二十四日晨，部隊橫越台灣海峽，陸續到達澎湖群島。次日，鄭成功到各島巡視，認為澎湖在軍事上很重要，於是令四位將領留守，自己率軍繼續東征。澎湖到台灣雖然隻有52海裏，但如遇逆風，就十分困難。二十七日，鄭成功率軍駛抵柑橘嶼（今東吉嶼、西吉嶼）海麵時，突然刮起暴風，隻好返回澎湖。但如果無限期停駐澎湖候風，不僅會影響軍心，更重要的是不能按預定日期開進鹿耳門港。
要順利進入鹿耳門，必須利用每月初一日和十六日的大潮，大潮時水位要比平時高五六尺，大小船隻均可駛入。如錯過時機，就要向後推遲半個月。在這種情況下，鄭成功當機立斷，決定進行強渡。一些將領鑒於風大浪險，力勸鄭成功不要冒險，要求暫緩開航。鄭成功果斷地說：“官兵豈堪坐困斯島受餓也。”於是，他下令立即開船。
三十日晚，鄭成功親自率船隊冒著暴風雨橫渡海峽。他們同風浪搏鬥了半夜，於三月一日拂曉航行到鹿耳門港外。三月初一中午，鹿耳門海潮果然大漲，鄭軍大小戰艦順利通過鹿耳門後，立即兵分兩路：一路登上北線尾，一路駛入台江，準備在禾寮港（今台南市禾寮港街）登陸。
台灣城上的荷軍原以為中國船隊必從南航道駛入，未料到鄭成功卻躲開了火力，船隊從鹿耳門駛入台江。荷蘭侵略者麵對浩浩蕩蕩的鄭軍船隊，“駭為兵自天降”，頓時驚慌失措。鄭軍船隊沿著預先測度好的港路順序而入，切斷了台灣城與赤嵌城荷軍的聯係，迅速按計劃在禾寮港登陸，並立即在台江沿岸建立起灘頭陣地，準備從側背進攻赤嵌城。在北線尾登陸的一支鄭軍，駐紮於鹿耳門，以牽製荷蘭侵略軍兵船，兼防北線尾。
此後，鄭成功督師多次粉碎荷蘭駐台總督揆一的反撲。集兵1.2萬包圍赤嵌城，斷絕了水源，在城周布設火攻器具，守將描難實叮無奈地率眾出降。鄭成功派描難實叮勸揆一投降，遭到拒絕後，即率軍威逼台灣城。荷軍千人憑堅城利炮企圖負隅頑抗，鄭成功於是改攻城為長期圍困，分兵收複島上其他失地。五月，將赤嵌改為東都明京，設承天府和天興、萬年兩縣，改台灣城為安平鎮。下屯墾令，組織部眾墾荒屯糧，整頓法紀。同時在台灣同胞的支持下，先後兩次擊敗了荷蘭殖民者從巴達維亞派來的援軍。在圍困台灣城八個月後，在十二月初六下令炮擊台灣城外重要據點烏德勒支堡，迫使揆一於十二月十三（1662年2月1日）在投降書上簽字，被侵占達38年之久的台灣終於重歸祖國。鄭成功接著在台灣加強建設，促進了政治、經濟發展。
台灣人民迎接祖國大軍
在鄭成功收複台灣的過程中，台灣的漢族和高山族人民爭先出來迎接他們，用貨車和其他工具幫助他們登陸。根據荷蘭方麵記載，鄭成功的登陸行動得到中國居民中2.5萬名人的幫助。正是台灣人民的大力支援，不但使鄭軍順利登陸，而且為分隔包圍盤踞台灣的荷軍創造了條件。
鄭成功於1662年舊曆五月初八因病逝世於台灣，終年39歲。鄭成功一生，因趕走荷蘭殖民主義者、收複祖國領土台灣、維護祖國統一的業績載入史冊。