蕭勁光對林彪避而不見，已心存疑慮。但是他又覺得有些問題不便與葉群談，於是就一般性地談了談自己對工作上的“錯誤”的認識，對李作鵬等揭發信中的一些情況做了些說明，請葉群轉達林彪。臨走時，葉群弦外有音地說：“你身體不好，工作上的事情就不要多管了，讓李作鵬他們幹去。”見蕭勁光不語，葉群又說：“你回去後，不要參加‘三·二’會議了，你放心，李作鵬不會奪你的權。”
1966年2月底到3月初，中央決定成立中央工作小組，召集了全軍範圍內各大軍區、各軍、兵種主要負責人參加的中央工作小組會議，內容是貫徹上海工作會議精神，布置“批羅”。
本來，參加會議的人員中並沒有各大單位的政治部主任，而林彪卻指名讓海軍張秀川參加會議。這樣，海軍有蕭勁光、蘇振華、李作鵬、張秀川四人參加了會議。在會上，李作鵬、張秀川多次搶先發言。他們不顧會議規定的隻“批羅”，不扯本單位的規定，仍舊發言把海軍的問題聯到所謂羅瑞卿“反革命修正主義”問題上去。
5月27日，海軍黨委三屆三次全體會議（即“三·三”會議）在北京召開。當時全國的形勢是，繼報紙上分開批判了鄧拓、吳晗、廖沫沙的“三家村”之後，一場名曰“文化大革命”的運動已從學術領域迅速向政治領導發展。在這種情勢下，海軍的“三·三”會議，不能不受全國形勢的影響，很快被李作鵬等納入預先策劃好的軌道，在海軍搞“羅瑞卿分子”，蕭勁光和蘇振華漸漸陷入被動。他們所作的檢查均沒有被通過，說是上“綱”不夠高，檢查不深刻。蕭勁光思想不通，和軍委派來的聯絡組成員莫陽談過：“說我反對林彪，我怎麼會反對他呢？林副主席主持軍委工作以來，我一直很尊重他，對於突出政治，我也沒有反對。我從一建海軍就提出打好三個樁子，首先就是政治思想樁子。至於強調軍事技術，我是強調了，但是海軍是一個技術性很強、很複雜的軍種，不強調軍事技術怎麼行？不強調軍事技術怎麼能搞海軍？”
在李作鵬的鼓動下，會議以重炮對著蕭勁光和蘇振華，批判他們在海軍執行“羅瑞卿路線”，要他們“坦白從寬，抗拒從嚴”，有的小組已公開提出撤換領導的問題。
7月7日，海軍九名常委列席了軍委第52次常委會議，賀龍、徐向前、葉劍英等軍委常委參加會議，並特請了當時的中央政治局常委陶鑄參加。由葉劍英作了長篇講話。他說：“蕭勁光、蘇振華兩位同誌，在海軍工作十多年，對他們的成績和缺點如何看？這幾年，海軍一開會就搞這個問題……一個人，除非他不做工作，隻要做工作，或多或少，或大或小，總會有錯誤……有人想把蕭、蘇推到黑幫裏去，是黑幫分子就要罷官，蕭、蘇罷官，王宏坤上台，黃袍加身，這意味著什麼……這種形勢發展下去很危險，危險的不是蕭、蘇，危險的是引導會議把蕭、蘇搞成黑幫分子的個別同誌。你們利用群眾的壓力罷了蕭、蘇的官，這說明什麼呢？今天我不是說王宏坤同誌想伸手奪權，我不這樣說。”葉劍英的批評是嚴厲的，他的意思是說，李作鵬利用王宏坤的老資格和其在海軍工作時間長，把他推在前台，自己在後邊搖鵝毛扇。
8月18日，毛澤東在天安門接見紅衛兵。蕭勁光、蘇振華、李作鵬、王宏坤、張秀川都上了天安門。毛澤東看見他們以後，主動過來握手，交談，要他們團結起來。毛澤東對李作鵬、王宏坤等說：“蕭勁光是老同誌、蘇振華是好同誌，你們整蕭勁光、蘇振華做什麼？”毛澤東還與蕭勁光在天安門上合照了一張相。當時蕭勁光手裏拿著紅皮的毛主席語錄，臉上是一副苦笑的表情。以後李作鵬說，凡是毛主席在天安門握過手的人，都是毛主席要保的人。據說，毛澤東幾次聽了林彪等人告狀，要對蕭勁光罷官時，都表示“討嫌”，說海軍司令還要蕭勁光來當，蕭勁光是終身海軍司令的話。可是這就是林彪一夥幾次想打倒蕭而沒有得逞的主要原因。