唐鹹通九年（868)，徐州糧料剌官龐勳反抗朝廷征兵戌邊，率眾攻陷徐州、下邳、宿遷。翌年。朝廷發兵圍下邳。不邳人鄭鎰聚眾救援龐勳。後因鎰部下朱玫降唐，兵敗(《資治通鑒》）。不久，黃巢起義軍興。徐州人秦彥從獄中得救後，聚眾數百人，殺下邳令，投入黃巢義軍（《唐書叛臣高駢傳》）。
宋宣和三年，宋江起義軍屢攻淮陽軍（即下邳）其後數年，金人南下淮陽。宋建炎二年後，金為鎮壓農民起義，進而犯宋，派兀術與偽劉豫合兵，自淮陽分道南犯。宋將韓世忠先後五攻淮陽未下（《宋史·韓世忠傳）、《高宗紀））。金皇統元年，邳州農民聚眾20萬，奮起抗擊金兵。金將富拉特領兵三千，分數路追擊。延至金貞祐三年（1215），紅襖義軍數萬襲邳州，破岡子掘，得船數百艘，跨河挺進。行省侯摯與金邳州刺史紇石烈桓端攻之於黃山。紅襖軍走保北山（《金史·宣宗紀》）金興定二年，紅襖軍再攻邳州，被行樞院兵擊潰。十月，金邳州副提控王汝霖，因軍給匱乏，鼓動其部下與宋軍結為內應反金，被行省侯摯遺兵捕殺（《金史·宣宗紀》）。時金朝外受紅襖義軍連年轉戰襲擊，內遭王汝霖之變，為泇強軍事鎮壓力量，於興定五年將行省24自東平遷至邳州。金元光二年（1223），邳州宜經略使祿格，因對行省蒙古綱待下屬嚴奇不滿，與都統金山顏俊率沂州軍士百餘人，晨人行省殺綱據州反，後與紅襖軍領袖李全聯合。十月，為金總帥約赫德剿殺。九年，李全餘黨國用安據徐、宿、邳冀成割據之勢。由於用安先降元、後降金、再歸宋，李全妻楊妙真怒其反複無常，盡殺用安家人，奔走益都。用安遂於紅襖軍決裂，後被元兵擊殺於徐州(《元史·國用安傳》)。
元末，邳州紅巾軍首領李二，因災荒似家藏芝麻一倉賑濟災民，人稱“芝麻李”。至正二年(1351）秋，與趙均用、彭大等聚眾在蕭縣響應劉福通軍，攻打徐州。李二等8人於夜間佯稱“河工”，賺開城門，引大軍奪取徐州城。翌日晨，在霸王樓上豎起大旗，上書“虎賁三千直抵幽燕之地，龍飛九五重開大宋之天”。義軍以徐州為基地，兵四出，頭裹紅巾，殺官吏，開糧倉，釋放囚犯，深得民心。北起山東滕縣，南至安徽壽縣、臨淮等地，群起響應義軍，迅速發展到10餘萬人。次年秋，元右丞相脫脫率重兵來攻，徐州失守，全城慘遭屠殺。後李二被俘，在雄州（今河北雄縣）就義（《元史·順帝紀》）。
明正德七年0512）正月，義軍劉寵、劉宸占領邳州，邳州知州周尚化領兵剿討，義軍敗走郯城。五月，義軍複圍邳州，被邳州督漕禦史張縉擊退，義軍奔走河南(《續通鑒》）。
天啟七年(1627)，張山人、李五、鄭三峰，據山反抗朝廷，在徐、邳、宿一帶攻城略地（《續通鑒》）。
清順治三年（1646）八月，邳州人楊秉孝、王君實等聚眾起義反清，攻打邳州，被邳州漕督沈文奎擊殺（《清史·沈永奎傳》、
鹹豐八年(1858)四月，撚軍任乾部由靈、泗攻入雙溝集入邳境。十月，另支撚軍由台兒莊進灘上。次年四月，撚軍由山東入邳，攻破官湖、窯灣、舊城，擊斃巡檢費檷；北境撚軍破石埠、程家村。兩處殺死官兵154人。十年二月，撚軍複人邳州，破舊城、良壁，殺死清兵74人。十一年五月，撚軍破灘上、官湖，斃邳州總武占魁，殺死清兵133人。九月複入境，參將於殿甲迎戰死；州境東部，殺清兵千餘人，團丁92人(《邳誌補》）。
同治元年(1860)六月，撚軍首領任弗得等入邳州岠山。七月至雙溝複人舊城。十一月，自睢寧至窯灣西入境，擊殺都司張致富於莊家寨。總兵姚廣武等追撚軍入山東。四年正月，清廷派科爾沁親王僧格林沁領官兵至邳剿撚，追擊於官湖，撚軍退駐新安鎮(今睢寧縣新安集）。五月四日，撚軍首領任柱等分路進擊邳、宿、睢。六年八月，撚軍首領賴文光等複人邳東境，破龍池、草橋等圩，殺死清兵80人。提督劉傳銘追擊至宿遷，撚軍去山東。十二月，任柱、賴文光戰死(《鄭誌補》）。
從鹹豐八年至同治六年(1858~1867)，先後9年間，撚軍轉戰邳州10次，殺死清兵和地方地主武裝1500多人，擊斃邳州地方官吏地總、都司、巡檢等4人，給清廷以很大威脅。據《邳誌補》載，撚軍“東走朐、郯，西馳滕、嶧。……官軍尾追，疲於奔命。……集數萬之兵，竭十餘年之力，師既勞矣，時亦久矣，可不謂艱哉。”
水係變遷
邳州地勢自西北向東南傾斜，形成了大多數河道從西北向東南的流向。遠古水係無從查考，根據有關史書和地方誌記載，曆史上河道變遷，秦漢以後，大致可分為:從西漢到北宋、從南宋到清鹹豐四年、從清鹹豐五年到解放三個時期。
從西漢(前201）到宋建炎元年(1127)，為古泗水時期。這一時期邳境內的主要河道有泗水、沂水、武水、祠水(後魏時堙，金時為艾水)、武原水〔隋後為泇水）。沂水從山東經郯、良成入境，流至縣治(今古邳)北分為二，分別從治所東西注人泗水〔在縣治東人泗的為小沂水，後魏時堙）。武、祠、武原三水從山東由北部並列南流，於艾山南合彙後注人泗水。泗水西從彭城縣東流入州境，又東26入宿豫(今宿遷)為當時下邳境內最大的河流。但是流經下邳有千百年曆史的泗水，今天邳州人多不知原委，需要從泗水全部變化情況泇以說明。