南北朝時，南朝劉宋置22州、278郡、1341縣，下邳置為郡，治下邳縣。轄下邳、良城、僮(《宋書·州郡誌》）。蕭齊時期，縣境入北魏。初因前製，仍為郡治所轄下邳，良城、歸正(分下邳南部置）、坊亭(今宿遷市西北部）、柵淵〔今宿遷市西部〕、僮，東南兼宿遷南至臨淮(《魏書·地形誌》）。置武原郡，轄武原、艾山、開遠(分良城置）3縣。魏孝昌元年。（525)，置東徐州下邳郡，仍治下邳。梁武帝中大通二年(530)，歸蕭梁王朝；五年，改置武州，並改下邳縣為歸政縣(《隋書·地理誌》）。北齊因之。南陳宣帝太建七年（575），縣境歸南朝，仍為武州剌史治所(《陳書·宣帝紀》）。太建十-年，再為北周所據，始置邳州，仍置下邳郡下邳縣（《隋書·地理誌》）。武原、艾山、開遠俱廢（《讀書方輿紀要》）。
隋初，全國置9州，190郡、1248縣。下邳郡仍治下邳縣。大業三年（607)，改州為郡，移治宿豫縣(今宿遷市)。下邳郡轄宿豫、下邳、良城、郯、淮陰、夏丘、徐城7縣(《隋書·地理誌》）。
唐代，全國置10道、346府(州）、1646縣。武德四年(621），下邳郡改為州，複遷治下邳縣，郯、良城屬之。貞觀元年（627)省州，下邳縣改屬泗州。天寶3年(742。)改屬臨淮郡，兼轄臨淮（今安徽省鳳陽縣東部），疆域大於魏齊州郡。元和四年（809）屬徐州（《元和郡縣誌》、《舊唐書·地理誌》）。
五代時期，下邳縣均屬徐州(《舊五代史·郡縣考》）。
宋代，全國置26路、294府（軍），1290縣。太平興國七年置淮陽軍，屬京東東路，治下邳，轄宿遷。境域西至銅山、南至泗陽，西南至零(靈）壁，東北至沐陽以西。南宋時，縣境為金所占據，北境兼領蘭陵縣(《太平寰宇記》）。金貞祐三年(1215)，複置邳州（《金史·地理誌》）。
元代，全國置1腹裏〔中書省直隸區〕、11省、188路、1126縣。邳仍稱州，宿遷、睢寧二縣屬之，以州屬汴梁路。至元八年（1271)改屬歸德府。至元十二年改屬淮安府。十五年升為直隸州〔《元史·地理誌》）。
明代，全國置2直隸州、13布政使司、209府（州）、1340縣。洪武元年(1368)，邳州省縣置為直隸州。屬南京中書省，兼轄睢寧、宿遷2縣。州內設受賢、偃武、招賢、修文4鄉。洪武十五年，改屬淮安府（《明史·地理誌》）。割修文鄉屬睢寧〔《邳誌補·疆域》）。
清代，全國置18省、290府（州廣1340縣。康熙二十八年因避水患遷州治所於艾山南洪福山前(今邳城鎮）時稱新邳州，舊治遂稱“古邳”或“舊州”。雍正三年，升邳州為江蘇布政使司直隸州，領宿遷、睢寧二縣。十一年，一並改屬徐州府(《邳州誌》）。
民國初，廢州置邳縣，先後屬徐海道銅山行政督察區，境內設7個區。二十三年（1934），南部河南營地劃屬睢寧縣《邳誌補》。抗日戰爭解放戰爭期間，縣境分屬三方政權。隴海鐵路以北六、七區及一、二區一部為邳縣民主政權轄區，鐵路以南三、四區屬邳睢縣民主政權轄區。二區東部為邳縣國民政府轄區。沿鐵路以北至官湖為偽邳縣公署轄區，直至解放(《邳縣誌》）。