當然，隆慶和談也經曆了很多波折，由處理把那漢吉而引出與蒙古議和與開馬市，朝廷內很多人持反對意見。廷議時，雖然以張四維等人為首的22位大臣表示支持王崇古的意見，但反對的聲音也很強烈，有17人明確表達了反對意見，巡按禦史饒仁侃、武尚賢、葉夢熊、趙貞吉等則主張采取強硬軍事手段。作為王崇古的外甥，張四維是議和的主要推動者之一，“俺答封貢議起，朝右持不決。四維為交關於拱，款事遂成”。王崇古與張四維的“議和”策略得到了身居中央要職的高拱、張居正的強有力支持，從現存的史料來看，此時這幾人頻繁書信往來，就此事反複商議，形成了聯合行動。到隆慶五年（1571）三月，議和派占了上風，明朝政府終於決定，封俺答為順義王，允許與蒙古通商貿易，即每年一次在大同、宣府、山西（偏關）三鎮的長城以外開設馬市，每月一次在長城的各關口也開設小市場，後來發展到在陝西、寧夏等地也開設馬市。邊貿一開，交易的商品除布帛、菽粟、皮貨等大宗物品之外，還有服裝、針線等生活必需品。“封貢互市”達成之後，明蒙邊疆得以休兵息戰，大同和豐州灘地區逐步由軍事戰爭前沿轉向邊疆商貿彙聚中心。《明史·王崇古傳》載：
崇古乃廣召商販，聽令貿易。布帛、菽粟、皮革遠自江、淮、湖廣，輻輳塞下，因收其稅以充犒賞。其大小部長則官給金繒，歲市馬各有數。崇古仍歲詣弘賜堡宣諭威德。諸部羅拜，無敢嘩者。自是邊境休息。東起延、永，西抵嘉峪七鎮，數千裏軍民樂業，不用兵革，歲省費什七。
自明太祖朱元璋起，折騰了200多年的邊疆戰爭終於落下帷幕，此後百年中，雙方雖然偶爾也有小規模的摩擦，但再未爆發大規模的戰爭。總體來分析，隆慶和議的達成，也不僅僅是把漢那吉降明這一偶然事件帶來的結果。其實，任何政治條約的簽署都是雙方軍事實力被量化的對照。嘉靖四十五年（1566）至明穆宗朱載繼位前，國家大權一度集中在高拱和張居正手中，此時兩人的矛盾還沒有暴露出來，在北部邊防和俺答問題上觀點一致，推行“外示羈縻，內修守備”的新政。方逢時、戚繼光、譚綸、王崇古等名將也相繼被起用，這些邊將都能把邊防重責視為自己的天職，與中央密切配合。自從隆慶元年（1567）以來，開始大規模整修工程，在長城重點加強防守，尤其是在王崇古等將領的督責下，數年之內，長城沿線各地相繼奏報修牆完工。王崇古也多次受到朝廷的嘉獎，據史料記載，光是隆慶三年（1569）九月、十月、十一月，就受到朝廷數次銀兩賞賜。《萬曆武功錄·隆慶四年》中評論道：“數年以來，版築日舉，大邊已可據而守矣。”
在大規模修築完善長城的同時，王崇古等人還非常注重邊將、邊兵、邊費、長城等各項要素之間的整體協調，靈活運用戰略戰術，長期以來不堪一擊的明朝邊防形勢出現根本變化。不難看出，王崇古等人的休整軍隊、加強軍備、修築防禦工程等措施，在議和開馬市問題上發揮了重要作用，北部邊疆的防禦能力較之嘉靖年間有了實質性提高，軍事力量的強大，才是俺答願意同明朝進行和談的基礎。
與俺答議和互市，有利於邊境安寧，也對當時山西商人的貿易活動最為有利。由於王崇古和張四維家族均為大商戶，主要在邊境上進行糧食、綢布、鹽業等貿易。隆慶和談之後，邊境貿易開展得如火如荼，不僅給他們的家族帶來了巨額商業利潤，同時也給他們自身帶來了政治上的麻煩和危機。一個月之後，王崇古的政敵就開始彈劾他了，禦史郜永春視察河東鹽運時，就稟報皇帝道：“言鹽法之壞由勢要橫行，大商專利，指四維、崇古為勢要。”直指張、王兩家控製了河東、長蘆和兩淮的鹽市，從中獲得了豐厚的利潤。甚至到了今天，還有史學家認為，是以王崇古和張四維家族為代表的晉商力量推動了隆慶和議的發展，甚至影響到了朝中權位的爭奪。事實上，王崇古這一行為的動機，正如他自己在奏疏中已經表明過的，“先帝既誅仇鸞，製複言開市者斬。邊臣何敢故違禁旨，自陷重辟。但敵勢既異昔強，我兵亦非昔怯，不當援以為例。夫先帝禁開馬市，未禁北敵之納款。今敵求貢市，不過如遼東、開原、廣寧之故。商人自以有無貿易，非請複開馬市也。臣等雖至愚，苟無利於國家，有違於禁旨，何甘身冒重辟，而為虜請乞”。