1796年，華盛頓結束兩屆任期之後，決定退休。隨著華盛頓的淡出，一場總統角逐上演了。約翰·亞當斯與托馬斯·傑斐遜成為聯邦黨與共和黨的候選人，兩人無論是資曆還是才幹都不分上下，經過激烈的競爭之後，亞當斯以領先3票的優勢當選，因此他又被稱為“三票總統”。
約翰·亞當斯的就職典禮舉行時，前總統華盛頓參加了，這讓亞當斯異常激動。華盛頓說：“我光榮卸任，而你光榮就任，看我們誰更幸運。”後來的事實證明華盛頓更幸運。亞當斯任內，大西洋彼岸硝煙彌漫，法國大革命正把歐洲攪得一團糟。亞當斯是個堅定的聯邦主義者，他害怕過分的民主會讓美國陷入內亂中。於是，亞當斯政府采取了種種措施防止法國大革命的浪潮衝擊美國這個新生共和國的堤岸。國會通過了一係列的法案防止革命在美國蔓延，其結果是強化了聯邦政府的權力，並且賦予了聯邦政府鎮壓異己分子的權力，這與傑斐遜派的觀點是水火不容的。
多數美國人害怕法國大革命的狂熱與激情，美法關係交惡使亞當斯有足夠的理由推行強化聯邦權力的政策。後來，亞當斯的兒子約翰·昆西·亞當斯從歐洲帶來消息說法國的外長塔列朗願意與美國談判，簽署協議。兩國經過艱苦談判，關係終於正常化。不過，法美兩國和解之後，亞當斯的政治威望大大下降。
1800年大選鄰近，約翰·亞當斯希望連選連任，於是他呼籲各黨派結束口水官司，組建全國性的和平聯盟。亞當斯看似高明的一招，其實是一個敗招。既然法國已經不是美國的外部威脅了，那麼亞當斯曾經采取的那些政策就沒有必要了，而且實踐證明法國並不是美國的威脅，那麼亞當斯曾經的那些政策未免就有點兒杯弓蛇影的味道。
傑斐遜的夢想
傑斐遜就任總統後，將亞當斯執政期間頒布的法令幾乎都廢止了。傑斐遜的理想是建立一個以農業立國的國家，他認為工業發展能造成工廠主與工人之間的貧富差距，從而使社會兩極分化，直至對立。為了發展農業，美國需要大量良田，於是傑斐遜像個地主一樣對土地充滿了渴望，在他任內，美國用1500萬美元從拿破侖手中購買了83萬平方英裏的路易斯安那，這塊土地的麵積相當於美國13個州的總和。
亞當斯倡導的跨黨派的和平聯盟並沒有實現，對亞當斯的指責處處可見。反對黨批評亞當斯濫用權力，鎮壓異己。傑斐遜更是打出了醒目的競選標語：選擇共和，還是貴族製？亞當斯執政的四年，美國社會已經發生了巨大變化，各種社團如雨後春筍般湧現出來，上至律師商人，下至販夫走卒，無不對政治議題發表自己的看法。法國大革命的熱浪讓底層人民對民主與自由有了更深刻、更激進的理解，他們反對政府過多的幹預，因此，聯邦黨在選民中逐漸失勢。
雖然大選之前，兩黨角逐激烈，但是大選期間還是秩序井然，最後傑斐遜派大獲全勝，共和派的兩位候選人傑斐遜和亞倫·伯爾分別獲得73張選票，高於亞當斯的65張。聯邦黨敗局已定，但是難題隨之而來，由於傑斐遜和伯爾得票相同，到底誰做總統呢？按照憲法規定，眾議院投票決定誰當總統，聯邦黨人雖然不喜歡傑斐遜，但是更討厭伯爾，最後傑斐遜當選為總統。後來，國會製定了《憲法第十二條修正案》，規定選舉人要對總統和副總統候選人分別投票。
聯邦黨在此次大選中慘敗，他們並沒有采取過激措施，而是默默地接受了這個結果，因為選舉的程序是合法的，他們沒有理由推翻一次合法的選舉，即使選舉結果令他們非常不滿，甚至危害到他們的利益。這次大選不僅僅是兩黨之間的競爭與角逐，也是美國大眾政治分化的產物，東北部的新英格蘭是聯邦黨的鐵杆支持者，他們希望政府保護國內產業；而南部則是傑斐遜的天下。這種區域政治格局一直持續到現在。
傑斐遜為了彰顯自己的低調與節儉，徒步走到國會大廈，衣衫簡樸地舉行了就職典禮。這次在兩黨之間和平有序的政權交替意義重大，連傑斐遜本人也承認，1800年的大選就是一次革命，其意義不下於1776年的獨立戰爭。