12世紀末以後的六七百年裏，日本進入幕府統治時代，天皇處於傀儡地位。到17世紀初，德川幕府開始統治日本。
16世紀末期，日本的封建領主之間爆發了大規模內戰，德川家康在眾多勢力中脫穎而出，取得了戰爭的最後勝利。1603年，德川家康成為“征夷大將軍”，在江戶建立了幕府，成為了日本實際的統治者。他在以後的10多年中，消滅殘餘的敵對勢力，使日本擺脫了長期混亂，完成和鞏固了國家的統一。作為中央政權機構的幕府，對於全國各地200多個藩國擁有最高的統治權。藩國的統治者叫做大名，他們的上級是幕府將軍，不過他們在自己的領地內卻擁有軍事、政治、司法和稅收的權力，最重要的是擁有自己的武裝力量。因此，日本在這個時期內，實際上是由幕府和藩國共同構成的封建國家。
德川家康成為“征夷大將軍”
在德川幕府的統治時期，財富都圍繞在土地上，它們全部屬於封建領主所有，這些領主的土地分成很多份地由農民耕種，所以農民必須向領主繳納地租，地租率約為全部收成的40％。德川幕府建立後，日本出現了和平環境，農業經濟逐漸發展起來，在此基礎上，商品經濟和國內市場的發展也得到了有力的刺激。城市不斷興起，日本許多城市的規模日益擴大。18世紀早期，幕府所在的江戶，人口達到了百萬，大阪和京都的人口都有30多萬。城市出現了一些主要是為領主階級服務的商業、金融機構和享有特權的大商人、高利貸者。當時江戶的三井和大阪的鴻池都是最富有的高利貸者。
對外交流方麵，德川幕府同當時的清帝國一樣實行的是鎖國政策，17世紀30年代陸續發布鎖國命令，禁止日本船隻出海貿易，禁止日本與海外交往；對駛抵日本的外國船隻嚴密監視，它們的貿易活動也受到幕府的嚴格管製。這種鎖國體製維持了200餘年。日本成為一個閉關自守的國家，隻同中國、朝鮮和西方的荷蘭保持一定的貿易關係。德川幕府采取鎖國政策，目的在於防止西方殖民勢力的滲透，維護日本的獨立，但是，這樣也幾乎完全隔斷了日本經濟同世界市場的聯係，造成了日本的落後，為19世紀中期的被挨打局麵埋下了隱患。