對所謂“資產階級反動路線”的批判，產生了十分嚴重的後果。
一是人為地製造了無政府主義。專斷地決定撤出全部工作組，造反派受到莫大的鼓舞，以更激烈的言論和行動造反。黨委（或黨支部）既已癱瘓，工作組又已撤出，各學校繼“踢開黨委鬧革命”之後又“踢開工作組鬧革命”，很快處於無領導的狀態，無政府主義開始泛濫。從6月28日起，江青、陳伯達等人多次提出各校要成立“文革委員會”一類的組織來領導運動，因群眾分裂而成立不了。個別學校有過“文籌”，沒有權威，領導不了運動。這種無政府狀態正符合“天下大亂”的要求。
二是錯誤地否定了中央第一線。在8月4日召開的政治局常委擴大會議上，毛澤東突然發表了十分激烈的講話，指責劉少奇和中央第一線“鎮壓學生運動”，“站在資產階級方麵反對無產階級”，認為不準串連“是鎮壓，是恐怖，這個恐怖來自中央”。
8月5日，在《炮打司令部——我的一張大字報》中指責“從中央到地方的某些領導同誌”“實行白色恐怖”；又在對《人民日報》評論員文章《歡呼北大的一張大字報》所作的批注中號召“堅決抵製”危害革命的錯誤領導。這些都是為改組中央領導機構作輿論準備的。根據毛澤東的意見，八屆十一中全會錯誤地改組了中央領導機構。這次改組的實質，是取消努力堅持八大路線的中央第一線。
三是狂熱地掀起作為造成全國大動亂的重要因素的紅衛兵運動。批判了“鎮壓學生運動”，就堅決支持紅衛兵了。全國第一個紅衛兵組織，是5月29日在清華附中秘密組成的。清華附中紅衛兵6、7月間先後寫出《無產階級的革命造反精神萬歲》、《再論無產階級的革命造反精神萬歲》兩篇文章，其主題就是文中的八個大字：“造反有理”、“越亂越好”。團中央和工作組認為它是反動文章，中央文革小組卻將其送給了毛澤東。毛澤東推薦給八屆十一中全會，又讚揚了紅衛兵的造反精神。8月18日。毛澤東在天安門城樓接見了紅衛兵，紅衛兵給他戴上了紅袖章，由此紅衛兵運動作為批判“資反路線”的產物而風起雲湧。紅衛兵一成運動就衝向社會，衝向全國，進行大串連。毛澤東因為要把“文化大革命”的烈火燃遍全同而支持大串連。短短的三個多月中，到北京串連的達一千幾百萬人次，在全國各地串連的還不知有多少。花費了數以億計的金錢，演出了一場自己搞亂自己、自我戕害的鬧劇——這就是與“資反路線”對立的革命路線！
這些重大錯誤當時都被看成批判“資反路線”的“偉大勝利”，這就必然要導致更大的錯誤。
1966年10月，毛澤東提出“徹底批判資產階級反動路線”。周恩來不同意這一提法，他專門找了毛澤東表明自己的看法，毛澤東仍然堅持自己的意見。林彪10月1日在建國17周年慶祝大會上的講話和《紅旗》雜誌第13期社論《在毛澤東思想的大路上前進》（都經毛澤東審閱過），明確提出“資產階級反對革命（的）路線”、“資產階級反動路線”的概念，公開號召全國對其進行“徹底批判”，這時說：“兩條路線的鬥爭更尖銳、更複雜了。”
在這以前，在八屆十一中全會閉幕以後的四十多天中，有幾個矛盾突出：（一）學校師生在對工作組的看法上的分歧突出。觀點不同，形成派別，鬥爭激烈。盡管具有崇高威望的毛澤東批判了工作組，號召造反，但是由於黨的長期教育或怕將來再來一個“反右派”等原因，大中學校中的多數人仍然認為不能全盤否定黨委和工作組，反對亂揪亂鬥，這是毛澤東和中央文革沒有預料到的。（二）無政府主義突出。特點有三：一是上頭大搞無政府主義。江青等所謂“中央首長”到處講話，任意推翻中央的決定和國務院的規章製度，煽動“矛頭向上”。二是亂揪亂鬥，死揪工作組長、圍攻省（市、區）委一類的事情到處發生。三是打人、抄家成風。
