伯顏這時為太師、中書右丞相，掌了大權。燕鐵木兒去世了，但勢力還在，太皇太後就是燕鐵木兒一派的人。她讓燕鐵木兒的女兒答納失裏做了順帝的皇後。小皇後人小醋壇子不小，徽政院使禿滿迭兒進獻了高麗女子奇氏入宮，她不僅長得美麗，還善於烹茗。順帝喜歡她並召幸了她，小皇後答納失裏得知後，當即召來奇氏，用鞭子打得遍體鱗傷。答納失裏從小蠻橫跋扈，她還私自傳懿旨，將十萬兩鹽銀占為己有。此時的順帝，隻是一個傀儡皇帝，心裏氣憤卻沒辦法。
左丞相去世後，右丞相伯顏獨攬大權。燕鐵木兒的兒子、禦史大夫唐其勢不服氣，策劃誅殺伯顏，廢順帝。伯顏事先知道了他們的計劃，設下埋伏，在唐其勢進宮時擒殺了他。唐其勢的弟弟塔剌海躲到了皇後答納失裏的座椅下，被伯顏找到，一劍刺死，血濺皇後衣裙。伯顏還要殺皇後（因為她也是燕鐵木兒的女兒），皇後求順帝救她。想到她平時的蠻橫，順帝一橫心，讓伯顏拖走皇後，鴆死了她。
但由此，順帝也看到了伯顏的凶殘，不久還感到了伯顏的無知。《蒙古族通史》載，“伯顏有相當狹隘且強烈的惟蒙古貴族獨尊的意識，尤其對人口眾多的漢人、南人充滿鄙視和猜忌。在他專權的當年年底，就下令停止科舉考試。伯顏對儒學學校也十分反感，廢科舉的同時，下令將各處原供應儒學學校的莊田田租改為禁衛軍的軍費。”這時的伯顏十分專權，他“勢焰薰灼，天下之人惟知有伯顏而己（《元史》卷138《伯顏傳》）” 。他還讓侄子脫脫出任禦史大夫，出入內廷，監視順帝起居言行。
不過脫脫是一個賢良的人，他一是怕伯顏有一天也會步了燕鐵木兒的後塵，二是也看不慣伯顏的專製。他不久便向順帝表示，願意幫助順帝除掉伯顏。君臣倆先是不動聲色，後於順帝二十歲的那年抓住了一個機會。那年伯顏邀請順帝一同外出打獵，脫脫讓順帝派太子代為前去。然後，脫脫乘伯顏不在城中發動兵變，控製了朝局。順帝下詔隻處罰伯顏一人，使伯顏軍隊全部倒向順帝。政變成功，伯顏被順帝遷往南恩州陽春縣（今屬廣東省）安置。伯顏死於途中。
大權在握後，順帝做了第二件事——讓脫脫當了丞相。他和脫脫有心想中興元朝。《蒙古族通史》稱，“元順帝妥歡帖睦爾起用脫脫當政。次年改元至正，宣布‘更化’，恢複科舉取士，開馬禁、減鹽額，修遼、金、宋三史，政治一度轉為清明。”
但脫脫生不逢時，當時京畿發洪水，黃河泛濫，朝廷財政又十分困難。為此脫脫采取了“變鈔”和“開河”兩項措施，試圖挽回朝廷頹勢。
脫脫再度變鈔，規定一張新鈔值一貫（千文銅錢）抵桑哥的“至元寶鈔”二貫。但沒有銀子作本的紙鈔不值錢，而且新鈔紙質很差，大量印製後迅速貶值，物價暴漲，百姓隻好以貨易貨，南北都出現“米價貴似珠”的狀況。
脫脫還發十七萬民夫恢複黃河故道，以擺脫水患。治水患本是件好事，但修河就得有錢，沒有錢給民夫，還要民夫自己出修河的材料，民眾負擔加重，怨聲載道。於是有一天，白蓮教一方教主劉福通命他的教徒，刻一個一隻眼的石人，背上寫著：“石人一隻眼，挑動黃河天下反。”埋在黃河故道黃陵崗（河南蘭考東北）附近。民工在施工中把這個石人掘出來的時候，人心大為震動。白蓮教是以反抗元朝暴政為宗旨的民間教會（應算是佛教的一支），劉福通以“白蓮花開，彌勒佛降世”為號召吸納信徒。在六個月的工期中，他努力工作，大多數民工就團結在了劉福通周圍。這時間，由於元朝蒙人不懂漢語，因此不能有效了解下情，白蓮教這個地下組織開始成了民眾的領導核心。
劉福通生於潁州（今安徽界首）巨富之家，他自幼聰明，素有大誌。年輕時任過朱皋鎮巡檢，為人正直，對元王朝的殘暴十分痛恨。元王朝這次修黃河時，有關官員假公濟私，借機勒索劉家珍貴的白鹿。劉家不給，元朝官員便改變河道走向，借挖河道毀了劉宅。國仇家恨聚在一起，劉福通遂決心造反滅元。至正十一年（公元1351年）五月，他與欒城（今河北欒城西）人韓山童策劃起義，事情敗露，韓山童被元軍捕殺。劉福通果斷起義，率餘眾攻占潁州。劉福通軍以紅巾為號，故稱紅巾軍。公元1355年，劉福通迎立白蓮教故教主韓山童的兒子韓林兒稱帝，稱小明王，以亳州（今安徽亳州）為都，建立韓宋帝國，他自稱宰相。他所領導的紅巾軍占領了淮河流域和黃河以南地區，進而掌控了整個中原。