黨的“九大”以後，隨著“鬥、批、改”的進行，在軍隊黨委和“三支兩軍”人員的具體安排和幫助下，全國各地普遍召開了黨的代表大會，建立了各級地方黨委。
“文化大革命”前擔任各級領導工作、後來被打成“走資派”的許多老幹部已經解放，並重新走上了領導崗位。這樣，軍隊黨委繼續討論決定或包辦地方重大事務的作法與實行地方黨委一元化領導的傳統體製形成了矛盾；“三支兩軍”人員占據各級黨委或革委會主要領導職務的狀況與更多地挑選一些熟悉地方全麵工作和比較有經驗的地方幹部的客觀需要發生了矛盾。正如毛澤東1971年八九月間在外地巡視期間同沿途各地負責同誌的談話中所指出的：“地方黨委已經成立了，應當由地方黨委實行一元化領導。如果地方黨委已經決定了的事，還拿到部隊黨委去討論，這不是搞顛倒了嗎？”上述矛盾的形成，預示著軍隊“三支兩軍”的使命即將終結。
1972年8月，毛澤東建議中共中央認真研究一次“三支兩軍”的問題。隨後，中共中央責成解放軍總政治部、中央組織部作了一次調查研究，並經中央軍委辦公會議討論，代中共中央、中央軍委起草了一個《關於三支兩軍若幹問題的決議（草案）》。8月21日，中共中央、中央軍委向各省、市、自治區黨委，各大軍區、省軍區黨委，軍委各總部、各軍兵種黨委，中央和國務院各部委領導小組發出《關於征詢對三支兩軍問題的意見的通知》，其中附錄了《決定（草案）》。《決定（草案）》提出：鑒於地方黨委已經成立，“三支兩軍”工作必須適應變化了的新情況，在一個地區，應當由當地最高一級的地方黨委，對黨政軍民各個方麵實行一元化領導，省軍區、軍分區、縣人民武裝部三級軍事機構，除了保持軍事係統的垂直領導和隸屬關係外，同時是地方黨委的軍事工作部，受同級地方黨委領導；駐各地的野戰軍，除了接受軍事係統的垂直領導外，在與地方有關的各項工作上，也必須接受所在省、市、自治區黨委的領導。《決定（草案）》規定：為了加強黨的一元化領導，凡是實行軍營的地方和單位，在黨委建立後，軍管即可撤銷。軍管人員除少數需要留下擔任地方工作的以外，其餘調回部隊。少數有某種特殊需要的地方和單位，對外可保留軍管名義，對內不再行使職權。地方各級黨委建立後，各級支左領導機構（如支左領導小組、辦公室、指揮部、聯絡站等）及其辦事機構即應撤銷。已經建立黨委的地方和單位，軍宣隊應即撤回部隊。以後屬於部隊支援地方的各項工作，由部隊政治機關負責。繼續留在地方工作的軍隊幹部，除主管省軍區、軍分區、縣人民武裝部工作的軍政主要負責幹部外，原則上不再兼任軍職。所有留在地方工作的軍隊幹部，應一律由地方黨委統一管理，其黨的組織關係和人事檔案，都要轉到地方。
這個決定草案下發後，雖未再發出正式決定，但全軍即照此執行了。此後，全軍“三支兩軍”人員陸續撤回部隊，需要留在地方工作的人員則就地轉業；支左領導機構也相繼撤銷，“三支兩軍”工作到此結束。
對“三支兩軍”的認識和評價總的來看，“文化大革命”中，在全國各省、市、地、縣的黨政部門道到衝擊，原有的黨的領導係統和政權體係基本癱瘓，國家局勢大有失控危險的嚴重形勢下，人民解放軍通過“三支兩軍”介入地方的“文化大革命”，由軍隊領導代替地方的黨政領導，是必要的。參加“三支兩軍”的人員絕大多數是好的和比較好的。他們在極其困難複雜的情況下，做了大量的工作。由於這些工作，緩和了緊張的局麵，維護了社會秩序、工作秩序和生活秩序，保護了一大批幹部，減少了工農業生產和人民生命財產的損失。
但是，也必須看到，由於“文化大革命”的整個指導思想錯誤，混淆了是非和敵我；“三支兩軍”是在當時局勢混亂的情況下不得不采取的非常措施，參加“三支兩軍”的官兵思想上缺乏準備，又不了解曆史情況，缺乏地方工作的經驗，特別是由於林彪、江青反革命集團的插手、幹擾和破壞，“三支兩軍”中也產生了許多缺點錯誤，帶來了一些消極後果：
