拉市海濕地管理數字化平台建設。拉市海濕地以中華秋沙鴨和黑鸛等國家I、II級重點保護野生動物和高原濕地生態係統為保護對象，孕育著豐富的生物多樣性，是雲南第一個以濕地命名的省級濕地自然保護區，也是國際重要濕地。目前無序旅遊開發和不斷增加的遊客數量極大地威脅到拉市海濕地的保護，保護區濕地生態環境受到幹擾和破壞，特有物種海菜花群落等水生植物分布麵積明顯下降，這也威脅到了鳥類尤其是涉禽類的棲息環境。拉市海濕地管理數字化平台建設，旨在通過建立濕地環境和資源之間的數字化信息係統，實現各級保護部門對拉市海濕地多層次、全方位的動態監控和直觀管理，提高濕地保護區管理水平，同時為全國保護區保護工作提供管理示範。
納帕海濕地保護管理與生態恢複項目。納帕海濕地位於我國生物多樣性三大中心的新特有中心，是許多不同地理成分物種的交彙過渡地帶，蘊含著豐富的動植物資源，是省級保護區，也是國際重要濕地。近年納帕海濕地排水墾殖、無序旅遊和過度放牧等人為活動幹擾不斷加劇，導致濕地陸地化進程加快、濕地生境破碎、濕地環境逐步退化，造成濕地植物數量明顯減少、許多珍稀物種種群數量減少或消失。項目計劃結合全國濕地保護工程，開展納帕海濕地保護管理與生態恢複項目。
4.滇金絲猴保護項目
滇金絲猴這一中國特有珍稀瀕危動物麵臨諸多生存壓力：棲息地喪失或片段化所造成的呈島嶼狀分布的小種群；猖獗的偷獵活動使得種群數量持續下降。滇金絲猴保護項目正是要保護分布在滇藏交界地區雲嶺山脈的滇金絲猴及其所棲息的高寒原始針葉森林。滇金絲猴保護項目開展的工作有：
合作夥伴關係建設。美國大自然保護協會和國家林業局牽頭成立了滇金絲猴保護項目指導委員會，於2005年4月和2006年11月分別召開了會議，於2006年11月成立了滇金絲猴保護協會。
信息管理體係建設。初步建成了一個以地理信息為平台的信息綜合管理決策體係。
基層管理機構能力建設和保護行動。對現有三個滇金絲猴自然保護區完成了管理能力建設的需求評估。組織各基層管理機構（包括雲南白馬雪山國家級自然保護區管理局、西藏紅拉山國家級自然保護區管理局、雲南雲嶺省級自然保護區管理局、雲南雲龍天池省級自然保護區管理局、雲南玉龍縣林業局）完成了滇金絲猴第二次全境地理分布和種群數量調查工作，並在此基礎之上，由各基層管理機構提出了對各滇金絲猴群的巡護管理工作框架。組織各管理基層機構進行了第一次滇金絲猴野外調查巡護管理培訓。在白馬雪山保護區的三個當地自然村（共80戶）實施了木製房頭板替代項目。在老君山地區實施了旨在保護滇金絲猴森林棲息地的農村替代能源項目。
滇金絲猴科研工作。組建了一支強有力的科研隊伍（包括中國科學院動物研究所和中國科學院昆明動物研究所的多名教授和博士）對滇金絲猴保護需求這一核心問題進行研究。完成了對老君山一個滇金絲猴群（約180隻）的生態學及當地人為幹擾對其影響的研究。啟動了白馬雪山保護區滇金絲猴行為生態學工作。完成了滇金絲猴全境生境研究項目。啟動了滇金絲猴南北兩個極端地區的行為生態學研究項目。
5.綠色建築項目