出奔與回歸
正當克勞塞維茨等人忙於改革之時，噩耗降臨了。1812年4月，普魯士國王威廉三世屈服於拿破侖的戰爭威脅，宣布和法國結盟，還準備出兵2萬人協助法軍進攻盟友俄國。消息傳來，沙恩霍斯特、格奈森瑙憤而辭職，而和法軍結下了深仇大恨的克勞塞維茨告別了妻子和朋友，隻身來到俄國，在俄軍總參謀部中擔任了一名顧問。在拿破侖入侵俄國的戰爭中，克勞塞維茨參加了著名的博羅季諾戰役，他和俄軍將士同仇敵愾，最終擊敗了不可一世的法軍。1814年，克勞塞維茨回到了普魯士，擔任了第三軍團參謀長的職務。1915年，在滑鐵盧，正是普魯士人給了拿破侖致命的一擊。
1818年5月9日，克勞塞維茨被任命為柏林軍官學校校長。同年9月，他被晉升為少將，時年38歲。時間仿佛一個輪回，克勞塞維茨在30多年後再次回到了他起步的柏林，此時的他已經沒有了少年時的遠大抱負，隻是想像老師沙恩霍斯特那樣為普魯士培養下一代的軍事人才。可他出奔俄國的行為讓威廉三世心懷不滿，國王始終不給他施展才華的空間。在學校裏，克勞塞維茨隻能過問行政問題，卻不能在教育內容和課程上發表自己的意見。每天早晨，副官進來，不聲不響地鞠個躬，呈上公文，克勞塞維茨再簽上自己的名字，然後一個人待在辦公室裏。這種無所事事的日子簡直就是軍人的毒藥，克勞塞維茨覺得自己必須找到一些事情來打發時間。慢慢地，一個計劃在克勞塞維茨心中誕生了，他打算著書立說，把自己的思想寫下來留給後世。於是，這個懷才不遇的中年軍官開始了辛苦的著書工作。1830年，克勞塞維茨被調往炮兵監察部。臨行前，他將3000多頁的書稿交給妻子，輕聲地對妻子說：“我一直想把這些書稿改完，可惜沒有時間了……這部書算不上是完整的理論大廈，僅僅是構築理論大廈的材料……我想，這部書最好在我離開人世之後再出版吧！”
曠世巨著
1831年11月，克勞塞維茨在柏林染上了霍亂。這種在今天可以醫治的病症在當時卻是“19世紀的世界病”。身染惡疾的克勞塞維茨開始劇烈地嘔吐，很快就出現了脫水和尿毒症等症狀。幾天以後，這位兵學大家與世長辭。為了讓丈夫的思想能夠為世人所知，克勞塞維茨的妻子瑪麗仔細整理了他的書稿，於半年後出版了《卡爾·馮·克勞塞維茨將軍遺著》一書，全書共分十卷，《戰爭論》是其中的前三卷。
《戰爭論》全書共8篇124章，分門別類地研究了130多個大大小小的戰例，其中包括了荷蘭獨立戰爭、拿破侖戰爭、俄國1812年衛國戰爭等許多經典戰例。《戰爭論》的第一篇論述了戰爭的性質，第二、三篇講述了戰爭理論和戰略概論，第五篇到第八篇則詳細談了作者對軍隊、防禦、進攻和戰爭計劃的看法。由於克勞塞維茨本人對德國古典文學和古典哲學有很深的造詣，所以《戰爭論》一書在文字上直接、簡潔而富有藝術氣息，很多話語深刻地更像莎士比亞戲劇中的台詞，比如“戰爭無非是政治通過另一種手段的繼續”，“戰爭就如同一條變色龍，每一次戰爭都有其自己的特色，但戰爭的暴烈性，戰爭的概然性和偶然性卻是其根本屬性之一。”這位校長總是試圖從哲學的高度來論述戰爭，一些讀者被大量哲學邏輯困擾，認為這本著作有些艱澀難懂，而另一部分讀者則對書中的遣詞造句、邏輯關係讚歎不已，認為它是兵書藝術化、哲學化的典範。仁者見仁，智者見智，但無論是老毛奇這樣的資產階級軍事統帥，還是馬克思、列寧這樣的無產階級思想家都非常喜歡這本書，都認為克勞塞維茨是西方一流的軍事學家。