北宋相沿以平章政事為宰相，置參知政事為副貳。三省雖存，實皆空官。北宋前期的官，僅用於“寓祿秩，敘位著”而已，所謂‘官以寄祿”。“故三省、六曹、二十四司，類以他官主判，雖有正官，非別敕不治本司事。事之所寄，十亡二三。故中書令、侍中、尚書令不預朝政；侍郎、給事，不領省職。諫議無言責，起居不記注，中書常缺舍人，門下罕除常侍。司諫、正言，非特旨供職，亦不任諫諍。至於仆射、尚書、丞、郎、員外，居其官不知其職者，十常八九。”（《宋史》卷一六一《職官誌總敘》）官員所任的實際職務叫“差遣”。高級的職務，都由皇帝詔授。這樣作的結果，大大增加了官製的混亂，助長因循。神宗時，依仿《唐六典》進行了官製改革。其中關於三省製度的是分“中書門下政事堂”為三省，令中書取旨，門下複奏，尚書施行。（《文獻通考》卷五十《職官考四·門下省》引司馬光奏）“三省置待中、中書、尚書三令而不除人，而以尚書令之貳左、右仆射為宰相。左仆射兼門下侍郎，以行侍中之職；右仆射兼中書侍郎以行中書令之職。複別置中書門下侍郎、尚書左右丞以代參知政事。中書揆而議之，門下審而複之，尚書承而行之。獨中書取旨，而門下、尚書之官為首相者，不複與朝廷議論。”（同上卷四九《職官考三·宰相》）元祐初月馬光又請令三省合班奏事，分省治事，自紹興以後皆因之。據朱熹所述：“渡江以來，執政事皆歸一，獨諸司吏曹（二十四曹）依舊分額各屬。三省吏人自分所屬，而其上之綱領則不分也。（舊時三省事各自由，不相侵越，不相聞知。中書自理會中書事，尚書自理會尚書事，門下自理會門下事。）如有除授，則宰執同共議定，當筆宰執判‘過中’，中書吏人做上去，再下中書；中書下門下，門下下尚書。書行，給、舍繳駁，猶州郡行下事，須幕職官金押。如有不是，得以論執。中書行下門下，皆用門下省官屬金押，事有未當，則官屬得以執奏。”（《朱子語類》卷一二八《本朝二·法製》）故當時人頗認為“門下相凡事既同進呈，則不應自駁已行之命慘見《石林燕語》卷三），是省審之職可廢也”（《文獻通考》卷四九《職官三色相》）。
兩府製的出現，標誌著到了宋代，軍事權力開始完全從相權中分離出來，建立獨立的機構，即樞密院，專掌軍政。漢因秦製，置太尉，次於丞相，掌四方兵事。《文獻通考》弓陌林葉氏謂：“漢高祖元年，以蕭何為丞相凋苛為禦史大夫。五年而後始命盧綰為大尉。綰王燕後，以命周勃。尋省。蓋是時高祖方自征伐，武事不以屬人，亦不必設官也。文帝元年調勃遷右丞相，以薄昭為車騎將軍，朱昌為衛將軍，而不置太尉。蓋自代來，未敢以兵權委漢廷舊臣，故以其腹心分領之耳。自是虛太尉者二十六年。七國反，景帝以周亞夫擊之，始複以亞夫為太尉。兵罷亦省。又十三年而武帝以命田蚧，一年複省。又二十一年乃以大將軍衛青、驃騎將軍霍去病為大司馬，各冠其將軍，即太尉也。蓋方有四夷之功故爾。自去病、青死，又十九年而霍光以奉車都尉為大司馬、大將軍。以此考之，太尉官自高祖以來，有事則置，無事則省，不以為常也。蓋漢雖設太尉總兵，而左、右、前、後及因事置名以為將軍者不一。豈因不欲以兵權屬一官邪！觀高祖命盧綰，武帝命霍、衛，非親即日，其意可知矣。”（卷四八、《職官二·太尉》）《後漢書》王注引謝靈運《晉書》亦謂：“秦有太尉，掌兵。漢仍修之，或置或省。”（卷二四《百官誌·太尉》）東漢的大尉其本來的職務，據《百官誌》，是“掌四方兵事功課”。從這方麵講，它也應是“有事則置，無事則省”，與西漢相同的。