袁崇煥死後，東北無大將可用。崇禎十四年（公元1641年）四月，清兵圍錦州。明朝薊遼總督洪承疇率八總兵、十三萬人援錦。八月，明軍大敗，洪承疇率殘部退入鬆山（今遼寧錦縣南）。崇禎十五年（公元1642年）二月，清兵破鬆山，洪承疇降清。三月，清兵又破錦州，明總兵祖大壽投降。“鬆錦之役”，東北明軍的主力被消滅，明朝元氣大傷。此時山海關由祖大壽的外甥遼東總兵官吳三桂把守。吳三桂武舉出身，所部戰鬥力較強。雖不能主動出擊，但守山海關的責任還是能擔當的。
李自成起義
外患未了，“內憂”又起——李自成農民起義軍已烈火燎原。
李自成於萬曆三十四年（公元1606年）八月出生於陝西米脂河西200裏的李繼遷寨，距他的老家長峁鄢60多裏（兩地現均屬橫山）。對他的這個出生地，曆代專家學者都是同意的。但對李自成是否是漢族，爭論較大。因為他的出生地正是當年黨項拓拔氏東遷後聚居的地方，所以不少專家認為李自成是黨項羌人。
李自成的祖先，據李自成說，是西夏國主李繼遷的後代。李自成的相貌也不同一般。他身材很高，力氣很大，顴深，鴟目曷鼻（ 《明史·李自成傳》：“自成為人高顴深，鴟目曷鼻。”）。 李自成的幼年很苦，曾被舍入寺廟（這點很像明代開國皇帝朱元璋），後來又到地主家放羊。也有人說他曾讀過私塾，但天性卻是厭文喜武。
天啟六年（公元1626年），當時年約21歲的李自成到了銀川當了一名驛卒。崇禎元年（公元1628年）全國三分之一的驛站被裁撤，李自成失業回家，並欠了債。同年冬季，李自成因欠舉人艾詔的債被告到米脂縣衙。縣令晏子賓將他“械而遊於市，將置至死”，後由親友救出。年底，他殺死債主艾詔，接著，因妻子韓金兒與人通奸，李自成又殺了妻子。背負著兩條人命在身，他在崇禎二年（公元1629年）二月與侄兒李過一同到甘肅甘州（今張掖市甘州區）投軍。當時，楊肇基任甘州總兵，王國任參將。李自成不久便被王國提升為軍中的把總。這年冬天，明王朝調楊所部到北京去。軍隊開到榆中（今甘肅蘭州榆中縣），兵士們領不到餉，鬧到縣衙門去。王國出來彈壓，李自成衝出人群，殺了王國和縣令，發動兵變。之後他帶人投了農民起義軍闖王高迎祥。
崇禎八年（公元1635年）一月，各路義軍共13家72營將領在河南的滎陽召開大聚會。會上，李自成提出了“分兵定所向”戰略，得到采納。會後義軍分五路進攻，李自成隨高迎祥開進明王朝中都即在的現安徽的鳳陽地區。不久，又經河南回師入陝，攻克鹹陽。第二年秋，高迎祥中伏被捕犧牲，李自成接過了“闖王”名號，成為西北農民義軍的領袖。崇禎皇帝命陝西三邊總督洪承疇領軍追殺。崇禎十一年（公元1638年）李自成在潼關的山穀裏中了洪承疇的埋伏，全軍覆沒，僅與部將劉宗敏等十七人衝出重圍，進入陝西東南的商洛山區隱蔽起來。聽說李自成已死，加上朝廷對清軍和農民軍張獻忠也需軍隊，洪承疇便草草收兵而去，致使李自成兩年後東山再起。
崇禎十三年（公元1640年）秋天遇到大災，餓民遍地，但崇禎皇帝沒有及時調款賑濟災民。李自成抓住機會出山。他進四川，出湖北，再到河南，饑民不斷加入，當地知識分子李岩、牛金星、宋獻策等也入伍。李自成軍一下子發展到了十幾萬人。李自成采納李岩提出的義軍綱領：“均田免糧。”一時深得民心。李岩還編了許多民謠讓人傳唱：“吃他娘，穿他娘，吃穿不盡有闖王。”“開大門，迎闖王，闖王來了不納糧。”這些歌謠傳播極快，讓民眾很容易地了解了闖王的軍隊是百姓軍隊。