曆史的發展常常出人意料，正在王崇古在宣大總督任上大展身手的時候，蒙古部落首領俺答的孫子把漢那吉向明朝投降了。這是一個戲劇性的變化，雖然事件的起因直到今天還在讓曆史學家們爭論不休，但有些史料表明，這件事起源於這樣一個偶然事件：
把漢那吉是蒙古族韃靼部首領俺答汗的孫子，隆慶四年（1570）十月，當爺爺的俺答見孫子把漢那吉的未婚妻“三娘子”很漂亮，就占為己有，惹惱了把漢那吉，在極度憤怒的情形之下，他又聽人說王崇古有優待降人的政策，於是，率領著妻子、兒女和十幾個部屬直接跑到明朝的大同城外，敲開城門，表示要歸附明朝。時任大同巡撫的方逢時也是一位很有遠見的將領，他一麵派人接待把漢那吉，一麵急忙請示上司王崇古。由於把漢那吉自幼喪母，由俺答的妻子伊克哈屯一手養大，感情很深厚，在妻子的日夜吵鬧之下，俺答不得不親自率領十幾萬蒙古騎兵出征，到處搜索把漢那吉的人影，“分道人犯，索把漢甚急”。對把漢那吉的歸附，究竟是接受還是拒絕？此時將這個尖銳的問題擺到了王崇古麵前，可以說，這是個千鈞一發的時刻，一旦處理不當，就會引起明朝與當時蒙古族中最強大的韃靼部之間的一場惡戰。
所幸的是，此時的軍事將領是王崇古，而他素以精明謹慎而著稱。得到這個消息之後，他以長期與俺答打交道的經驗，做出了一個十分英明的決定，他命令全體部下進入戰備狀態，但同時又明令副將（副總兵級別）以上的軍官一律不得外出作戰，這樣一來，敵人就抓不到任何綁架高級別軍官作為人質來交換的機會。王崇古與方逢時進行一番商討之後聯名上奏朝廷，他認為這是打破僵局的最好機會，提出了處理把漢歸附事件的上、中、下三策：上策就是給把漢那吉很好的待遇，豪宅美食，但嚴禁出入；中策是以要殺把漢那吉為借口，逼迫俺答退兵；還有一個不錯的計策就是將把漢那吉安置在邊境外，讓他招降自己的部眾，享受漢朝的屬國烏桓國的同等待遇。等到俺答老死後，讓他和俺答的兒子辛愛去爭王位，待雙方僵持不下時，明朝正好坐收漁利。同時，王崇古認為，最好的策略就是應該接受把漢歸附，賜給他房屋田舍，授以官職，發給豐厚的俸祿，讓他心悅誠服地待在明朝，但不允許他隨意離開，如果俺答來要人，就拿他做人質來交換此前投靠敵人的叛徒，“宜給之宅舍，授之職銜，豐其汽稟，易其服用，以悅其心；嚴防出入，禁絕交通，以虞其詐。歲月既久，果無異心，徐為錄用，俾其自效。若俺答果肆勒兵，近邊索取，則明行曉告，許其生還，諭以禍福，因與為市”。
這一番籌劃可謂十分周詳，在襲擾無效的情況下，俺答隻得與明軍和談，王崇古派出了使者鮑崇德前往俺答軍營談判。為了促成和談，王崇古給皇帝上了一篇著名的《確議封貢事宜疏》，文中陳述了先前禁止馬市等邊境貿易時，蒙古部落由於需要生活用品不斷騷擾劫掠邊民，而明軍被迫耗費大量的人力財力來加強防備等狀況，提出允許把漢那吉歸順的請求：
在虜既未遂安生，故遊騎不時近邊，擾我耕牧，大舉每歲窺逞，勞我慎防，在我亦無時解備，華夷交困，兵連禍結，故思一容通貢，各遂保全。審時度勢，萬非昔年開市之比，今部科之議乃以禁例為援。夫先帝禁複開馬市，未禁北虜之納欵，今虜求許貢後容伊買賣。如遼東開元廣寧互市之規，夷商自以有無市易，不費官銀，不專市馬，亦不過通貢中之一節，非複請開馬市也。臣等雖至愚，苟無利於國家，有違於禁旨，何甘身冒重辟，而為虜請乞？但曆查俺酋父子兄弟之橫行各邊者凡四五十年，而累犯薊鎮者三五次，當其震驚宸嚴、流毒畿輔之時，孰不欲飲其血而食其肉？然發言盈庭，文移充棟，空抱滅胡之誌，未收遏虜之功者，雖勢力之未能，亦緣議論太多、文法牽製，使邊臣無所措手足耳。昨歲秋時，老酋糾眾東行，三衛綽風傳報京城戒嚴，至倡為運磚聚灰之議，擁門城戰之圖，率以為禦虜長策，其不至貽笑於虜者幾希矣。今虜酋納欵乞貢內附，乃必欲定久要，守尺寸以可保百年無事，它日有失，究首事之罪，豈惟臣等所不能逆料？雖俺酋亦恐能保其身而不能保其弟侄，能要諸酋於目前而不能製諸酋於身後也，夫拒虜甚易，執先帝之禁旨，責虜酋之難保，數言可決。虜必發憤逸去，身在宣大而遙算各邊，此亦邊臣識度所不能及也。在宣大近以遣降之恩，兵馬之力，或可保數年之不侵。
在奏疏中，王崇古還提出了具體的實施方案：