果然，鼇拜以為少年戲耍，沒有在意。其間，還發生了一件事情，更加讓鼇拜認定康熙隻不過是一個沒有什麼見識的小屁孩子，不足為患。一次鼇拜稱病，好久不來朝拜皇帝，康熙便親自來到鼇拜府中探聽虛實。他徑直來到鼇拜的臥室，發現鼇拜在席子底下藏有利刃，康熙心中大怒，更加確定了鼇拜的狼子野心，但他很沉得住氣，不但不加責怪，反而安撫說："滿洲勇士，身不離刀，乃是本色。"鼇拜聽了，對康熙的最後一絲警惕心就消失殆盡，更加肆無忌憚，為所欲為。
1669年5月，康熙決定采取行動。他首先將鼇拜的黨羽以各種名義派出，削弱鼇拜的勢力，然後派人將鼇拜召入宮中觀看"布庫"演習。鼇拜號稱"滿洲第一勇士"，自然對這些年紀十三四歲的小孩子，不加防範。康熙利用鼇拜的輕視心理，命令"布庫"少年將鼇拜擒捕。
被擒獲的鼇拜便是落架的鳳凰不如雞了，當初被鼇拜欺辱的清貴族乘機"有冤的報冤，有仇的報仇"，康親王傑書等人"列上鼇拜大罪三十，論大辟，並籍其家，納穆福亦論死"。照道理說，康熙應該照準，鼇拜張牙舞爪了多年，不將小皇帝放在眼中，擅權越位，深深觸傷了小皇帝的自尊心，敢覬覦皇權的人，理當誅滅九族。但是，康熙卻對鼇拜做出了寬大處理，他下詔說："鼇拜愚悖無知，誠合夷族。特念效力年久，迭立戰功，貸其死，籍貫沒拘禁。"意思就是說鼇拜隻是一個四肢發達，頭腦簡單的蠻夷，姑且念在他為清廷效力多年，且屢建奇功的份上饒他一死，隻是處以終身監禁。主犯處理，再處理從犯。康熙僅是革除了遏必隆太師一職，不久後又還其公爵。對於鼇拜的其他黨羽也給予了寬大處理，同時，他還恢複了已死的蘇克薩哈的職位。"這樣處理，不僅一舉清除鼇拜及其同黨，而且穩住了鑲黃旗。當時，康熙帝年僅14歲，而部署周密，沉著機智，處理得當，不失分寸，初露其胸懷謀略、臨機果決的政治家風範。"（《正說清朝十二帝》）
少年康熙雖然年幼，但是心思縝密而鎮定。除掉了眼前的鼇拜後，另一個對他統治有妨礙的問題浮出了水麵，那就是三藩問題。三藩指的是清初的吳三桂、耿精忠、尚可喜三支割據勢力所轄藩鎮。
柏楊先生在《中國人史綱》中說："回溯十二世紀的往事，金帝國以雷霆萬鈞之力南侵，卻隻能推進到淮河為止。而它的後裔清帝國，卻迅速地把全部中國並吞，主要的原因是，金帝國在開始時便缺少得力的漢奸和漢奸兵團的幫助，以致完顏兀術雖然渡過長江，仍是一支盲目的孤軍。而清帝國入關時，已豢養了不少強有力的漢奸和漢奸兵團。"柏楊先生在這裏說的漢奸軍團便是三藩。清廷入關之後，為了更快地消滅李自成的農民軍和南明小朝廷，同時擴大自己的軍事實力，減少八旗兵傷亡，於是招降並重用一些明朝的降將，他們所率領的軍隊成為八旗以外的重要武力。在明朝降將中，以孔有德、耿精忠、尚可喜、吳三桂四人替清朝出力最大，所以均受封為王。吳三桂被封為平西王，留鎮雲南；尚可喜被封為平南王，留鎮廣東；耿精忠被封為靖南王，留鎮福建。另一被封為王的孔有德和兒子在同農民軍李定國作戰時戰死，爵位由其女婿孫延齡繼承，清廷即以孫延齡為將軍代領其眾，駐守桂林。所以，四個叛將之中隻剩下了三個，成為藩王駐紮在清廷邊境。
據史書記載，當時"三藩勢成割據，各擁重兵，久據數省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐領，綠營兵各六七千，丁口各兩萬；平西王所屬兵力五十三佐領，綠營兵一萬二千，丁口數萬。吳三桂功高兵強，四方精兵猛將多歸其部下。清廷又擢升其部將王輔臣為陝西提督，李本深為貴州提督，吳之茂為四川總兵，馬寶、王屏藩、王緒等十人為雲南總兵。三藩勢力幾及全國之半。"對於這樣強大的勢力，就算是這三藩並沒有反叛之心，康熙坐在自己的位置上也不會覺得安穩，而且三藩的存在，每年要消耗兵餉2000餘萬兩，在經濟上也成為清廷沉重的負擔，所以削藩是他鞏固統治，興盛清朝的第二步，非削不可。
但是，削藩也如當初除掉鼇拜一樣不是容易的事情。三藩勢力之大，讓皇帝不得不忌憚。尤其是三藩之中最為強悍的吳三桂，軍事實力十分雄厚，他轄下藩兵不下10餘萬。而且這些軍隊都是吳三桂一手調教出來的，是隻知道有吳三桂，不知道有朝廷的死黨。麵對這樣一群實力集團，剛剛入關不久的清廷無論如何都沒有把握製約他，所以就處處退讓，並假以專製雲、貴二省的一切大權。當時清廷給雲、貴二省督撫的敕書，都要寫入"聽王節製"四字。甚至，吳三桂可以隨意題補官吏，號曰"西選"。清廷派遣到雲南的官員很快就會被吳三桂收歸旗下，表麵雖然忠於清廷，實際上惟吳三桂馬首是瞻。
除軍事實力之外，吳三桂經濟實力也非常雄厚。據專家研究，他占據明代世鎮雲南的沐氏莊田700頃作為藩莊，又和西藏的達賴喇嘛在北勝州互市，以茶換取蒙古的馬匹，並且派遣許多人去做生意，販運遼東人參及四川的黃連、附子，以牟取利潤。他曾大量地貸錢給商人使用，謂之藩本。他強征關市之稅，開礦鼓鑄。