打人大概始於北大六一八事件，隨著六一八事件被視為“革命事件”而在事實上被肯定。周恩來、陳毅、陶鑄等苦口婆心說服學生不要打人，可以說毫無效果。抄家始於破所謂“四舊”，破“四舊”是根據林彪5月18日的講話，由《人民日報》社論《橫掃一切牛鬼蛇神》提出的號召。中央報刊實際上讚揚過抄家，抄家所得還曾被“無產階級司令部”視為“紅衛兵戰果”，抄家之風自然愈刮愈盛。（三）
生產下降突出。8、9月間生產不斷下降，鐵路交通運輸因紅衛兵大串連而驟然變得十分緊張。
在這種情況下，繼林彪10月1日講話和《紅旗》雜誌發表第13期社論之後，10月5日中央又批發了軍委、總政《關於軍隊院校無產階級文化大革命的緊急指示》，宣布取消“軍隊院校的文化大革命在撤出工作組後由院校黨委領導的決定”，宣布取消“那些束縛群眾運動的框框”；並於10月9日至28日召開了20天的以批判“資反路線”為主旨的中央工作會議，毛澤東主持了會議，批發了林彪、陳伯達在會上的長篇講話。從此，造反派對“資反路線”的批判如火如荼，錯誤愈陷愈深，完全混淆了是非。
（一）八屆十一中全會以前就沒有什麼“資反路線”，八屆十一中全會改組中央領導機構以後，劉少奇等實際上已經靠邊挨批，既沒有提出任何主張，更沒有幹預運動，哪有什麼“資反路線”需要“徹底批判”！當時說“路線錯誤”由派工作組演變而來，這是說不通的：1.派工作組即使算作錯誤也早已糾正。工作組早已撤出。周恩來8月22日在清華大學講話，10月9日接見清華紅衛兵代表時講話，都說過：“中央問題在十一中全會已經解決了。”
毛澤東10月25日在中央工作會議上也說過：北京的問題，到現在可以說基本上解決了。2.學校中多數人保黨委保工作組與少數人反黨委反工作組的鬥爭，表麵看來由派工作組引起，實質上是堅持黨的原則與奉行毛澤東晚年錯誤思想的鬥爭。即使從來沒有過派工作組這樣的事，也會發生這類鬥爭。
全盤否定黨委和全盤否定工作組是錯誤的，人們當然要起來抵製。由此可見，問題的症結恰恰在於支持反黨委和反工作組。3.八屆十一中全會閉幕以後的種種矛盾，顯然由批判“資反路線”所引起，不是派工作組造成的。當時批判“資反路線”不擺事實，不講道理，說不出“資反路線”的綱領，說不出為什麼矛頭向上、大亂特亂是正確的，說不出“路線鬥爭”何以“更尖銳、更複雜”了。這也難怪，因為根本不存在什麼“資反路線”，隻好含糊其辭。
（二）本來就“左”了，又批所謂“右”，批“鎮壓革命”，規定“把那些束縛群眾運動的框框統統取消”，南轅北轍，越批越“左”。廣大幹部和群眾有很多正當的顧慮，陳伯達10月10日在中央工作會議上講話卻批判“怕字派”。陳伯達說：“怕字派說，群眾亂來，不講道理，不守規矩，鬧得很糟。怕字派說，群眾把他們習慣的秩序打亂了，使他們的事情不好辦。怕字派說，文化大革命妨礙生產，一鬧文化革命，生產就不好進行了，生產計劃就沒有保證了……”這些明明是正確的反映，卻硬要批判，又講不出道理來，隻好貶之為“怕字派”。
（三）10月5日緊急指示實際上規定了“踢開黨委鬧革命”。緊急指示適用於一切單位，全國各級黨委的領導由此中斷。否定各級黨委的領導就在很大程度上否定了黨的領導。陳伯達等人作過許多辯解，說“黨的領導是毛澤東思想的領導”、“黨的領導是黨中央、毛主席的領導”，這顯然是片麵的。緊急指示何以作此規定？中央何以迫不及待地加以轉發？
無非兩個原因：一是要讓一切黨組織在運動中經受考驗；一是認為黨組織在運動中已成“絆腳石”，不能領導運動。這兩條無疑都是極其錯誤的。說到底，即要“天下大亂”，就隻能依靠造反派，而不可能依靠各級黨委；正是要依靠造反派“火燒”、“炮打”各級黨委，所以，在軍委、總政作出緊急指示宣布取消黨委領導後，中央對此指示立即加以轉發。