保護農業自然資源和生態環境由於人口和經濟的迅速增長，我國十分有限的農業自然資源開發強度不斷加大，例如非農業占用耕地，草地過牧，森林超采，漁業過度捕撈，加上汙染和生態環境退化，加重了資源的破壞和衰退趨勢。為了實現可持續發展，保護和合理利用自然資源成為急需解決的問題。
長期以來的自然資源無償使用，已造成資源的嚴重浪費，對自然資源保護很不利。
在市場經濟條件下，若仍然保持資源無價（產品高價、原料低價、資源無價）或價格扭曲的局麵，無疑會加重對資源的浪費。因此，必須盡快開展農業自然資源評估估價工作。
當前，由於工業發展和農業化學物質大量施用，農業生態環境受到嚴重汙染。工業排放的廢棄物大部分通過各種途徑最後進入農業生態環境，近年每年發生環境賠償事故數千起，損失糧食100億公斤以上。由於土地和生物資源開發利用不合理，保護措施跟不上，資源衰減和土地退化都很嚴重，農業生態環境退化已成為製約農業綜合生產能力提高的重要原因之一。
農業自然資源可持續利用和生態環境保護的目標是：全國保護耕地、森林、草地、水源、種養殖的動植物品種、野生近緣動植物物種和農區野生物種，加強保護工作體係建設，修訂、補充必要的法規、標準，在2000年前逐步形成農業資源保護的法規體係。
2000年以前，為農業自然資源合理利用和環境保護及有效管理提供真實而公正的價格依據，並以此作為生產要素市場的一個重要的組成部分，作為對農業環境評估、監測的一個有效手段，納入國民經濟核算體係。加強農業環境管理體係建設，通過完善立法、理清農業環境管理的具體職責任務，落實投資渠道，2000年前步入正常工作軌道。
加強農業環境監測體係建設。下世紀初逐步加強重點省地（市）和縣級農業環保站、牧區、漁區和農墾區環保站的建設，形成全國農業環境監測網絡，逐步實現全國農牧漁業生態環境與產品質量的監測和信息係統。
為了達到以上目標，將審理現有與農業自然資源和生態環境有關的法規、標準，明確農業部門在資源與環境保護利用中的職責，補充新的、更專門化的法規、標準；強化農業資源與環境管理體係建設，提高管理效率和能力。建立健全農業資源和環境的數量、質量和分布等性狀的數據庫，並保證數據庫的接續、更新和正常運行。根據農業區劃和農業資源與環境數據庫數據資料，對農業自然資源與環境分類、分區進行評估。建立農業自然資源與環境核算體係，並納入農業及農村經濟核算體係。在估價和核算基礎上，製訂各種資源環境開發利用方案，充分利用研究核算成果，建立監測控製係統和信息網絡，對農業環境變化進行監測、控製。
在製定和實施耕地保護條例的基礎上，將50％左右耕地作為基本農田保護區；改造中低產田，分期分批實施中低產田規劃，加快建設高產穩產農田，促進土地複墾，防治耕地風蝕（農田防護林帶）、水蝕。
在完善農村土地使用製度基礎上，促使農戶秸稈還田多施有機肥。
防治對農村水源特別是人畜飲用水源的汙染，確保大型水源對農村生產和生活用水的配額，對水的供需進行引水和蓄水的合理調度，適當用汙水灌溉農田。
保障大中型能源基地特別是中型電廠電站對農村的能源輸送，發展農村小型能源建設，促進初級能源的換代和轉化，開發新能源、潔淨能源。對未利用和已利用的自然資源，特別是生物資源，進行新使用價值的研究、開發和利用。例如對野生植物資源進行多學科、多功能的研究和開發利用。境外引進新的生物品種資源，並加以改良、選育、區域化，使其具有商業性生產價值，豐富國家種質資源庫。
科技是興農之路我國雖然有曆史悠久的傳統農業技術，但現代農業科學技術在我國無論技術開發、推廣和應用水平都很低，這已經嚴重製約著農業生產的可持續發展，也給農業環境保護帶來了不利影響。