在《瑪納斯》史詩中，跟隨英雄瑪納斯出征，圍繞在他周圍的有蒼龍、巨蟒、羚羊、猛虎、雄獅、蒼狼、雪豹、神鷹等猛獸飛禽，實際上這些都隱喻著高舉各部落圖騰旗幟，團結在英雄周圍的各部落首領和成員。他們高喊著各自部落的口號，追隨英雄瑪納斯衝鋒陷陣。史詩中這種各部落首領揮麾跟隨統帥瑪納斯的盛況，是古代柯爾克孜族圖騰崇拜的真實寫照。
柯爾克孜族的很多部落都有屬於自己的圖騰。圖騰以動植物為多。為了解釋圖騰與部落的血源關係，在柯爾克孜族中流傳著許多圖騰神話。根據曆史及考古資料，柯爾克孜族的祖先曾把雪豹、鹿、狼、牛等動物做為自己的圖騰加以崇拜。此外，還有樹、鷹、虎、蛇、熊等圖騰遺存。在唐代段成式編撰的《西陽雜俎》中記載：“黠戛斯人‘所生之窟，在曲漫山北，自謂上代有神，與牸牛交於此窟’”。在考古發現的物品上亦有很多與牛圖騰相關的藝術品。與鹿圖騰相關的神話在柯爾克孜族民間流傳極廣，影響也最大，變體亦最多。柯爾克孜族把鹿稱為“布穀葉涅”(鹿媽媽)、“木玉孜都葉涅”(長角鹿媽媽)。有兩則有關鹿的圖騰神話：
1、相傳，古代有兩兄弟，靠打獵為生。有一次，他們發現一群鹿中間夾雜著一男一女兩個孩子。獵人不小心打死了那男孩並把女孩帶回家，後又將她嫁給了同族的一個青年。她頭上長有一對短短的鹿角。結婚前，她向新郎提出條件，要求他發誓決不偷看她洗澡。那青年一直信守諾言，但有一次，他還是忍不住好奇，偷偷地窺視妻洗澡。這時他才弄明白自己的妻子原來是一隻母鹿。從那以後，他妻子出走未歸，過了一段時間給他送來了一個嬰兒。這個孩子的後代繁衍成了一個大部落，被稱為“布穀”(鹿)部落。
2、古代柯爾克孜族遭到一次戰爭的浩劫，整個部族瀕於滅絕。當時，幸虧有一男一女兩個孩子進山采野果才免遭劫難。兩個孩子回村後看到父老鄉親屍橫遍野、血流成河。正在他們絕望之際，有一隻母鹿跑來把他們帶入山中用乳汁哺養。兩個孩子在母鹿的喂養照顧下長大成人並結為夫妻。他們所繁衍的後代被稱為“布穀”(鹿)部落，他們也自稱是鹿媽媽的後代。
關於蒼狼圖騰，在柯爾克孜族的古老傳說、神話、英雄史詩中多有描述。史詩中英雄瑪納斯也被賦予蒼狼的性格並稱其為“青鬃狼”。關於樹圖騰，在史詩《烏古斯汗》以及阿布勒哈孜的《突厥部落係譜》一書中有載。
黠戛斯的圖騰崇拜在古代文獻中也有記載，在一個葉尼塞黠戛斯碑文中有下麵的記載：“我打死了七匹狼，我沒有打死雪豹和鹿。”根據史料記載，黠戛斯人中有一個被稱為“雪豹”的氏族。雪豹是作為黠戛斯人圖騰崇拜對象出現的。這裏所說的“雪豹”和“鹿”無疑都是指黠戛斯所屬的氏族。除了雪豹之外，牛也是黠戛斯人的圖騰對象之一，受到崇拜。在有些文獻中，記載了黠戛斯與突厥不同，他不屬於狼種。說突厥是狼種，而黠戛斯人“所生之窟，在曲滿山北，自謂上代有神，與牸牛交與此窟”。但是，這不能完全證明黠戛斯與狼之間極為密切的關係。從古至今，柯爾克孜族關於狼的崇拜遺跡比比皆是，因此，在談及一種民間信仰的時候我們決不能忘記其他的錯綜複雜的事實。有關古代柯爾克孜族狼圖騰崇拜的詳細情況，在下文中將得到更為細致地描述，在此不再做深入分析。我們隻能說，段成式在其自己的著作中所描述的可能是黠戛斯所屬的一個部落，而不是整個黠戛斯部落聯盟。因為類似的相互矛盾的記載在有關柯爾克孜族的曆史文獻中還有很多。比如，在《太平寰宇記》中在談到黠戛斯的婚姻製度時，在一處說“婚姻無財聘”；而在另一處又說“婚嫁納羊馬以聘，富者或百千計”。在《唐會要》中說黠戛斯人“死喪刀嫠其麵”；而《新唐書》卻稱“不嫠麵”。這些都是不同部落不同地區的黠戛斯人的不同習俗。對於疆域廣闊，分部地域十分遼闊的黠戛斯而言這是很正常的。11世紀印度旅行家加爾迪齊曾漫遊中亞，並在其撰寫的《記述裝飾》一書中記錄了關於黠戛斯圖騰崇拜的資料：有些黠戛斯人崇拜母牛，另一些崇拜風，第三群拜刺蝟，第四群鴉鵲，第五群拜隼，第六群拜各種漂亮的樹木。上述記載說明黠戛斯所屬不同的部落都有著不同的圖騰崇拜物。關於柯爾克孜族隼鷹崇拜後人也有明確記載。波斯人拉施特（Rashidal-DinFadlAllah，1247-1318）記載，成吉思汗曾譴使到乞爾吉斯招他們歸順，乞爾吉斯的兩個君主派遣自己的三個異密前去稱臣，所帶禮物便是一隻白鷹。