它猛烈批判了“夫為妻綱”，激烈譴責了封建禮教對婦女的壓迫、束縛和歧視，批判重男輕女是“至暴亂無理之法”。譚嗣同寫《仁學》之前，在給人的信中還羨慕西方社會“夫婦則自君至民，無置妾之例，又皆出於兩情相願，故伉儷篤重，無妒爭之患，其子孫亦遂無嫡庶相猜忌之患”。他對西方的了解當然很不全麵，但卻表明他對男女平等、婦女解放的向往。在寫《仁學》期間和稍後，他又與梁啟超、汪康年等在上海《時務報》館內，設立“戒纏足會”，倡言“國要開關，女要放足”；他還與黃遵憲、唐才常等在湖南長沙設立“湖南不纏足會”，並為該會擬寫了《嫁娶章程》十條，其中規定會員子女互通婚姻，在婚姻上要“兩家情願”，“以簡省為宜，女家不得絲毫需索聘禮”，“男家尤不得以嫁奩不厚，遽存菲薄之意”，還特地號召“隨地創立女學塾”，以便女子學習文化。
在譚嗣同等倡議下，當時湖南社會風氣漸開，譚嗣同的妻子李閏也參加了婦女解放活動，擔任“中國女學會”的倡辦董事；甚至參加鄉試的考生所用的器物上，也貼上“不纏足會”字樣。譚嗣同對“夫為妻綱”的批判和對婦女解放的提倡，是繼承和發揚了近代中國先進思想家的主張，是對封建主義秩序的勇猛衝擊，是他這位維新誌士思想體係中的一個重要方麵。
《仁學》代表民族資產階級要求分享政權，要求改革封建專製政治的願望，對於“三綱”之首的“君為臣綱”進行了尤為激烈的抨擊。它說：“二千年來君臣一倫，尤為黑暗否塞，無複人理。”並用總括性的語言說：“二千年來之政，秦政也，皆大盜也；二千年來之學，荀學也，皆鄉願也。
惟大盜利用鄉願，惟鄉願工媚大盜。”
譚嗣同為了說明君主專製的不合理，還批駁了“君權神授”這一封建社會的傳統理論，而提出了與之針鋒相對的看法：“生民之初，本無所謂君臣，則皆民也。民不能相治，亦不暇治，於是共舉一民為君”，因此，“君末也，民本也”，君隻是“為民辦事者也”，如果君不為民辦事，民便可以起而“共廢之”！這種觀點不但可能受孟子的民貴君輕論和黃宗羲《明夷待訪錄》的影響，而且與嚴複根據法國資產階級啟蒙學者盧梭《民約論》觀點所寫的《辟韓》一文（發表於1895年3月）的觀點亦很接近。
那時在中國，還沒有人知道君臣和一切國家機器是人類分化為階級時的產物，是階級壓迫的工具，譚嗣同在這裏所說的“共舉一民為君”和君臣是“為民辦事者”之類觀點，當然都不符合曆史實際，但這些見解是對“君權神授”的封建思想的一個打擊，具有重要的進步意義。從君是由民“共舉”的理論出發，《仁學》極力反對“忠君”，認為“止有死事的道理，決無死君的道理”；不僅如此，如果“君為獨夫民賊，而猶以忠事之，是輔桀也，是助紂也”；甚至認為如果君主不善，“人人得而戮之，初無所謂叛逆也”。在皇帝被當作神聖、專製統治密如蛛網的當時，譚嗣同說出這些話是需有很大勇氣的，這是給專製主義和那些向專製主義頂禮膜拜者的有力一棒！
譚嗣同比當時其他維新人物如康有為、嚴複等人激進之處，不但在於他一般地猛烈抨擊封建專製主義，而且還對清朝統治的罪行進行了激烈的譴責。如前所述，他把“二千年來之政”一律斥之為“大盜”之政，而這“二千年來”當然也包括了清朝在內。並且他在指出“二千年來君臣一倫，尤為黑暗否塞，無複人理”之後，緊接著寫道：“沿及今茲，方愈劇矣！”這就是說，“今茲”即清朝的專製主義尤其“黑暗否塞，無複人理”！《仁學》還從多方麵直接揭露和批判了清政府對遊勇、會黨和農工商士各階層的壓迫政策，揭露了清兵入關時“既縱焚掠之軍，又嚴剃發之令，所至屠殺虜掠，莫不如是”的罪行；揭露了清朝“統政府台諫六部九卿督府司道之所朝夕孜孜不已者，不過力製四萬萬人之動，摯其手足，塗塞其耳目，盡驅以入契乎一定不移之鄉願格式”等。他還以沉痛的筆調指出：曆代專製主義的罪行已夠嚴重，而“遼、金、元之罪浮於前此之君主”。
但遼、金、元之罪已有人記載，使後人得以知之，而到了清朝，其罪更重於遼、金、元，卻無人敢於言之，豈“不愈益悲乎”！特別是在外禍極重的當時，“唯變法可以救之”，清政府卻“堅持不變”，硬把中國推向亡國的深淵，這更使譚嗣同憤慨不已。在這種心情下，《仁學》甚至對革命表示了某種同情，說：“洪楊之徒（即太平天國）見苦於君官，鋌而走險，其情良足憫焉”；痛斥鎮壓太平天國的元凶湘軍以“戮民為義”，各地城鄉“一經湘軍之所謂克複，借搜緝捕匪為名，無良莠皆膏之於鋒刃，乘勢淫擄焚掠，無所不至”，因此，那些“中興諸公，正孟子所謂‘服上刑者’……”自從太平天國失敗以來幾十年中，一切見諸文字的清人記述裏，對這次偉大的革命運動，都是誹謗、謾罵和種種不堪入目的汙蔑；而譚嗣同現在卻用相反的筆調寄同情於太平天國，為不久後中國資產階級民主革命家們肯定太平天國首開了風氣，“蓋推崇太平，痛詈曾、胡，自譚嗣同登高一呼以來，幾成為革命黨人之口頭禪”。《仁學》還引《易》經中“湯武革命，順乎天而應乎人”的話，說：“以時考之，華人固可以奮矣！”要求漢人對清朝統治者“勿複夢夢謬引以為同類”；並主張提倡任俠精神、勇敢之風，說：“若其機無可乘，則莫若為任俠，亦足以伸民氣，倡勇敢之風，是亦撥亂之具也。”又說如“審其國之終不治也，則莫若速使其亂，猶冀萬一能治之者也”。這些大膽潑辣、深刻尖銳的言論，是為當時其他大多數維新派人所不敢言的，反映了譚嗣同思想上比其他維新人士激進之處。