一議錫封號官職，以臣服夷酋，照得北虜各部落，惟土蠻為小王子之裔，屯駐遼薊東北，眾十餘萬，其控弦帶甲者，不滿數萬，虜種雖眾，而兵未精強，故難獨逞。俺答故兄吉囊並其弟老把都三人，原係土蠻臣屬，分注宣大迤北雲州青山河套內外、河西大小鬆山，連年搶虜番漢盔甲，器械既多，益以板升奸逆，教虜為兵，戰陣攻擊尤徤，兵號精強，但眾勢分據，未易卒合。故每次入犯，必糾會於數月之前，聚眾至十餘萬，方敢深犯。否則各分邊境，趁草駐牧，時遣精騎，樸搶窺農，此虜中之大勢也。
……
一定貢額以均賞賚，夫夷虜之進貢各獻馬匹……一議貢期貢道以便防範……一議立互市，以利華夷……一議撫賞之費以求可繼，照得各鎮每年四時戒防既多……一議歸降以杜啟釁，照得朝廷懸招降之例，以開華人歸正之門……一審經權以嚴邊備。
雖今日天朝暫假爵職之名器，示以榮錫之恩，每歲暫借客餉十之一二，為撫賞酬貢之費，是一時羈縻之微權，而保固疆圉，生全邊氓，將不可數計矣，釋此不事，此為明見則拒虜甚易而滅虜實難虜將窺隙，而東西歲擾，我必隨勢而遠近戒防，士馬疲於奔命，財力匱於征輸，是為不能達權，將並經常之守，不可繼矣。
（王崇古《確議封貢事宜疏》）
他從自己多年來與俺答打交道的經驗出發，仔細剖析各方形勢，分析和談將帶來的種種利益，並進一步提出了明確可行的具體措施。王崇古可謂發揮了自己文官出身又兼任武將、熟知邊務的巨大優勢，這篇奏疏文辭極佳，寫得條陳理析，頭頭是道，說理十分透徹。但是，當這份奏疏送至朝廷時，還是引起了滿朝嘩然，朝臣們議論紛紛，各抒己見。以禦史饒仁侃、武尚賢、葉夢熊等人為首的主戰派激烈反對接受把漢歸附，而大學士高拱、張居正、張四維等人極力支持王崇古的和談主張，兵部尚書郭乾則被吵得不知所措，議論了很長時間都定不下來。最後，主和派終於占了上風，在高拱、張居正的支持下，王崇古的意見被采納了，穆宗頒下詔書，封把漢那吉為指揮使。得到了朝廷的支持，王崇古開始自己的部署，他針對俺答調兵臨邊索要把漢的情況，一麵下令軍隊做好防禦準備，一麵派遣鮑崇德將明朝厚待把漢的情況轉告了俺答：把漢那吉被授予了“指揮使”的官爵，鼓動他歸順的奶公則被封為正千戶，其他各人也有封賞。當俺答派遣使者來了解虛實時，把漢那吉穿著明朝賜給的正三品的紅袍金帶，威風凜凜地會見了使者。這些徹底打消了俺答的疑慮，他立即把此前叛變投敵的趙全等人捆綁送回了大同，任明朝發落，同時還派遣使者表示感謝，發誓再也不會侵犯邊境了。可見，作為具體處理此事的官員，王崇古可謂臨危不亂，極有大將風範，他能根據實際情況選擇最佳對策，並爭取朝廷支持，妥善處理把漢歸附事件，為明朝蒙漢關係的改善、議和做好了鋪墊。
見把漢那吉受到厚待，俺答幹脆進一步提出，要明朝封他為王，並開馬市進行貿易。王崇古緊急向朝廷上奏疏，主張同意俺答的請求。這封奏疏為他招來了很多批評意見，雖然當時遠在北疆，但從與高拱、張四維等人的信件往來中，王崇古自己也得知了朝臣們對這個問題的激烈反應。他從對蒙古形勢的了解出發，極力堅持，再次上奏疏明確提出，應該答應俺答的請求，封他為王，這樣才能利用他在蒙古各部落中的威望，限製其他各方勢力的發展。王崇古分析了這次俺答請求“封乞通貢”與此前的種種不同之處，認為不應該以先帝時的情形來拒絕這次收服蒙古部落的大好機會。同時，他還不無擔憂地指出了拒絕可能會帶來的惡果：缺乏生活必需品的俺答，一旦得不到滿意的回答，必然會加大軍事進攻的力度，雖然王崇古的軍隊並不懼怕和敵人打仗，但流寇擾民、劫掠生事卻難免給邊民們帶來巨大的損失。
王崇古在《確議封貢事宜疏》中還全麵提出賜封、通貢、互市的主張，對比了這次俺答請封乞貢與嘉靖年間開馬市的不同，駁斥了反對派“先帝禁開馬市”的論調，肯定了封貢互市的必要性。他提出了對俺答等蒙古族各部首領封賜爵位、官職的具體辦法：賜俺答以王的封號，頒給鍍金印信，其餘各部首領、俺答子孫等分別授予都督、指揮等職銜。此外，王崇古對蒙古族各部進貢的馬匹也規定了數額，以便使蒙古各部族每年都能獲得明朝的禮物，並強調隻有數額公平合理，才能避免他們內部因不均而起糾紛。同時，他還明確規定蒙古進貢的時間為每年正月上旬，並對來使人數和所走的道路等細節問題都進行了周密的安排，以確保進貢的蒙古使者不至於對明朝形成威脅。