再者，張四維清算張居正，也是出於清除異己、樹立個人權威的需要。張居正任首輔時期，在對反對官員的處理方麵確實存在一些不適當的地方，上有所好，下必效之，依附於他的人往往進一步打擊其反對者，難免引發很多官員對張居正的不滿。例如，在張居正在位期間，他的三個兒子都考中了進士：萬曆五年（1577），張居正的二兒子嗣修被神宗親自擢為一甲第二名；八年（1580），他的第三子懋修以神宗欽點的一甲第一名考中狀元，他的長子敬修也考中二甲第十三名進士。張居正三子皆中進士，成為明代科舉製度史上的一個極端事件，引起了輿論的極大不滿。《古謠諺》記載當時的民諺曰：
萬曆丁醜，張太嶽子嗣修榜眼及第，庚辰，懋修複登鼎元，有無名子揭詩於朝門口：狀元榜眼姓俱張，未必文星照楚邦，若是相公堅不去，六郎還作探花郎。
張四維一直隱忍多年，直到在張居正死後接任了首輔之位。由於張居正的勢力還很強大，所以張四維想要穩固自己的首輔地位，他首先不僅要贏得皇帝的支持，同時也需要掃除張居正的餘威並肅清其黨羽的勢力，樹立個人威望。張居正雖然死了，但他的死黨司禮太監馮保仍然在宮內，他曆來我行我素，十分驕橫，並不把張四維放在眼裏。馮保處處與張四維抗衡，他找到了一個借口，彈劾張四維與吏部尚書王國光“以同鄉關係而互相勾結”，以此來打擊張四維。但這一招並沒有收到應有的效果，馮保不甘心，再次與禦史曹一夔密謀，彈劾王國光，借此向張四維發難，幸而神宗還比較信任張四維，批駁彈劾者道：“元輔忠臣，禦史何得妄言。”馮保還不甘心，他聯合禦史張問達再一次彈劾張四維。這一次，張四維幹淨利落地解決了這些政敵，將彈劾者一一降職調出了朝廷。此事提醒了張四維，要樹立自己的威信，必須徹底清除張居正殘餘的勢力，其中馮保等人就是最大的一股暗流。於是，他對張居正的黨羽發動了全麵反攻，派自己的門生李植與言官共同上奏疏，收羅、揭發馮保的種種罪狀。這些奏章終於使神宗震怒，命令張四維擬旨：“奴輩盜我威福，久其急誅之。”這樣一來，馮保及其黨羽失去了皇帝的信任和庇護，盡數被驅逐出去，朝政風向一時大為改變，張四維自己的個人權威開始逐步樹立了起來。事實上，這種政治上風向的逆轉在中國古代都是常有的事情，正所謂“一朝天子一朝臣”。往往是反對者粉墨登場，開始清算前任，起用自己的勢力，“你方唱罷我登場”。僅就明朝中期而言，張璁趕走楊廷和、夏言排擠掉張璁、嚴嵩趕走夏言、徐階排掉嚴嵩、高拱排倒徐階、張居正扳倒高拱，這已經成為此時政局的一大特色。張居正任首輔時期的一些舉措雖然有不當之處，朝臣們盡管不滿但也還處於隱忍待發的狀態中，沒有人敢於發作。正是因為張四維的首輔地位還未穩固，所以會先後遭到禦史曹一夔、山西道禦史張問達等人的彈劾。神宗要清算張居正，張四維其實心裏早有預料，張居正一死，張四維執掌了權柄，明明早就知道朝廷內外對張居正及其新政不滿的大有人在，他看準了這一時機，意欲借著“倒張”運動收攏人心，樹立個人威望，於是，大量起用被張居正打壓的大臣，“知中外積苦居正，欲大收人心……於是，稍汲引海內正人為居正所沉抑者。雖未即盡登用，然力反前事，時望頗屬焉”。
這樣一來，就造成了朝中大臣們大多由張四維等人提拔起來，對他心懷知遇之恩的感激的局麵，“諸大臣由四維、時行起，樂其寬，多與相厚善”，言路“至是方發舒”，可以認為，張四維和他的繼任申時行“相繼柄政，務為寬大”的用意很明確，不僅報複了私人的種種恩怨，同時還樹立起了作為首輔的個人威望。
張居正這位令人望而生畏的鐵腕人物終於去世了，皇帝掙脫了他的鉗製，可以完全按照自己的意誌行事，主持內閣的張四維極力與張居正劃清界限，長期受到壓製的言官也如釋重負，攻擊張居正。因此，在皇帝的默許和繼任首輔張四維的配合下，一場轟轟烈烈的“倒張”運動就此拉開了帷幕。