三省封駁製度、諫官和史官製度等的罷廢，是皇權惡性發展的必然結果，同時也是中國專製主義皇權自我調整機製喪失，從成熟走向衰腐、僵化的主要標誌。
朱元津以“拯生民之塗炭，複漢宮之威儀”為標榜，滅元興明。在建製上，以承唐、來為名義，而實際上卻繼承元朝，不過將一些蒙古的名號、製度予以廢棄和改易。君尊臣奴在名義上當然已改變了，但君臣尊卑的差距卻一仍元舊。於慎行所說的“本朝因之，未能複古”，就是這個意思。
朱元璋這個托缽遊方的小沙彌出身的皇帝，雄猜大略。他自卑，又自大，牢牢地把握著權力杖。為此，他殘酷地大殺功臣，以保證朱明江山千秋萬代。他厲行專製從洪武十一年起，就令奏事毋關白中書省。兩年以後，便明令罷中書省，廢丞相一官，由皇帝直接領導吏、禮、戶、兵、刑、工六部，分管全國的行政。曆代的皇帝，為了防範和削弱相權，不外乎采取兩種手段：一是在內廷置私人以侵削丞相之權；二是在外朝分設相當的機構，以分散丞相之權。朱元璋深儆內官之患，不許內臣幹政。所以，在分散權力方麵大作文章。行政方麵六部並立.軍政則置中、左、右、前、後五軍都督府分領，而征調又隸於兵部。刑法由刑部、都察院、大理寺共同執行，刑部受理刑名，都察院糾察，大理寺駁正；又特設錦衣衛以掌詔獄。他也保留了給事中這一官職，六科（吏、戶、禮、兵、刑、工）給事中“掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽查六部百司之事。凡製敕宣行，大事複奏，小事署而頒之；有失，封還執奏。凡內外所上章疏下，分類抄出，參署付部，駁正其違誤”。他們的品級很低，各都給事中才正l匕品。朱元璋也曾有諫院、諫議大夫之設，尋罷。在明代，習慣上即以吏科都給事中為諫官領袖。（《萬曆野獲編》卷十九《台省、吏垣都諫被彈》）但實際上六科的主要職責在於監察六部，與隸屬都察院的十三道監察禦史職在糾察內外百司並無根本的分別，因此，科、道並稱，其規諫的作用事實上徒有虛名。中期開始，“科、道糾彈，多出上旨，或召對麵諭，且戒以勿泄.賜酒撰而退，或亦賜果核焉”（《水東日記》卷二七《糾彈多出上旨》）。“凡有彈糾，必六科先承密旨，十三道則因之。”（同上卷一《糾彈必承密旨》）可知六科與監察禦史一樣，都隻是皇帝的鷹犬，而且是直接受皇帝本人的嗾使而進行搏噬。這是與前朝有很大不同的。
從刑法製度上，明初君尊臣卑的惡性發展也表現得很明顯。薛允明比較了唐律與明律的差異，在《唐明律合編後序》中指出：“唐律於名例之首，即列八議，議情減之後，又繼之以官當蔭贖。其優恤臣工者，可謂無微不至也。明律俱刪除不載，是隻知尊君，而不知禮臣。偏已。”錢大聽也指出：古律有蔭減，蔭贖，本於周官八議。唐承隋，“始著於律。唐、宋相因，莫之或改。明名例律雖載八議之條，乃戒治獄官，勿許引用（《十駕齋養新錄》卷六《古律有蔭減蔭贖》）。洪武十八年，朱元璋頒行《大誥》。《大誥》是皇帝肆意恣行，法外立法的專製典型。宋朝的士大夫，在人格上基本是獨立的，對來自皇帝的征召和任命，可以一再辭免，拒不履任；意見不合河自行隱退，然後悠遊林泉，從事著述。政府還特別創提舉宮觀的閑職，以安置這些告退的高級官僚。朱元璋的態度就不同了。廣信府貴溪縣儒士夏伯啟叔侄二人各自殘其左手大姆指，示意不為新朝效命。朱元璋嚴厲申斥其“去指不為朕用，是異其教而非朕所化之民，爾宜嫋令，籍沒其家，以絕狂夫愚夫仿效之風”（《大誥三篇·秀才剁指第十》）。這就開所謂“寰中士夫不為君用之科”。古時候的聖者伯夷、叔齊，不食周粟，可以避居到首陽山食蕨延命，不失其“清”。到了朱元璋的治下，儒士們連一點退隱的自由也被剝奪。根據朱元璋的指示，《大誥》這本書，“務要家藏人誦，以為鑒戒。倘有不遵，遷於化外，的不虛示”（《大誥三編·頒行三誥第四三》）。朱元璋以行酷刑著稱，如淩遲、刷洗、稱竿、抽腸、剝皮、錫蛇遊、挑筋、去指、去膝蓋、斷手、刖足等等，雖有意在儆貪儆惡，但同時也在顯示與樹立君主的絕對淫威。靖難之變，方孝儒守正不屈，明成祖誅其十族。十族，即血親九族之外，並及其門人。這種嚴酷的濫殺是對文明的野蠻褻讀，對士氣的毀滅摧殘。當成祖進逼南京時，建文帝的臣僚中，翰林纂修周是修與同僚楊士奇、解縉、胡靖、金幼孜、黃淮、胡儼相約一同守節殉死。既陷之後，周是修謹守自己的諾言一，其他人則都食言而肥，改事成祖，搖身一變，成了新朝的權貴。所以有人指出永樂以來，士風為之一變。隱忍苟活的奴才性格是由專製者的屠刀訓練出來的。同時的科舉，以拘守《五經大全》、《四書大全》為內容，以八股文為程式，則把土子的思想牢牢禁錮，斫殺任何一線的生機。酷刑造就了馴順，科舉造成了迂腐。馴順與迂腐，開始成為明清士大夫的醜陋習性，而這些恰恰是極端專製主義皇權統治下必然、也是必要的產物。