康熙14歲的時候，親自執政。另一個輔政大臣蘇克薩哈和鼇拜發生了爭執。鼇拜懷恨在心，就勾結同黨誣告蘇克薩哈犯了大罪，奏請康熙帝把蘇克薩哈處死。康熙不肯批準，鼇拜在朝堂上跟康熙吵了起來。康熙非常生氣，但是一想到鼇拜的勢力不小，隻好暫時忍耐，把蘇克薩哈殺了。
從那以後，康熙就下決心除掉鼇拜。他找了一批十幾歲的貴族子弟擔任侍衛，這些少年個個健壯有力。康熙把他們留在身邊，天天練摔跤。鼇拜進宮去，常常看到這些少年在禦花園裏摔跤，隻當是孩子們鬧著玩，一點也不在意。
有一天，鼇拜接到康熙的命令，要他單獨進宮商量國事。鼇拜像平常一樣大模大樣進宮去。剛跨進內宮的門檻，忽然一群少年擁了上來，圍住鼇拜，有的擰胳膊，有的拖大腿。鼇拜雖然力氣很大，可是這些少年人多，又都練過摔跤，不一會兒就把鼇拜打倒在地。
鼇拜被抓進大牢，康熙馬上讓大臣調查鼇拜的罪行。大臣們認為，鼇拜的罪行累累，應該處死。康熙覺得鼇拜曾經立過功，就沒處死他，隻是把他的官職撤了。
171.康熙平“三藩”
康熙親自執政後，清王朝漸漸強盛起來。但是南方有三個藩王，讓康熙帝十分擔心。這三個藩王本來是投降清朝的明軍將領，分別是吳三桂、尚可喜、耿仲明。
康熙帝知道要統一天下，三藩是很大的障礙，一定得找機會削弱他們的勢力。正好尚可喜年老，他想讓自己的兒子繼承王位，康熙不同意。這樣一來，吳三桂和耿精忠（耿仲明的孫子）就有些慌張了，他們想試探一下康熙的態度，就主動提出撤除藩王爵位、回到北方的請求。沒想到，康熙同意了他們的請求，吳三桂非常生氣。
公元1673年，吳三桂在雲南起兵。一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信（尚可喜的兒子）和福建的耿精忠聯係，約他們一起叛變，曆史上把這件事稱為“三藩之亂”。
三藩一亂，整個南方都被叛軍占領。康熙並沒有被他們嚇倒，一麵調兵遣將，集中兵力討伐吳三桂；一麵停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，穩住他們。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，就投降了。
吳三桂的力量漸漸變弱，處境十分危險。經過8年戰爭，他知道支撐不下去，生了一場大病之後就死了。公元1681年，清軍分三路攻進雲南昆明，吳三桂的孫子自殺。清軍最後平定了叛亂勢力，統一了南方。
172.雅克薩之戰
康熙剛剛平定了三藩的叛亂，東北邊境又傳來沙皇俄國侵犯邊境雅克薩的消息。康熙親自帶兵出征，一麵派將軍彭春、郎談借打獵為名到邊境偵察；一麵要當地官員修造戰船，建立城堡，準備與敵人作戰。
公元1685年，康熙派彭春率領陸軍、水軍一萬多人，到雅克薩城下，把雅克薩圍了起來。清軍又在城下堆起柴草，準備放火燒城。俄軍的頭目很害怕，在城頭上扯起白旗投降。俄軍撤走後，彭春命令士兵把雅克薩城堡全部拆了，讓百姓種地，然後撤走了軍隊。
俄軍的頭目打聽到清軍撤出的消息，就帶兵回到雅克薩。康熙帝決定把侵略軍徹底消滅。將軍薩布素帶兵進軍雅克薩，清朝的戰士想到從他們手裏放走的敵人又來了，恨不得馬上把他們消滅。這一次，清軍的炮火更加猛烈，俄兵幾次出城反撲，都被清軍打了回去。守城的俄軍頭目中彈死去，剩下的一批侵略軍不得不躲到地窖裏，但是沒幾天，病的病，死的死，最後隻剩下了100多人。沙俄政府慌忙派使者要求談判，康熙才下令停止攻城。
公元1689年，中國政府派索額圖為代表，沙俄政府派戈洛文為代表，在尼布楚舉行和談，劃分了兩國邊界，並簽訂了《尼布楚條約》。《尼布楚條約》是中俄雙方在平等基礎上簽訂的一個不平等條約，開“以土地換和平”之先河，為日後沙俄大規模鯨吞中國東北地區埋下了伏筆。