一、國民黨內部核心組織人員的政治思想素質與工作水平普遍較低，缺乏為國家民族獻身的政治信念，加之客觀上有關當局的用人不當。朱家驊依靠駐滬二吳（吳開先、吳紹澍）重用的趙祺是一個不盡職守的人，專於享樂而疏於工作，還有虛報冒領貪汙腐化等醜行。而其他幹部的基本狀況也普遍不佳，李光輝等人在南京也沒有什麼大的作為。除了當時外部環境惡劣的因素之外，中統局內部多數人缺乏政治信念、思想品格素質不高和工作不努力是其中顯而易見的原因。除了在選派人員時就表現出的普遍的怕險畏難情緒及上任後的追求享樂消極怠工外，張紹揆之類被捕後很快叛變保命，不講政治氣節等更是其例證。
二、組織內部缺少理解合作，矛盾太多，指揮失靈。中統組織上下級與各係統之間不僅不配合，反而互相攻訐，搶奪財權與領導權，造成內力抵消，難以一致對外。如趙祺及其組員之間不斷的相互摩擦，互相攻擊等。這從朱家驊一次又一次的電文命令和斥責處理決定中可見一斑。
三、工作作風欠佳。敵後工作人員沒有高尚的政治目標，缺乏堅實的群眾工作基礎，因此造成其工作缺少紮實的作風，隻求做些表麵文章，浮誇虛構，以至於定計劃洋洋大觀、要經費多多益善、幹實事乏善可陳。如在南京的地下工作報成績羅列一串，情報不實，欺上瞞下，隻為要錢。突襲漢奸要員隻為揚名一時，實際意義不大。這不僅讓重慶方麵惱火，就連在上海直接指揮的二吳也無法回避隱瞞，總是要求改派“中央得力幹員”前來指導工作，希望南京工作局麵因此而有所改觀，但直到最後，其新派大員也總是改變不了怕苦畏難的作風，其根源就在於派出幹部的基本素質欠佳與國民黨的組織機體缺乏生命力。
當然，對於國民黨當局在淪陷後的南京重建地下組織的努力，從抗日的立場出發，我們今天也應當看到其中的積極一麵；至少他們在與日偽的鬥爭中做了一些工作，牽製了敵人的力量，並在某種程度上打擊了敵偽的氣焰。
但總的來看，從這段曆史中我們同時也看到了國民黨內部的政治腐敗、組織渙散與黨員幹部精神世界普遍頹廢的狀況，從中我們可以明白國民黨為什麼會從抗戰勝利的頂峰落入崩潰的深淵，最後歸於全麵的失敗。
軍統策動南京日本領事館投毒案
詹長麟，祖籍安徽徽州，1913年出生於南京。其先人在明洪武年間曾被朱元璋征調到南京修城牆，從此子孫後代就留在南京定居，成為地道的南京人了。
十五歲時，詹長麟當上了國民政府警衛旅旅長俞濟時的勤務兵，他家住在二條巷，每天早出晚歸服役。在充滿戰鬥氣氛的軍營中，詹長麟得到了鍛煉。“一二·八”上海抗戰時，他曾隨軍到上海征戰，培養出過人的膽魄。
1934年詹長麟二十一歲，退伍後在家靠織綢緞謀生。後經其父親詹士良之友介紹，到日本領事館當仆役。當時日本領事館招用中國人有四個條件：1．不會日語；2．要有家人在南京做人質；3．外貌要俊秀；4．做事要勤快，手腳要麻利。詹長麟經過日本總領事親自麵試，成為日本領事館勤雜工，每天為日本領事打掃房間。他在日本領事館工作勤快，能吃苦，得到了日本人的信任。此時，他也被國民黨特工看中了，想利用其工作之便搞日本的情報。
某晚，詹長麟被秘密叫到鼓樓旅社4號房間，由軍統特務趙世端出麵與他談話。趙世端說：“我是首都警察廳外事組組長。你知道為什麼要介紹你去日本領事館工作嗎？”詹長麟說：“不知道。”趙世端說：“目的就是要你刺探日本人的情報。”詹長麟嚇了一跳。趙世端說著拔出一支手槍放在桌上，聲色俱厲地對他說：“現在有兩條道路由你選：一條是繼續在日本領事館工作，當一名臥底，每月可得十塊錢工資；另一條道路是，你既不肯當一名抗日的中國人，就馬上用這把手槍在我麵前自殺。”詹長麟這才知道真相，當即回答：“我願意留在日本領事館。”
從此，詹長麟成了一個國民黨特工人員，他從特務機關和日本領事館兩麵拿工資，每月共得十八元。當時一百斤一袋的洋麵粉價格隻三塊錢，所以他家裏的生活很寬裕，但工作卻十分危險，時時刻刻提心吊膽，神經緊繃。
他是日本總領事的仆從，每天可以在總領事的辦公室內偷偷看到來往的信件文件，甚至可以監視總領事的一舉一動，偵察領事館裏的各種動向。每天回到家後，他就用明礬水在白紙上寫情報，待水幹後字跡就隱去了。他家的大門旁有尊關公像，詹長麟的母親每天把情報插在關公像後麵，等人來取走。她也常常在關公像後麵拿到特務組織的指示交給兒子。詹長麟的哥哥詹長炳也進了日本領事館當仆役，成了特務人員。