闊端和薩班很快談妥了西藏歸順蒙古的條件，主要包括了西藏僧俗領袖向蒙古降附納貢，承認是蒙古汗國的臣民，接受蒙古統治；而蒙古作為回報則維持原來各地僧俗首領職權，並正式委任相應官職。薩班以佛教領袖身份將談判內容轉達給西藏各僧俗領袖，並規勸他們為了佛教和藏族的長遠利益，應當放棄武力抵抗蒙古軍的打算，按照涼州會談的內容歸順蒙古。其中，薩班專門為藏地各界人士寫了一封公開信——《薩迦班智達貢噶堅讚致烏思藏善知識大德及諸施主的信》（也譯為《薩迦班智達致蕃人書》），勸說衛藏各地僧俗勢力歸順蒙古汗國。
薩班不愧是混跡藏地政壇多年的靈魂人物，會談中他施展了傑出的辯論才能和縱橫捭闔的政治手腕。他多次提到了維吾爾歸附蒙古的好處，讓闊端汗明白他的心跡。作為第一個到藏地以外與外族進行談判的宗教領袖，他首先要取悅於以武力為後盾的闊端。當前的政治形勢讓藏地各界不得不麵對一個事實，那就是蒙古大軍隨時有消滅西藏各地勢力的可能，假如拒絕闊端汗的要求，西藏之地便會麵臨滅頂之災。
他還特別強調了各個首領在事關西藏前途命運的重大曆史時期應該看清形勢。他讓各地首領向蒙古舉薦官員，選派能夠信任的人充當信使；把本地官員的名字、民戶數目、貢品數量等繕寫三份，一份送到蒙古，一份存放在薩迦處，一份由本地官員保存。另外，為避免已歸順地區受到未歸順的牽連，需要繪製一幅標明哪些地方已經歸順、哪些地方還沒有歸順的地圖。薩迦的金字使者應當與各地的官員首領商議行事，一切要以眾生的利益為中心，不得以權謀私，作威作福，各地首領也不能未與金字使者商議就擅自作主張。最後，他希望大家能夠萬眾一心，遵守蒙古法令，這樣將會為各地首領以及整個藏地帶來更多的利益。
為了向蒙古表明藏地的忠誠，他建議藏地首領交納金、銀、象牙、大粒珍珠、銀珠、藏紅花、木香、牛黃、虎（皮）、豹（皮）、草豹（皮）、水獺（皮）、烏思地方氆氌等物，這些是蒙古人喜歡的東西。當然，各地也可以進貢自己認為的最佳貢品。
1251年的藏曆九月八日，涼州發生強烈地震，弟子比吉拉傑向薩班詢問為何會發生地震。薩班告訴弟子，一般高僧大德圓寂前都會發生具有征兆的事情，這也是他將追隨諸大德之後的預兆。十一月，薩班已經預感到不久將要離開人世，臨終前，親手將自己的法螺和衣缽傳給年僅17歲的八思巴。薩班用渾濁無神的眼光望著八思巴，希望他能夠繼續他的事業將薩迦派發揚光大；他對恰那多吉也是再三囑托，讓其好好與蒙古統治者合作，加強雙邊的友誼，好好對待蒙古公主，不要忤逆蒙古汗王。十四日淩晨，薩迦班智達手執金剛杵與金鈴交叉置於胸部法輪處，圓寂升天，享年70歲。薩迦班智達的妹妹索巴讓姆（曾協助薩班在涼州建寺弘法），得知薩迦班智達圓寂的消息後，也安然去世。
在具體辦理西藏各地首領歸附蒙古汗國的過程中，薩迦派逐漸取得了高於其他教派和地方首領的地位。1260年，忽必烈即大汗位，封八思巴為國師，賜玉印，命其統領全國佛教。1264年，立總製院管轄全國釋教和吐蕃僧俗政務，以國師領之。
1271年，忽必烈改國號為“元”。西藏歸屬元朝中央政府管轄，中央設置總製院（1288年改為宣政院）；在地方，設烏思藏納裏速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府管理今西藏地區，設吐蕃等路宣慰使司都元帥府管理藏東、滇西北、川西、青海南部等地，設吐蕃等處宣慰使司都元帥府管理今青海、甘肅等省部分藏地。元朝在西藏地方派駐軍隊、設立驛站、清查戶口、征收賦稅，將西藏完全置於中央的統治管轄之下，在西藏地方建立起完整的行政管理體製與製度。
涼州會談，不再隻是一個簡單的政治性會晤，這個曆史性的會晤影響到了整個西藏曆史發展的軌跡。自此，西藏被納入到中央政府的直接管轄之下。經曆了700多年滄桑巨變，西藏已經成為中國不可分割的一部分。