伊斯蘭教：
柯爾克孜族從世居的葉尼賽河和鄂爾渾上遊從公元10世紀至18世紀陸續遷徙到天山及中亞地區之後才逐漸開始信仰伊斯蘭教。柯爾克孜族信仰的伊斯蘭是該教遜尼派的哈納菲派。伊斯蘭教的宗教活動場所主要是禮拜寺，但禮拜寺多建在城鎮農區，牧區較少。柯爾克孜族大多生活在牧區，長期處於遷徙奔波之中，人口分散，對伊斯蘭教規定的“五功”，即“拜功”、“念功”、“課功”、“齋功”、“朝功”並不能完全做到。但是，他們和其他穆斯林教徒一樣，信真主、信聖人、信《古蘭經》、信天使、信複活。其中，信仰真主是其核心內容，認為真主獨一無二，永生不死。他無所在而無所不在，創造一切、化育一切、主宰一切。《古蘭經》是真主的聖言。聖人穆罕默德是真主派到人間的使者。總之，柯爾克孜族由於生活環境的影響，除了一部分毛勒多之外，一般人每天隻做幾次禱告禮，封齋時也隻在齋月初和月未象征性地封幾天齋，人們隻在自己的阿依勒或家裏作主麻禮(禮拜日禮)。伊斯蘭教傳統的肉孜節(開齋節)和古爾邦節(宰性節)也吸收了柯爾克孜傳統文化的內容，在慶祝活動中融入了濃厚的民族持色。婚葬嫁娶時要按伊斯蘭教規定的禮儀進行。比如說新郎新娘結婚時要請毛勒多念“尼卡”征婚，送葬時要念誦《古蘭經》文並在死者去世後的7天、40天、周年進行隆重的紀念祭奠。宰殺性畜、招待客人，把死者的遺物分贈給老弱病殘、孤兒寡母，以此達到安撫亡靈，免遭靈魂的侵攏。柯爾克孜族死者周年的祭典十分隆重，早在伊斯蘭教傳入之前就是一項重大的祭典活動並在口傳的史詩中有大量的描述。在伊斯蘭教傳入後，這項祭典活動雖融合了一定的伊斯蘭教色彩，但傳統的民間娛樂性則長盛不衰。
17-18世紀，當柯爾克孜族的主體完全西遷到天上和帕米爾地區之後，伊斯蘭教才成了全民宗教。當然，伊斯蘭教最初在柯爾克孜族中的傳播至少要早數百年。沙伊費寫於1582年（明萬曆十年）的突厥文手稿說：柯爾克孜和“蒙古人同種，沒有王，隻有被稱作哈什哈的伯克。他們既非異教徒，也非穆斯林；住在陡峭的有通道的高山中。76從這一點看，16世紀的柯爾克孜族對伊斯蘭教至少是比較陌生的。當然，這一時期也有少數柯爾克孜封建上層人物信仰了伊斯蘭教。《拉失德史》的作者米兒咱·馬黑麻·海答兒提到一個名叫馬黑麻·吉利吉思的柯爾克孜族酋長，此人在1514年曾幫助塞義德汗征服喀什噶爾。77從名字就不難看出這個酋長是個穆斯林，至少他為自己取了個伊斯蘭教的名字。根據16世紀從費爾幹納及周邊地區到柯爾克孜聚居草原山區遊曆的穆斯林聖徒們的觀點，柯爾克孜族在當時仍然處於多神教和偶像崇拜社會。這種狀況直到18世紀初期當柯爾克孜族部落受卡爾梅克人的驅趕向南遷移，並與中亞的費爾幹納、布哈拉、以及喀什葛爾地區的居民開始進行頻繁交往以後才開始有實質性的轉變。正是在這一時期，柯爾克孜上層貴族“瑪納普”才開始大量皈依伊斯蘭教。也就是說，從16世紀後半葉柯爾克孜族才逐漸開始信仰伊斯蘭教，而到了17世紀末、18世紀初伊斯蘭教才成為柯爾克孜的全民宗教。至少在10世紀以後，居住在天山南部的一部分柯爾克孜族人已經成為穆斯林。
到了17-18世紀時，柯爾克孜族主體基本上完成了從葉尼塞河向中亞地區的遷徙之後，伊斯蘭教才開始真正成為全民宗教。但是，即使信仰了伊斯蘭教，在柯爾克孜族的意識中，薩滿教的影響依然十分深厚。實際上，柯爾克孜族今天所信仰的伊斯蘭教應該說是一種即具有鮮明的伊斯蘭教特征，又保存古老薩滿文化因素的，具有柯爾克孜族本民族特點的伊斯蘭教。這一點，無論是在他們的日常生活方式上，還是在民間民俗文化和禁忌上都有所表現。在18世紀之前這一漫長的曆史時期中，萬物有靈觀、自然崇拜、祖先崇拜、動植物崇拜和圖騰崇拜等孕育於薩滿文化的民間信仰始終占居著柯爾克孜人民的信仰的主導地位。“薩滿教世界觀支配著人們的思想和行動，薩滿教觀念滲透到柯爾克孜族社會生活的各個方麵。柯爾克孜人的生產生活、倫理道德、民風民俗、文學藝術均與薩滿教世界觀交融於一體，形成別具特色的柯爾克孜的薩滿文化。78”