在清初抗清鬥爭失敗後，另有一些浙江學者，采用講學、著述等方式，堅持與清朝鬥爭，由此招致殺身滅族之災，此即康、雍、乾三朝綿延一百多年之文字獄。在三朝多達百起以上的文字獄中，最大幾起幾乎都與浙人直接相關，如最早一起文字獄大案康熙初年莊廷《明史案》，雍正朝第一起文字獄大案汪景祺《西征隨筆》案，以及接著發生的查嗣庭“維民所止”試題案，特別是雍正中葉曾靜、呂留良案，這些大案的主角莊、汪、查、呂都是浙江人。其中呂留良字晚村，石門（今屬桐鄉縣）人，服膺黃宗羲終生拒不仕清的氣節，亦隱居鄉間著書立說，宣傳“夷夏之分，大過君臣之倫”，否定清朝統治的合理性。他在著述中從不稱清朝為“大清”、“本朝”，而記南明史事卻滿懷深情。章太炎認為“民族革命，光複舊物之義，自船山、晚村以來，彰彰在人耳目，凡會黨戶知之，凡婦女兒童亦戶知之”。
上述1913年他所開列的授勳名單，在“耆儒碩學著書騰說提倡光複者”一欄中，共開列五人，把呂留良與王夫之、顧炎武、戴名世等並列，可見其推崇之高。盡管清朝對文字獄受害者的打擊極其凶殘，但在經過一次次血腥大案後，仍不時有浙江士人去勇闖文網。乾隆朝著名學者全祖望（鄞縣人），為張煌言、黃宗羲、顧炎武及許多其他明季忠義寫傳記、墓誌銘之類，大膽表彰他們的生平業績和學術。雖然清朝與曆代一樣，統治者在地位穩固後反而表彰前朝忠義，以提倡忠君，故乾隆四十一年諡張煌言為“忠烈”。但其時全祖望早已亡故。且顧炎武、黃宗羲等在抗清失敗後拒不仕清，在清朝看來亦無可表彰。而全祖望卻大膽地表彰這些反清誌士，差點又落入文字獄中。全祖望為明季忠義所寫史傳，在章太炎滋長、形成其“反滿”思想上，曾起過重要影響。章太炎後來回憶自己“弱冠，睹全祖望文，所述南田、台灣諸事甚詳，益奮然欲為浙父老雪恥”。如果說全祖望僥幸逃脫了文字獄的打擊，那麼，天台人齊周華卻硬是將自己所著《名山藏》、《華陽子詩稿》等有明顯“反滿”思想的著作呈送當局，從而有意招致了乾隆三十二年的又一次文字獄大案，甘願以自己受淩遲處死向清朝表示了浙人的不屈之誌。
清廷從多次文字獄中發現江南人“反滿”情緒特別頑強，多數這類犯忌著述皆出諸江南士人之筆，因而特別排斥江南，尤其浙江士人。雍正時曾特發上諭不定期地停止浙江全省鄉、會二試，後又指責浙江“風俗澆漓，人懷不逞”，特在浙江設觀風整俗使加以監察。乾隆八年，翰林院編修杭世駿（杭州人）在應詔建言時，大膽批評清廷排斥江南之士的做法，乾隆帝一怒之下將杭氏革職。章太炎後來論及文字獄和清廷排斥浙江人時說：“此浙人一時之不幸，日後當以此為榮也。”他在許多文章中都對清廷大興文字獄聲罪致討，諸如“胡元雖虐，未有文字之獄……滿洲玄燁以後，誅求日深，反唇腹誹，皆肆市朝。……誅及種嗣，展轉相牽，斷頭千數”，就是文字獄留在他腦中的仇滿情緒之宣泄。
綜上所述，清兵南下時對江南人民的慘烈屠殺，強迫推行令人深惡痛絕的剃發令，江南人民悲壯抗清及無數可歌可泣的史跡，清廷製造一係列文字獄慘案血腥屠戮江南士人……這一切均給許多浙江人埋下刻骨銘心的仇滿種子。雖然時間會衝淡記憶，加以清廷在穩定統治後還不時用“胡蘿卜”籠絡漢族，故浙人之仇滿情緒亦在漸趨淡化，但即令如此，浙人潛意識裏仍充滿仇滿情緒。鴉片戰爭後，清廷一係列腐敗賣國的劣政致使國難加深，激起全國人民日益強烈不滿，太平天國首舉“反滿”振漢的民族主義大旗後，浙人仇滿情緒很快複熾。比如浙江各地民間秘密會黨，就在太平天國入浙後重新崛起。對浙江秘密會社深有研究的陶成章記述道：張煌言抗清失敗後，“一念和尚”以浙東大嵐山為基地，組織一秘密會，謀反清複明，聯絡遠近各地，惜至康熙初、中葉失敗，從此浙江境內會黨勢力幾乎消失。但“及大平天國之師入浙，浙人恢複之思想複活，而會黨之勢乃又熾矣”。太平軍入浙後浙江各地會黨之所以能很快又熾，就因浙人潛意識中的仇滿情緒仍很強烈之故。