1939年10月，上海區第四行動大隊副隊長萬裏浪投靠“76號”，並設計抓捕上海區書記鄭修元，差一點得手。陳恭澍急忙安排鄭撤退。這年年底，隨王天木投敵的陳弟容被軍統擊斃後，所遺“76號”第一處處長職務由萬裏浪繼任。萬裏浪是個窮凶極惡的人，他上任後拚命給李士群賣力，到處搜捕軍統人員，並殘酷地對待被捕者。他利用過去當忠救軍指導員時結下的關係，把原忠救軍分隊長、現任上海區第一行動大隊第三分隊長的周西垣拉了過去。當陳恭澍請命製裁萬、周時，戴笠卻對這份報告拖延不批，有消息說，這是因為萬裏浪投偽是戴笠的安排，但從他對上海區的破壞情況來看，即使是戴的計劃，那麼這時戴也是啞巴吃了黃連，有苦難說了。1941年6月28日，新任上海區第一行動大隊隊長劉原深又被萬裏浪綁架，接著區內人員連連被捕，特別是刺殺日本官兵最多的第三行動大隊，到10月，大隊長蔣安華以下六十餘人隻有一人幸免。上海區人員大批被捕，陳恭澍無法阻止這“多米諾骨牌”效應，就提出了大規模換人的計劃，欲將上海區人員撤走五百餘，再從忠救軍調入千餘，讓萬裏浪無人可捕。正在此時，區長陳恭澍也出事了。
1941年10月29日，上海區有十餘人被日偽搜捕，其中包括區會計和大量的記錄有關行動與關係單位人員的賬單，立即成為日偽的追查線索和依據。
陳恭澍得到內線報告，馬上向戴笠發報告急，接著去找區書記齊慶斌商量對策。但齊已被捕，陳恭澍也被留守的汪偽特務抓獲，送往“76號”。萬裏浪在李士群安排下得意洋洋地對陳進行了審問和勸降。
隨著陳恭澍、齊慶斌的被捕，軍統局上海區被汪偽特務組織“76號”全部破壞。11月28日，汪偽《中華日報》公布《渝方藍衣社上海區組織係統及其名單》，將軍統局上海區十個部門、八個行動大隊、五個情報組組織人員全部公布，其中相當部分被捕人員被吸收參加了“76號”偽組織。李士群甚至利用被繳獲的電台給重慶軍統局發報，歡迎戴笠來南京投汪，氣得他幾天悶悶不樂食不甘味。這是抗戰開始後，蔣、汪特務在上海灘較量，軍統方麵的又一次大失敗。奇怪的是，汪偽特務頭目李士群出於內部鬥爭、對外尋後路等多方麵的原因，他們對被俘的陳恭澍、齊慶斌等人並未為難，隻是要求他們投降，與日偽合作，以“絕對不能再走回頭路”（指再與軍統聯係）為唯一的條件，而先期被捕的軍統局上海站長錢新民、副站長尚振聲就是因被捕後又“走回頭路”而被汪偽特務殺害的。
在得到陳恭澍的允諾後，李士群竟然冒著得罪汪精衛夫婦的危險，為河內刺汪的主將之一陳恭澍打了掩護，也不知他怎樣說服了曾在審訊時對陳恭澍破口大罵暴跳如雷的汪妻陳璧君，使汪精衛夫婦破例答應不再追究往事。
這不僅使陳恭澍保留了性命，而且得到了任用，被派往杭州偽“政治保衛學校”任教育長。李士群死後，陳恭澍又得到了日本特務“梅機關”中島信一、晴氣慶胤等人庇護，組織了一個為日本人搞情報的“第一委員會”，由日軍方直接供應經費物資，以至連偽政府要人周佛海也要向他討好，得以渡過重重危機。其間，他暗中又與重慶軍統恢複了聯係。抗戰勝利後，陳恭澍立即被軍統委任為上海區第三站站長，半年後的1946年春節前夕，他忽然被國民政府以漢奸罪逮捕，並判刑十二年。一年半後又被釋放，轉任“中央訓練團勵誌訓練班”第一大隊上校大隊長，後又任“國防部綏靖總隊”第一大隊上校大隊長，開赴華北參加反共內戰。
關於陳恭澍在被捕後的經曆，僅憑他在回憶錄中所說的他隻向日偽交代了一些“他們所知的情報”和不會對重慶方麵造成直接危害的情況而言，就是在一般的推理上是說不通的。李士群和日本“梅機關”不是傻瓜，而汪精衛夫婦更是對試圖暗殺他們的人痛恨至極，他們一定不肯輕易放過曆次追殺汪的行動主持人之一的陳恭澍，而陳自己解釋的日偽認為他“有用”、李士群和“梅機關”各有矛盾及有所圖等理由，其前提是陳要答應“合作”才行。所以，有情報說陳已供出了先期打入汪偽政權的唐生明真實身份等重要情報，才得以被“76號”放生和收編，是有一定道理的。