1689年8月，中俄雙方代表集中到中俄交界處的尼布楚城，展開一場針鋒相對的外交談判。最終簽訂《尼布楚條約》——中俄邊界以額爾古納河和格爾必齊河為界，再沿外興安嶺向東直到海邊。河東嶺南歸中國，河西嶺北歸俄國。
東北是清朝的發祥地，曆來受到清政府的重視。清朝初年，沙皇俄國加緊向外擴張，先後在黑龍江流域建立了尼布楚和雅克薩兩個據點，將它們建成侵略中國的橋頭堡，侵略者在黑龍江流域搶劫中國的村莊，勒索毛皮，捕捉人質，奸淫婦女，濫殺居民，甚至策動一些少數民族的小頭領歸順俄國。俄國人的入侵範圍遍及了黑龍江的上遊、中遊和下遊。清政府多次向俄國提出抗議，並多次派軍打擊侵略者，但每次中國軍隊得勝回師之後，沙俄匪徒就卷土重來。
為了保衛皇權，康熙皇帝先平定了“三藩之亂”，然後通過一係列加強措施來鞏固東北的邊防。雅克薩曾多次被沙俄占領，為此，1686年康熙命都統公彭春、副都統郎談、班達爾沙、黑龍江將軍薩布素，領軍分水陸兩路開向雅克薩，並在5月攻下雅克薩。中國部隊撤軍之後，俄軍卷土重來。於是中國部隊在1686年第二次進攻雅克薩城。中國與沙俄的兩次激烈戰鬥，沉重打擊了沙俄的囂張氣焰。沙皇政府隻好麵對現實，派出信使，來到北京，向清政府遞交國書，“乞撤雅克薩之圍”，進行談判。
在當時的情況下，沙俄政府為了爭奪受到土耳其支持的克裏米亞汗國，占領黑海出海口，進行了多年戰爭，和土耳其、瑞典的關係也很緊張；國內民眾不斷起義，兵疲財乏，實在抽不出更多的力量再來與中國政府進行大規模作戰。於是決定暫時避免與中國發生武裝衝突，同時盡量與中國搞好外交及貿易關係，謀取商業利益。
從清政府方麵來講，清政府剛剛經曆了多年征戰，實在不願大量用兵對外作戰，於是一直努力想通過和平手段來解決同沙俄入侵的爭端問題。清政府曾多次向沙俄征服表示，希望能停止雙方之間的征戰，主要是俄國對中國的侵略，建議他們撤軍談判。沙俄政府要求停戰談判，清政府下令停止對雅克薩的進攻，以示誠意，在1687年單方麵撤離雅克薩，等待沙俄的使團來協商談判。
於是中俄兩國協商談判，劃分中俄東段邊界。
沙俄雖然在這次戰役中根本沒有占到任何有利先機，但是還是不想輕易放棄侵占黑龍江流域這一地區。沙俄代表出使中國時，談判邊界問題堅持沙皇的幾點指示：一、俄中兩國應力爭以黑龍江為界；如果中方不同意，則爭取以牛滿河（今俄羅斯聯邦境內布列亞河）、精奇裏江（今俄羅斯聯邦境內結雅河）及其以西的黑龍江為界；如中方再不同意，則爭取以雅克薩為界，俄國人得在黑龍江、牛滿河、精奇裏江漁獵。二、如中方不接受上述劃界方案，則俄國使臣應爭取締結臨時停戰協定，然後伺機再戰。同時又指出，為了達到這一目的，大使應不惜贈送任何禮物，向中國使臣行賄。
同時清政府也堅持黑龍江流域的主權。1688年，康熙命大臣索額圖作為全權大臣，與俄國使節談判，明確指出尼布楚是中國茂明安部遊牧的地方，雅克薩是中國達斡爾族居住的土地。因此，尼布楚、雅克薩、黑龍江上下和通此江的一河一溪，都屬中國的領土，堅決不能讓與沙俄。如果俄國同意這些，就和他們劃定疆界，準許互相貿易。否則，便不與之議和。