（1）“三支兩軍”支持了造反派奪權。“三支兩軍”的核心是支左。軍隊支左，支持造反派起來奪權，砸爛的是無產階級自己的國家，摧毀的是人民民主專政的國家政權，打倒的是革命和建設的領導幹部。
“三支兩軍”，從一開始就把鬥爭對象搞顛倒了。
（2）在支左中，軍隊內部也產生了嚴重的派性。
支左部隊按照毛澤東的指示，雖然提出了“支左不支派的原則”，並盡量采取了“一碗水端平”的態度，然而由於種種原因，軍隊內部也不可避免地出現了派性，這不僅使得地方兩派的對立進一步加深，加劇和延長了某些地區“全麵內戰”的混亂局麵，而且也敗壞了軍隊的風氣，損害了軍隊的團結和統一，破壞了軍隊的建設。
（3）以軍隊幹部為核心的“三結合”革命委員會，把當時部隊盛行的“四個第一”、“突出政治”、“活學活用”等一整套“左”的東西帶進地方工作中，助長了“文化大革命”的“左”傾錯誤，衝擊了生產、科技和文教事業。當時林彪提出：“支持左派，支援地方，首先應該從思想上支持。”《解放軍報》社論也曾提出：支左的過程，“是向廣大群眾傳播毛澤東思想，傳播我軍政治思想工作經驗的過程”。在建立軍管會和革委會後，“三支兩軍”人員運用手中的權力，大力“突出政治”，狠抓“階級鬥爭”，到處搞所謂“政治建廠”、“政治建校”、“該治建隊”。有些人員甚至缺乏實事求是的態度，不顧地方工作的實際情況，機械地搬用軍隊的製度和工作方式，搞“瞎指揮”，給地方的工農業生產和科技文教事業造成一定損失。
（4）在“鬥、批、改”中，“三支兩軍”人員直接領導了所在單位的“鬥、批、改”，然而由於沒有明確的政策界限，加之對立兩派互揪互鬥，製造了一大批冤假錯案。
毛澤東賦予軍隊“三支兩軍”的重任，其動因和出發點是要軍隊支持“造反派”全麵奪權，使“文化大革命”沿著既定的方針繼續下去，但他還試圖把“文化大革命”保持在可控製的範圍之內。同時，人民解放軍由於是黨領導的人民軍隊，具有良好的革命傳統，即使在執行“左”傾錯誤方針的情況下，出於對人民負責的本能，也會自覺或不自覺地限製錯誤的程度和規模，維護黨和人民的利益，這也是“三支兩軍”功過兼有的重要原因。
“文化大革命”後期，為了消除“三支兩軍”造成的消極後果，中央軍委對軍隊各大單位的領導班子作了調整，把一批堅持派性的人調了下去，落實了黨的幹部政策，使人民軍隊的內部團結、優良傳統得到了初步恢複和發揚。
1976年10月粉碎江青反革命集團以後，特別是黨的十一屆三中全會以後，中共中央十分重視進一步消除“三支兩軍”造成的消極後果，人民解放軍和地方各級黨政組織對此做了大量工作。1979年12月14日，中共中央發出的《關於發揚擁軍優屬、擁政愛民的光榮傳統，進一步加強軍政軍民團結的通知》中指出：進一步加強軍政軍民團結的重要一條，是要曆史地看待“三支兩軍”問題。1981年3月，針對當時對怎樣看待“三支兩軍”的問題議論紛紛的情況，鄧小平在同中國人民解放軍總政治部負責同誌談話時明確表示，關於“三支兩軍”問題，隻講一句話不好，一定要講兩句話。“第一句話：當時軍隊不出麵不能維持局麵，出麵是正確的，‘三支兩軍’是起了積極作用的。第二句話：‘三支兩軍’給軍隊造成的危害是很大的，帶來了許多壞的東西，對軍隊的威信損害很大。比如派性，還有一些‘左’的東西，相當大的成分是從那裏來的。”1981年6月，黨的十一屆六中全會通過的《關於建國以來黨的若幹曆史問題的決議》，對“三支兩軍”問題作了科學的結論：“派人民解放軍實行三支兩軍（支左、支工、支農、軍管、軍訓），在當時的混亂情況下是必要的，對穩定局勢起了積極的作用，但也帶來了消極的後果。”
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