殘酷的鬥爭
腓特烈二世登基稱帝後不久，就和教皇發生了矛盾。這時在位的教皇格利高裏九世是一個性格倔強，行事果斷的人，格利高裏九世覺得腓特烈二世在教廷的支持下撈足了好處，是該為教廷出力的時候了。他命令腓特烈二世率軍參加十字軍東征，腓特烈二世非常順從地率軍出征，可半路上軍中爆發了可怕的瘟疫，腓特烈二世隻得下令撤軍。這一行為徹底激怒了格利高裏九世，他覺得瘟疫不過是個借口，野心勃勃的腓特烈二世試圖挑戰自己的權威才是事實。格利高裏九世越想越生氣，對腓特烈二世使用了絕罰，宣布革除腓特烈二世的教籍。無端受難的皇帝覺得自己真是天大的冤枉，也許是和教皇賭氣，也許是對耶路撒冷的野心，腓特烈二世再度率領大軍出征。
腓特烈二世一路上沒有進行大規模的戰鬥，而是反複地談判、溝通、收買，甚至還使用了政治婚姻這種“家傳法寶”。他和耶路撒冷王國的女繼承人伊莎貝拉結婚，還從埃及蘇丹手中獲得了耶路撒冷及其附近地區。1225年，腓特烈二世加冕成為耶路撒冷國王。這下腓特烈二世可謂不虛此行，抱得美人歸的同時還將王冠戴在了自己的頭上。可他的行為在教皇眼中卻是大逆不道，格利高裏九世以此為借口，派軍隊進攻西西裏王國。這時的腓特烈二世已經不再是巴勒莫王宮中那個無依無靠的孤兒，他有著一支效忠於他的強大軍隊和一大批支持他的普通百姓。得到消息後，腓特烈二世迅速回到西西裏，一舉擊潰了教皇的軍隊，格利高裏九世被迫解除了對腓特烈二世的絕罰，雙方停戰議和。
教皇與皇帝第一輪較量是皇帝勝出，為了洗雪戰敗的恥辱，教皇和曾經挫敗過紅胡子的“倫巴第同盟”結成聯盟，共同對付腓特烈二世這個“紅胡子的後代”。1237年，信奉先下手為強的腓特烈二世率軍攻入意大利，把倫巴第同盟軍打得落花流水，奪取了撒丁島，將西西裏的中央集權體製“嫁接”到了占領區。格利高裏九世再次宣布開除腓特烈二世的教籍，腓特烈二世一不做二不休，率軍圍攻羅馬。不久，腓特烈二世的死敵、教皇格利高裏九世在憤懣中離開了人世。
煙消雲散
格利高裏九世去世後，他的繼任者英諾森四世迫於腓特烈的強勢地位，逃到了法國的裏昂暫避風頭。新任教皇開始借助法國的勢力恢複教廷的地位，還號召各國君主聯合起來對付腓特烈二世。腓特烈二世在戰場上稱雄，在外交和論戰中同樣咄咄逼人，他以牙還牙，給歐洲各君主發去了公開信，在信中聲討教皇對世俗的統治，這也引發了一次神學的大論戰。
1250年12月，腓特烈二世和教皇的鬥爭正進行得如火如荼的時候，皇帝在一次打獵活動中病倒。12月13日，腓特烈二世在弗奧倫蒂諾城堡中離開了這個世界，享年56歲。按照他生前的遺囑，腓特烈二世被安葬在巴勒莫大教堂的地下室，那是他父母安息的地方，他生前沒有得到父母的寵愛，也許死後他能得到些許的寬慰。在中世紀的歐洲，腓特烈二世算得上一位影響深遠的人物，他的大力打擊讓教皇的權威一降再降，他的全力扶持讓德意誌諸侯的勢力愈加膨脹，他對文學藝術的熱愛讓意大利的文化氣氛愈加濃厚，他的傳奇人生至今仍在吟遊詩人的詞句中迸發出光輝。
延伸閱讀
多才多藝的帝王
除了帝王之術爐火純青之外，腓特烈二世還很有語言天賦和藝術創造力，他能用德語、意大利語、法語、拉丁語、希臘語、希伯來語和阿拉伯語7種語言進行對話，這在神聖羅馬帝國的曆代皇帝中無人能及。此外，這位皇帝還寫過詩歌，親手做過人體實驗。他非常關心教育和環保，曾經創辦了西西裏王國的第一所大學——那不勒斯大學。他大力引進阿拉伯和拜占庭帝國的文化。即便用今天的眼光去看，這位皇帝也算得上一個多才多藝的人物。