嘉靖二十年（1541），王崇古26歲時，他憑著自己的天資，一舉考中了進士，給這個已經相當富裕的家族帶來了更為繁榮興盛的希望。隨著家族生意的擴張，商人們往往希望本族中弟子能通過科舉考試進入朝廷。對做生意的人來說，提前預知朝廷政局的發展方向，官商結合對於做生意來說無疑是如虎添翼。這一點，是王崇古的伯父王現的最大願望，早在崇古之前，他就不懈餘力地支持自己最小的弟弟王珂發奮攻讀，王珂倒也很順利地考中了進士，官至中書舍人，但不幸的是，他身體不好，很早就去世了。王崇古的科舉登第，無疑是給這個家族帶來了錦上添花的喜訊。
自從進士及第之後，王崇古在仕途上極為順利，他官運亨通，曆任刑部主事、郎中，後外放為安慶知府，不久改任汝寧，隨即就升遷到了常鎮兵備副使的位置上。當時東南沿海的倭寇十分猖獗，王崇古跟隨名將俞大猷出征，立下了赫赫戰功，升任陝西按察使、河南布政使。長期以來，明朝北部邊境一直受到蒙古部落的侵擾，嘉靖四十三年（1564），朝廷以王崇古熟悉邊情、能守善戰，任命他為右僉都禦史巡撫寧夏，從此之後，他就一直鎮守北部邊鎮。在這裏，王崇古的軍事天才得到了最大限度地發揮，他不僅對邊境地形了如指掌，還身先士卒，親自帶兵出征，搗毀了敵兵的巢穴，打了不少勝仗。隆慶（1567—1572）初年，屢建奇功的王崇古升任兵部侍郎，總督陝西、延寧、甘肅軍務，成為一位封疆大吏。後來，為了加強京畿地區的守護，朝廷將宣府、大同、山西三鎮的軍務也一並交給了他。
第3節力排眾議，促進隆慶和議的達成
王崇古的仕途可謂一路暢通，在浙江時，他作為俞大猷的副將出擊倭寇，大獲全勝，不斷升遷，直到後來被委派了一個極為重要的職務——宣大總督。明代著名的哲學家、軍事家和政治家王守仁曾分析道：“大明雖大，最為緊要之地四處而已，若此四地失守，大明必亡。”他所指的這四個地方，就是宣府、大同、薊州、遼東，均是明代邊界最讓當局者頭疼，也最難防守的重要據點。所以自明代中期後，它們被分為宣大和薊遼兩個獨立軍區，由朝廷直接委派總督任指揮官，這是兵部尚書以下最高級別的軍事長官，超越各級總兵，向來隻有最富軍事經驗的將領才擁有這個資格，而王崇古正擔任著這個重要的職位。分析起來，王崇古之所以能夠在明朝的朝廷上擁有一定的地位，最主要的原因在於他的特殊身份，既是科場得意的進士出身，又是鼎鼎有名的武將，既有文化，又會打仗，加上長期在北疆征戰，對蒙古各部族的動向摸得很清楚，所以才具有很高的聲望。
多年以來，王崇古一直總督宣大軍務，立下了不少戰功，但若論他在北疆任指揮官時的最大貢獻，則是促成了與蒙古俺答的封貢議和。隆慶四年（1570），把漢那吉主動歸降明朝，朝廷尚還猶豫不決，王崇古憑著自己對邊境事務的熟悉，力主議和，提出了著名的“封俺答，定朝貢，通互市”的“朝貢八議”。在他的極力堅持下，明朝與俺答部落結束了長達200年的敵對戰爭狀態，化幹戈為玉帛，走上了握手言和、通商互市的道路。北疆數千裏軍民由此過上了安居樂業、團結和睦的生活。
就當時的邊境形勢來看，由於蒙古少數民族遊牧生活的特殊性，他們非常需要中原的糧食、布帛、鐵鍋、茶葉、藥材等商品，但從開國皇帝朱元璋開始，明朝對蒙古就一直采取防範態度，隻允許有限的、朝貢式的貿易，根本滿足不了需要。既然不能購買到想要的必需品，蒙古部族幹脆就采取了更為直接的辦法，他們常常率軍入關，搶劫財物、騷擾百姓，以致雙方長期處於緊張的敵對狀態。事實上，正如美國學者亨利·賽瑞斯先生所指出的：“明朝在邊境任過職的高級官員清楚，蒙古對紡織品、某些食品、工具、鐵器以及家庭用具的需求，是邊境麻煩的根本原因。”
王崇古出身商業世家，在軍事策略上，他也充分體現了與生俱來的商人的精明和謀略。他對蒙古人采取了分化、拉攏的態度，嚴厲禁止殺害俘虜和降兵，並做了大量的宣傳工作，給三鎮各級將領刊發文件，還在沿著邊境的各方道路關隘處設立木牌，上麵明確公布優待俘虜的新政策，“有力者或殺獲虜酋，例得加官進爵，賞銀各千百兩……有謀者或勸導諸人歸順，數多亦同爵賞……其餘獨力不能謀為者，各窺機便或馬步投邊，或率眾歸正，自有應得賞恤。如仍畏避執迷，甘為虜中奴仆，或聽諸逆反役虜地耕納……將來進兵，盡從剿殺”。
可以說，王崇古實行的分化和優待政策起了很大作用，遏製了蒙古貴族的勢力發展，減少了他們對明朝邊境的騷擾。在這些政策的影響下，當地居民和蒙古族人民對明朝的態度發生了分化，有很多蒙古人拖兒帶女地投奔歸順了漢族，一年之中竟然多達2000多人。與此同時，王崇古還使用了賄賂敵軍、收買間諜，以獲取情報的辦法。他還給邊防士兵每人每月發放3兩銀子作為經費，用於探聽對方的動向、收集情報等，以了解蒙古貴族的最新動態。這些措施使王崇古成為一名知己知彼的將領。當把漢那吉向明朝投降的時候，對方的虛虛實實都被他了解得一清二楚。在這種情形下，他才有機會成功地說服皇帝，最終達成和議。