張居正死後，馮保首先被扳倒，這位太監的巨額財產引起了神宗對張居正的懷疑，這成為張居正被清算的一個直接誘因。司禮太監馮保一度在內依靠太後的寵幸，對外倚仗張居正的勢力，專擅威福，就連神宗自己也稱呼他為“大伴”，不敢處罰他。等到太後歸政、張居正又去世之後，馮保失去了倚靠，卻仍然不知收斂。在張四維的授意下，他的門生禦史李植首先發難，條列了馮保的十二大罪狀，神宗看完奏折大怒，處置了馮保。當時正好潞王完婚，所需用的珠寶尚未備齊，神宗身邊的官吏又聲稱是馮、張兩家彙聚了天下的眾多財富，才導致了宮中的短缺，這一下徹底惹惱了神宗。彈劾張居正的人蜂擁而起，終於形成了一股波濤洶湧的勢力。《明史·張四維傳》記載此事道：
初，四維曲事居正，積不能堪，擬旨不盡如居正意，居正亦漸惡之。既得政，知中外積苦居正，欲大收人心。會皇子生，頒詔天下，疏言：“今法紀修明，海宇寧謐，足稱治平。而文武諸臣，不達朝廷勵精本意，務為促急煩碎，致征斂無藝，政令乖舛，中外囂然，喪其樂生之心。誠宜及此大慶，蕩滌煩苛，弘敷惠澤，俾四海烝黎，鹹戴帝德，此固人心培國脈之要術也。”帝嘉納之。自是，朝政稍變，言路亦發舒，詆居正時事。於是居正黨大懼。王篆、曾省吾輩，厚結申時行以為助。而馮保欲因兩宮徽號封己為伯，惡四維持之。篆、省吾知之，厚賄保，數短四維；而使所善禦史曹一夔劾吏部尚書王國光媚四維，拔其中表弟王謙為吏部主事。時行遂擬旨罷國光，並謫謙。四維以帝慰留，複起視事。命甫下，禦史張問達複劾四維。四維窘，求保心腹徐爵、張大受賄保，保意稍解。時行乃謫問達於外，以安四維。四維以時行與謀也，卒銜之。已而中官張誠譖保，保眷大衰，四維乃授意門生李植輩發保奸狀。保及篆、省吾皆逐，朝事一大變。於是四維稍汲引海內正人為居正所沉抑者。雖未即盡登用，然力反前事，時望頗屬焉。
可以說，張居正身後之所以被清算，在於他的權力與最高權力皇權發生了抵製和碰撞。他在首輔任內，長期以對待學生和後輩的態度對待神宗，在馮保的配合下，對神宗嚴加管束和限製。隨著年齡的增長，神宗對二人的懼怕轉化為強烈的不滿和怨憤，張居正卻渾然不覺，這種怨憤在他死後全麵爆發出來，因此，他的家族及黨羽難以逃脫被清算的厄運。
其次，張四維發起的這場“倒張”運動也出於他平時對張居正的不滿。隆慶六年（1572），經過激烈的政治鬥爭，大學士高拱狼狽罷官而去，張居正終於坐到了內閣首輔的高位，他的政治主張終於獲得了實踐的機會，這是經過相當艱苦的政治傾軋才獲得的勝利。權勢和地位的來之不易，使張居正倍加珍惜，不惜以任何代價和手段來鞏固這一地位。同時，內閣權力爭鬥的經驗也使張居正深切感到，要想不受阻礙地施展個人的政治抱負，必須保證自己牢牢掌控大權。所以在之後的人員選用上，他一直貫徹著這一政策，張居正選人的標準就是必須聽命於自己，沒有爭權的野心與實力。不難看出，他先後選用的內閣成員呂調陽、張四維、馬自強、申時行諸人在當時都毫無鋒芒，在內閣也是絕對俯首聽命的配角。而且，張居正任首輔時對同僚的態度極為刻薄，他不僅自己獨攬朝綱，處事也十分霸道，從未將他人放在眼裏，史稱“視同列蔑如也”。時任次輔的呂調陽，雖然是由張居正推薦入閣的，對他的行為也不敢有絲毫的異議，其他如馬自強等人，雖然一貫為人持正，但也不敢有所作為，僅僅是守著自己的位置混日子。《明史》記載當時的情形稱：
太後以帝衝年，尊禮居正甚，同列呂調陽莫敢異同。及吏部左侍郎張四維入，徇徇若屬吏，不敢以僚自處。
時呂調陽、張四維先在閣。調陽衰，數寢疾不出，小事四維代擬旨，大事則馳報居正於江陵，聽其裁決。自強雖持正，亦不能有為，守位而已。
此時的張四維，小心謹慎地遵循張居正的意誌行事，不敢有絲毫的個人見解，“謹事之，不敢相可否”，“恂恂若屬吏”，根本不敢把自己看作是張居正的同僚。盡管如此，張居正還是對張四維不滿意，覺得他所擬的旨意不能完全符合自己的意見，甚至逐漸討厭起他來。而張四維也是心裏憋著一股怨氣，已經到了不堪忍受的地步，尤其是當張居正得知張四維私自結交馮保之後，非常嚴厲地製止了此事，他這樣處處防範張四維發展自己的勢力，使得張四維對他的怨恨已經到了一觸即發的地步。
其實，張四維對張居正的怨恨，還有一層私人交情上的原因。雖然是張居正引薦張四維進入的內閣，但與張四維關係更為密切的人卻不是張居正，反而正好是張居正在隆慶六年趕走的政治對手高拱。張四維與高拱的交情顯然更為深厚，張居正雖然在與高拱的政治鬥爭中贏得了勝利，但他也不得不起用部分高拱的人，而這些人表麵上暫時服從於他的權威，但事實上很難打消心中的怨恨和不滿。再加上這些人長期受到壓製，難免產生強烈的反感情緒。而且，張居正的改革是在其強權下推行的，他執政時，素以嚴刑峻法來處理事務，雖然取得了輝煌的成果，但也結下了不少仇敵，在士大夫群體中，累積了相當的不滿和怨懟情緒。他恃寵傲物，個人權欲的膨脹與行為方式已經嚴重超出眾人的承受範圍，神宗給自己這位生前的恩師和元輔大臣所定罪名就是“鉗製言官，蔽塞朕聰……專權亂政，罔上負恩，謀國不忠”。長期被壓抑的心理，在張居正死後得以釋放，幾乎沒有人對張居正的被清算感到同情，就是一個明顯的例證。