在“米努辛斯克文化”考古發現中有很多木質人偶陪葬品與《瑪納斯》史詩中英雄下葬時用木偶陪葬的習俗如出一轍。這也從另一方麵表明古代柯爾克孜族的樹木崇拜觀念。古代柯爾克孜族還有人死之後不立即下葬，而是將其屍體放入木棺中，並將木棺懸掛到樹上，等待屍體腐爛揮發。在這裏出現的懸掛木棺的樹木並不是一般意義上的樹木，而是古代柯爾克孜族加以崇拜的聖樹。對這些聖樹，按照古代習俗每年的4月18日都要宰殺雪青馬、花牛等作祭祀。到後來，這個習俗逐漸演變成在墓地上栽樹，然後在這棵樹上綁布條的習俗。
古代柯爾克孜族“不是把死者埋入地下，而是把盛著屍體的棺木放在高樹上，聽其腐爛和消失。”53這實際上是把死者歸還生他的“樹母”或“樹神”的儀式。承托死者的樹乃是神在聖地造化的聖樹。對這樣的聖樹祭祀，求他饒恕死者生前的罪過，讓他在另一個世界安息的儀式一直到現在還在柯爾克孜族中遺留。柯爾克孜族對樹神祭祀，宰殺犧牲，在麻紮上的樹枝上綁布條，求樹神保佑，在墳地上豎起一根木樁，在上麵綁上白、藍、紅、黃等布條便是這一古老儀式的傳承。古代柯爾克孜族人認為，聖樹能夠給人帶來平安，它是死者得以洗刷自己罪過的葬身之地，葬在那裏可以在來世免遭痛苦。人的罪過是在肉體和血液中產生的，隻有通過樹神的幫助才能使肉體腐爛，血液幹涸，免除罪孽。因此，人死後人們要把屍體放在棺木中，掛到樹上，過幾年，等屍體完全腐爛幹枯之後，在收其骨入土下葬。
在柯爾克孜族中，樹還有驅除鬼怪的功能。比如沙棘就有鎮妖驅鬼的作用。沙棘本為一種長在戈壁上的植物，柯爾克孜族認為它具有神奇的魔力，能夠降妖鎮魔，凡是有沙棘林木的地方，所有妖魔鬼怪都不能接近。因此，人們總是把沙棘條掛到門框上，或是放在室內，這樣妖怪就不敢上門，病魔不敢糾纏病人。保護闔家歡樂平安，與反各種不測的災難。
祖先崇拜：
祖先崇拜在柯爾克孜人生活中占據著突出的地位。祖先崇拜的遺跡在柯爾克孜族的喪葬儀式中表現得較為明顯——人死隻是肉體的死亡，人的靈魂仍然活著，跟常人一樣要吃、要穿、要住……，因此要為死者的靈魂準備食物和用品。在柯爾克孜族民間舉行喪葬儀式是要宰殺馬匹。在阿托金遜（英）所著的《橫跨亞洲大陸》一書中有這樣的描述：“例如吉爾吉斯人的酋長是把自己心愛的駿馬作為陪葬，這是為他在去黃泉路上不用走路而可以騎馬，吉爾吉斯人最不喜歡徒步走長路。”54柯爾克孜族巴合西保護神中的人、老人、白須老人也是祖先崇拜的反映。
祖先崇拜是人類發展到一定階段，人能夠通過自己的主觀努力能夠戰勝和麵對來自自然界的壓力和困難，對自身有了比較深刻而全麵地認識之後所成的信仰。對祖先的崇拜應該說是部落聯盟開始走向崩潰，家族觀念逐漸占據重要位置的時候產生的。如果此前部落的命運與人們對於動物和自然界的崇拜密切相關的話，那麼對於祖先的崇拜僅僅是為了讓先祖的靈魂對於子孫後代的關照。而對於祖先的崇拜首先表現在對祖先靈魂的崇拜。