所不同的是東漢的太尉，多與太傅同錄尚書省事，因此，它擁有宰相的一部分權力。故其掾屬有長史、西曹（主府史署用）、東曹（主二千石長吏遷除及軍吏）、戶曹（主民戶祠祀農桑）、奏曹（主奏議事）、辭曹（主辭訟事）、法曹（主郵驛科程事）、尉曹（主卒徒轉運事）、賊曹（主盜賊事）、決曹（主罪法事）、兵曹（主兵事）、金曹（主貨幣鹽鐵事）、倉曹（主倉穀事）、黃閣主簿，錄省眾事。又有令史及禦屬二十三人。這都明白地表明，東漢的太尉決不是單任軍事的首長。後世的太尉或置或否，悉為三公，實不預軍事。在朝廷上軍事與政事明確分屬，專置樞密院管領，是由宋朝開始的。樞密這一機關，據元人王渾所記：“唐初典兵禁中，出於帷幄之議，故機密名官。開元中，設堂後五房，而樞密自為一司。其職秘，獨宰相得知，舍人官屬無得預也。貞元之後，藩鎮旅拒，重以兵屬人，乃以中官分領左、右神策軍而樞密之職歸於北司，然常寄治省寺廡下誕英會議則屏立殿西，勢猶厭厭傳道宮省語而已。至其盛時，其貴者號中尉，次則樞密使，皆得貼黃除吏。唐末，乃除北司，並南北軍於樞密使，遂總天下之兵。五代以來，多以武人領使，而宰相知院事。至宋，複置副貳、簽書、直學士之名，大略文武參用，間以宰相領，故得進退大吏，預聞機政，其任職益重矣。”（《秋澗先生大全文集·玉堂嘉話卷二》引陳繹修《西府記》）或謂：唐代宗永泰中，“置內樞密使，以宦者為之。初不置司局，但有屋三楹，貯文書而已。其職掌惟承受書，奉於內中進呈。若人主有所處分，則宣付中書門下施行而已”（《山堂考索後集》卷五《官製門·樞密院切。馬端臨謂代宗置內樞密使，“使之掌機密文書，如漢之中書謁者令是也。若內中處分則令內樞密使宣付中書門下施行。則其權任已侔宰相。至僖昭間，楊複恭、西門季元之徒，遂至於視事、行文書矣。昭宗天複元年，既誅劉季述，乃敕：‘近年宰相延英奏事，樞密院侍側，爭論紛然。既出，又稱上旨未允，複有改易，撓權亂政。自今並依大中舊製，俟宰相奏事畢，方得升殿，承受公事。’蓋當時所謂樞密使者專橫如此”（《文獻通考》卷五八《職官考十二·樞密院》）。朱梁開平元年，置崇政院而廢樞密院，其職事皆並人之。（《資治通鑒》卷二六六）後唐莊宗複改崇政院為樞密院，並始以外官為之，其親近超過宰相。宰相隻有兼樞密使，方得以執大政；否則，但如唐之左、右仆射，僅止省官而已。故馬端I臨譏此為“宰相之外複有宰相，三省之外複有一省”。宋興，始以樞密院專掌軍政。以中書為相、樞密為將，對掌文武二柄，謂之兩府。每有大事，三省與樞密院同議，進呈畫旨，稱三省、樞密院同奉聖旨。三省官皆同簽書付樞密院行之。小事樞密院獨取旨，行訖，關三省。每朝，三省、樞密先同對。樞密院退，待於殿廬，三省始留進呈三省事。退，樞密院再上進呈，獨取旨。（《文獻通考》卷五八《職官十二·樞密院》）宋朝在軍製上開始了由府兵製向募兵製的重大轉化，“軍隊的性質由兵農合一的半職業化軍隊演變為專事戰鬥的職業化軍隊，對軍隊的管理也由軍政合一的折衝府體製逐步演變為專司軍隊的侍衛司與殿前司領導體製”（《中國政治製度史》第585頁）。與此同時，在軍政管理上，也相應的把軍政從相權中獨立出來，在中央成立了自己的最高管理機構，這無疑是十分必要的。樞密院的職掌，包括“軍國機務，兵防、邊備、戎馬之政令，出納密命，以佐邦治。凡侍衛諸班直、內外禁兵招募、閱視、遷補、屯戍、賞罰之事皆掌之”（《宋史》卷一六一《職官一樞密院》）。