在曆史上，柯爾克孜族信仰的宗教，最早為薩滿教和萬物有靈為基礎的原始宗教。薩滿教是柯爾克孜族長期信仰的原始宗教，在他們的思想意識中占居主導地位，根深蒂固，延續至今。“萬物有靈觀”、自然崇拜、祖先崇拜、動植物崇拜和圖騰崇拜的痕跡在民間依然隨處可見，在人們的日常生活及各種禮儀中均有所表現。柯爾克孜族還有很多獨特的神靈崇拜，有許多特殊的神靈依然受到人們的敬仰。
柯爾克孜族信仰萬物有靈，崇拜自然神，認為自然界中的萬事萬物，天地、日月、高山、大河、水、火各有其主，一切動植物都有神靈做主。其中，尤以山神和水神最為典型。柯爾克孜族認為天神“騰格裏”是最高神。人類的一切都是上天賜予，星神主宰人類的命運，因此遇事首先要向上天祈禱，並要用香火共奉上天神靈，用牲畜奉獻蒼天。
從事遊牧生產活動的古代柯爾克孜族人民由於在生產生活上對水草的依賴，精神上就產生了對水草的崇拜。他們“祠神惟主水草，祭無時，呼巫為甘。”古代柯爾克孜族將薩滿教神職人員，即薩滿稱為“甘”。古代柯爾克孜族還信仰“烏麥”女神。認為“烏麥”女神不僅是灶的保護神，更主要的是她是婦女兒童，以及子孫後代的保護神。薩滿教在廣大柯爾克孜族群眾中影響很大，信仰時間最長。即便是改信伊斯蘭教之後的今天，薩滿教的遺留依然隨處可見。薩滿教在柯爾克孜族中的影響一直延續至今，在近代甚至當代柯爾克孜族的生活和各種禮儀中都有所表現。如遇有人生病，須請巫師施術，將布撕成長條，擰為蛇狀，放入陰暗的舊牆洞裏；穿上巫師的服裝，敲著碗、桶，搖頭擺臂，做各種動作，跳神驅邪祛病。舉辦婚禮時，除了叼羊、賽馬、摔跤、歌舞之外，將新娘接到男方家後，要請一位長者念經祝福，並讓新娘新郎雙雙吃一塊泡在鹽水中的饢，以求白頭偕老，永不分離。在某些地區牧民還堅守晚上不吹燈，讓其自己熄滅的薩滿教拜火習俗。每年春天，在舉辦慶祝諾如孜節的儀式時，儀式的很多內容都與薩滿教有著千絲萬縷的聯係。
薩滿教是柯爾克孜族自古信奉的原始宗教。根據這一宗教，柯爾克孜族認為萬物皆有靈、皆有主，天神“闊克騰格爾”為萬物之主宰，其它神均要服從天神的安排。薩滿教的教義通過薩滿巫師之口傳授給廣大信仰群體及後代。人們認為宇宙分為上中下三界。上界分九層，下界分為七層，即“九重天、七層地”。上界居住著諸天神和諸天仙；下界居住著各種精靈、魔鬼及亡靈。人類居中界，經常需要蒼天及神靈的保護，而且要時時提防精靈鬼怪的侵襲。人的生命是由“騰”、“艾斯”、“庫特”、“夏依”等組成。“騰”構成人的肉體，控製人的運動。“艾斯”構成人的精神，控製人的思想和意識。“庫特”是幸福之源。“夏依”則是力量的主宰。四者結合為一體構成生命。“騰”、“艾斯”、“庫特”、“夏依”時合時分。當“夏依”離開人體時，生命將失去力量，而當人入睡時，“艾斯”脫離“騰”而去，在“夢神”的帶領下遨遊下界及來世，與各種精靈鬼怪相遇。“騰”則仍留在人的體內。人死即表明“騰”、“艾斯”、“庫特”、“夏依”均離開人體。它們變成一隻綠色蒼蠅從死者鼻孔中飛出成為死者的靈魂在中界和下界之間穿行，並在另一個世界永存或複活。在天神的主宰下，星神左右人的命運福禍。土星、太白星、老人星、白羊星等為善的化身，火星、雙魚星則是惡的化身。當善惡兩星相鬥時，天空就出現流星現象。天上的每一顆星都代表地上的一個生命，每一人都有寄托著生命的命星。如果天上有一顆星星隕落，就表明人間有一人死亡。祖先的靈魂在大多數情況下會幫助後代，但有時也給人類降下災難。特別是古代部落首領、汗王及著名英雄被尊為聖人，其亡靈棲身地墳墓被認為是聖地，時時受到人們的祭拜，否則會給後代帶來疾病，使人畜遭秧。