和五世達賴喇嘛去世後，和碩特部汗王（屬於蒙古部落）和第巴的（屬於西藏部落）發生衝突，蒙藏貴族爭權奪利鬥爭激烈。為了加強對西藏的統治，在1709年特派侍郎赫壽入藏冊封五世班禪羅桑益西為"班禪額爾德尼"。從此，曆代班禪均受清朝冊封也成為一項製度，同時清朝還確立了班禪在西藏政教中的地位。
西藏政局不安，給新疆的準噶爾部策妄阿喇布坦以乘機插手西藏地方事務機會，他聯合青海蒙古部落與拉藏汗爭奪政教權力。他請倉央嘉措去伊犁傳教，但遭到了拒絕。他又煽動和利用拉薩的僧俗信眾反對意西嘉措（六世達賴），並揚言將派兵護送靈童格桑嘉措入藏"坐床"（意思是登位大典）。1717年（康熙五十六年），策妄阿喇布坦派遣策零敦多布率軍六千，從新疆葉爾羌入西藏阿裏；另遣一隊至青海取靈童格桑嘉措。策妄阿喇布坦侵藏嚴重威脅到清朝對西藏的統治，於是康熙五十八年（1719年），康熙帝命令大軍進藏，並命皇太子允為撫遠大將軍，統率六師，駐節西寧，調餉征兵，居中調度。策妄阿喇布坦部隊與清朝的強大軍隊交戰，屢戰屢敗後僅有一百多人逃回新疆。清解救了西藏人民，結束了蒙藏貴族在西藏圍繞真假達賴喇嘛的權力之爭。清軍一度組織以延信為首的軍事法庭（臨時政權），奉旨將意西嘉措押京處理，穩定了格魯派僧俗人心。清朝開始采取蒙藏分離和政教分離政策，排除企圖繼承西藏汗王的羅卜藏丹津一夥與青海和碩特部貴族的幹擾和反對，徹底廢除蒙古汗王與第巴製，選定在"逐準保藏"戰爭中有功的藏族官員康濟鼐、阿爾布巴、隆布鼐、紮爾奈等4人為噶倫，組成西藏地方政府。從此，西藏地方實現了由蒙藏聯合掌政向藏族官員單獨執政的轉變，標誌著清朝對西藏實行從間接管理到直接治理的曆史性轉折。（馮智《清朝用兵駐兵西藏製度的形成、發展和影響》）