15年後，即嘉靖三年（1524年），由於西北邊境不寧，朝廷因楊一清熟悉邊務，又起用他為兵部尚書加左都禦史，第三次總製陝西三邊。這時的楊一清已是71歲高齡。楊一清到鎮後，部署兵力，加強防禦力量；處置糧草，充實儲備；安撫內遷各族人民，保持社會穩定。他還向朝廷上疏，請求招徠隴右、關西居民到邊地屯田，以期用商屯與民屯的方式來解決邊軍糧餉的問題。可惜此次在任僅一年時間，後任者雖“爭言屯政”，但收效甚微。嘉靖四年（1525年）十一月，楊一清離開固原回京，改任吏部尚書和內閣首輔。嘉靖八年（1529年），被參落職。嘉靖九年（1530年）四月卒於家，享年77歲，追諡文襄。
楊一清前後為官56年，曆成化、弘治、正德、嘉靖四朝，正如翰林修撰楊慎所雲：“四朝元老，三邊總裁，出將入相，文德武功。”嘉靖三十六年（1557年），寧夏人民為了緬懷他在寧夏的功業，在靈武城北修建公祠，讓人們世代祀頌這位致力於邊防事業數十年的一代名臣。
王瓊（1459～1532年），字德華，山西太原人。成化二十年（1484年）進士。他是明朝中葉著名的政治家、軍事家，曆任工部主事、郎中，河南右布政使、右副都禦史等要職。嘉靖皇帝即位時，被彈劾，後改戍綏德，再改還籍為民。嘉靖七年（1528年），因吏部尚書桂萼力薦，起為兵部尚書兼右都禦史，總製陝西三邊軍務。時已70高齡的王瓊，在鎮守三邊期間，重創河套韃靼內犯，使寧夏、山西、陝西諸邊得以安全。《明史》稱其“督三邊也，人以比楊一清雲”。
嘉靖八年（1529年），王瓊仔細踏勘了二道邊河東牆。他發現興武營以西的邊牆，因土質較好，雖然經曆了50多年，但基本完好；興武營以東的邊牆，接近沙漠，土質鬆散沙多，有的牆段已經整體坍塌，完全失去了防禦作用。於是，他向朝廷上疏，請求重新修築河東牆。
嘉靖十年（1531年），開始興工重修河東邊牆。施工方案是這樣的：興武營以西至橫城黃河岸邊的一段，對原牆進行加固和修補，“缺者補之，矮者齊之”，並在邊牆外側挖成壕塹。興武營以東的舊邊牆因土質鬆散多沙，倒塌嚴重，加之此段邊牆距離城池甚遠，“賊至不即知”，遂決定將其廢棄，南移10～20裏不等，重新修築一條邊牆。這道新邊牆緊挨花馬池城（今鹽池縣城），後來人們把這道邊牆稱為“頭道邊”。這道築於二道邊內側的新邊牆，曰“深溝高壘”。所謂深溝，是指在新築邊牆外側挖成深寬各2丈的壕塹；所謂高壘，是指高1丈、寬2丈的邊牆。這樣，邊牆的高度加上壕塹的深度，垂直高度共計3丈，這就是王瓊創建的“深溝高壘”。
新修築的邊牆設4個關門，取名清水、興武、安定、長城。長城關在花馬池城北門外60步。寧夏方誌載，長城關“高台層樓，雕革虎視，憑欄遠眺，朔方形勢畢呈於下”，並在關門上題匾“朔方天塹”等字。由此，長城關的高聳雄偉是可以想見的。王瓊還根據地勢情況，每三五裏設置一處警衛廬舍和瞭望台，每處配戍卒20人，並備有各種作戰設備和器具。這道邊牆外側每300米有一座矩形敵台，內側“三十裏一堡，六十裏一城”，著名的古堡有英雄堡、安定堡、高平堡等；著名的古城有花馬池古城、興武營古城等。頭道邊沿線不僅坐落著雄偉的關隘，內側也分布著著名的戰台，規模最大的要數八步戰台。邊牆內側有寧鹽大道，它是接通寧夏和陝北的交通要道。王瓊曾在《北虜事跡》一書中寫道：“寧夏鎮至花馬池三百餘裏，運糧者循邊牆而行，騾馱車挽，晝夜不絕。”鹽商們順此道可以安全地將鹽運往內地。有了這道邊牆，不但可以少養兵丁，節省開支，還可以以逸待勞，強化邊防。所以河東邊牆的修築，被王瓊看作是“禦戎上策”。
河東新邊牆竣工後，王瓊曾多次賦詩讚頌，其中在《九日登長城關樓》一詩中這樣寫到：
危樓百尺跨長城，雉堞秋高氣肅清。
絕塞平川開塹壘，排空斥堠揚旗旌。
已聞胡出河南境，不用屯兵細柳營。
極喜禦戎全上策，倚欄長嘯晚煙橫。
另外，王瓊又在甘肅環縣至蘭州東西400公裏一線，因地依勢，塹山湮穀，設立重險；並重修甜水堡，置關樓；又置下馬關樓，再奏築平虜城（今寧夏平羅縣城）東西牆塹16公裏。王瓊任總製期間，三邊一帶確實安寧了許多。史家讚之曰：王瓊總製西北邊防，“功在邊陲”。因此，曆史上將他和於謙、張居正並稱為明代三重臣。
嘉靖十一年（1532年），王瓊卒於固原，享年74歲。追贈太師，諡恭襄。長子王朝立扶靈柩回原籍，葬於蒙山腳下（今太原市晉源區金勝鄉），後稱王家墳。
劉天和（1479~1545年），字養和，號鬆石，湖廣麻城人。正德三年（1508年）進士。授南京禮部主事，屢遷湖州知府、南京太常少卿。又以右僉都禦使督甘肅屯政，改撫陝西。嘉靖十五年（1536年），改兵部侍郎，總製三邊軍務。