柯爾克孜族信仰伊斯蘭教遜尼派中的哈納菲派。伊斯蘭教活動場所在城鎮中主要在禮拜寺，但禮拜寺大多建在人口集中的城鎮或農村，牧區人員分散，極少有禮拜寺。因為沒有清真寺，那些比較虔誠的伊斯蘭教徒如果是在山區牧場，或是在放牧途中，則會把大衣鋪到草地上，隨處都能做禮拜。按照伊斯蘭教教義，伊斯蘭教徒要完成“五功”。這五功分別是“念功”、“拜功”、“課功”、“齋功”和“朝功”。所謂“念功”就是，信仰唯一真主安拉和其天使，時時不忘懷念真主。“拜功”指的是做禮拜，個人堅持日拜五次，聚拜每周一次，是在星期五主麻日到禮拜寺集體進行。“課功”是繳納宗教稅或施舍窮人。“齋功”是在齋月內白天禁食。“朝功”即到麥加朝覲。每一個穆斯林無論性別，隻要身體健康，旅途安全，一生中至少要到麥加朝聖一次。事實上，對這五功，在當代柯爾克孜族教徒中，除了一些老年人之外，很少有人能夠做到。柯爾克孜族穆斯林的宗教活動有自己的特點，主要表現在神職人員阿訇隻動員人們去做乃瑪孜，至於人們是否去做乃瑪孜則聽從人們自己的意願，阿訇不會強迫或懲辦。阿訇的地位也不是很高。牧區的人們敬畏的是世俗的德高望重的老年長者阿克薩卡勒（白胡子老人），而不是宗教界的阿訇。
喇嘛教：
居住在新疆北部額敏縣的少量柯爾克孜人由於周圍特殊的人文環境，在長期封閉的狀態下受周邊蒙古等民族的影響而信仰喇嘛教，人們有婚葬大事要請喇嘛念經。黑龍江富裕縣的柯爾克族人除沿襲傳統的薩滿教外，也信喇嘛教，供奉各種佛。
藏傳佛教對柯爾克孜族的信仰世界和社會生活之影響也是十分有趣。藏傳佛教又稱喇嘛教。柯爾克孜族，當然不是全體而是一部分，信仰喇嘛教。額敏等地的柯爾克孜族由於長期以蒙古為鄰，其喇嘛教信仰一直延續至今。據文獻記載，公元16世紀，喇嘛教從西藏傳入西蒙古（厄魯特）。當時，原遊牧於阿爾泰山和準格爾盆地的一些柯爾克孜部落被厄魯特奴役，成為他們的屬民。額敏縣的柯爾克孜族人很可能是在這個時期開始信奉喇嘛教。80額敏縣的柯爾克孜族信仰的喇嘛教，主要表現在婚姻、喪葬和其他禮俗方麵。訂婚是要請喇嘛測算男女八字是否相合或相克，在認門、婚禮、認親等大小儀式上，都要請喇嘛念經，祭天拜佛。當然，他們在信奉喇嘛教的同時，還保存著古老的騰格裏信仰。在舉行生日、命名、洗禮等儀式時邀請喇嘛念經，在治病或求子時請喇嘛念經的同時，還邀請“喀木”（薩滿）或巴克西（巫師）跳神做法。
黑龍江富裕縣的柯爾克孜族沒有信奉過伊斯蘭教。81他們至今人除了仍然信奉古老的原始宗教、薩滿教之外還信奉喇嘛教。祖先崇拜在黑龍江柯爾克孜族中包含兩個方麵的內容。一是對死者的厚葬和祭祀；另一個則是對所有先祖的尊拜。按照萬物有靈、靈魂不死的觀點，為了讓死者在另一個世界上過上富足的生活，要在男性死人的嘴裏放入銀幣、銅錢，在女性死者嘴裏放入珊瑚、珠子等物並舉行隆重的葬禮，以燒酒、點心、公雞、奶油、奶幹等食物上供，並且將死者生前所使用的碗筷、煙袋、火鐮、小刀等物品隨葬。葬後三天、七天、百天、周年時燒香上供。亡靈被認為是家裏的保護神。祖宗神“吉雅其”的標誌是一個拴著紅布的箭杆，被放在房屋的四角進行祭拜。從馬群中挑出一匹馬作為神馬。神馬被稱為“鄂孜拉”，是祖先的坐騎。姓氏不同，神馬的顏色也有所不同。比如常姓的神馬為青花馬，韓姓的神馬為兔紅色馬，吳姓是棗紅馬。這種神馬與其他牲畜一起放養，人們相信神馬能夠保護牲畜平安。祭祖時，要將神馬牽入屋內，將新鮮牛奶盛在小酒盅裏放在馬的後鞧上，不許任何人碰倒。沒有馬的人家甚至還可以在一塊木板上畫上一匹馬，掛上紅布祭祖。除此之外，富裕縣柯爾克孜族還有祭敖包，祭場院，祭北鬥星等習俗，而且還崇拜蛇神、狐仙和動植物崇拜。他們的喇嘛教已經和古老的薩滿教融為一體，形成了自己獨特的宗教信仰世界。