滇西北農村可再生能源與能源利用效率改進項目。自2000年以來，美國大自然保護協會與當地政府部門和相關機構合作，在滇西北的四個項目區內開展實施可再生能源與能源利用效率改進（替代能源）項目。協會推廣的替代能源技術包括節能爐灶、太陽能熱水器、沼氣、微型水力發電機等。截至2006年年底，替代能源項目已經在滇西北地區幫助建造或安裝了1萬多個替代能源設施。2005年初，滇西北替代能源項目贏得了《經濟觀察報》和殼牌公司共同舉辦的“中國可持續發展”十佳案例之一。
綠色鄉村信貸項目。綠色鄉村信貸項目是中國農村能源企業發展項目的一個子項目。中國農村能源企業發展項目由聯合國基金會等機構提供資助，聯合國環境規劃署承擔。該項目致力於在雲南省及周邊地區推廣替代能源，包括支持農村能源企業發展和支持農村能源消費信貸與創收活動（綠色鄉村信貸）兩個部分。美國大自然保護協會中國部負責綠色鄉村信貸子項目在雲南西北部的組織實施。綠色鄉村信貸項目向村民提供消費貸款和創收貸款，其中消費貸款用於安裝或建造替代能源（可再生能源和高能效）設施，創收活動的收益用於償還貸款本金和利息。
清潔室內空氣夥伴關係項目。2004年，替代能源項目得到了美國環境保護署的支持，將替代能源項目的實施與減輕室內空氣汙染結合，通過推廣可靠、清潔、高效、價格低廉的能源技術，減少室內烹飪和取暖造成的危害，從而達到生物多樣性保護與改善項目受益社區健康狀況的雙重目的。該項目調動相關合作夥伴的資源和技術，集中解決克服社會及文化障礙、市場發展、技術標準化和健康影響監測這四個問題。2007年，美國大自然保護協會中國部與中國農村能源行業協會在麗江聯合主辦了“室內空氣質量和替代能源及改良爐具技術國際研討會”。
3.濕地保護項目
針對當前濕地保護與利用之間的問題，結合國家濕地保護行動計劃，該項目以加強濕地保護及合理利用為重要內容，旨在為長江流域的生態安全維護、高原濕地的保護與利用、國家天然濕地公園的建設以及河口海岸濕地的管理和保護起到示範作用。該項目的目標是在位於長江上遊的滇西北典型濕地和長江入海口的崇明河口海岸濕地實施濕地資源保護與合理開發利用、研究和綜合保護。
2009年，由美國大自然保護協會濕地項目和國家林業局濕地保護管理中心、上海市林業局聯合主辦的“中國東部濕地鳥類遷徙網絡研討會”在上海崇明東灘國際會議中心召開。這次會議促進了國內各遷徙鳥類保護區之間、國內和國際專家之間的交流和溝通，為推進我國東部地區候鳥及其棲息地的聯合保護、促進12省1市攜手關心中國東部濕地、關注東亞—澳大利亞候鳥遷徙路線上的濕地健康奠定了良好基礎。會議討論通過了《中國東部濕地鳥類遷徙保護網絡倡議書》。倡議書號召全社會共同關心、保護中國東部濕地的生態環境，為東亞候鳥遷徙路線上遷徙的候鳥提供良好的棲息、停歇、繁殖場所，實施有效管理，為候鳥及其生境保護貢獻力量。與會各方在此間搭建了東亞—澳大利亞鳥類遷徙保護網絡。
濕地保護項目在滇西北開展的工作有：
國家濕地公園建設。濕地公園是具有物種及棲息地保護功能和生態旅遊及環境教育功能的濕地景觀區域，是濕地保護體係的主要組成部分。針對當前濕地保護與開發利用之間的矛盾，在滇西北開展濕地公園建設項目，能有效保護生物多樣性，引導該區地理、生物、人類社會複合係統走向互利共存，促進區域經濟社會的可持續發展。
崇明東灘鳥類國家級自然保護區區域範圍和功能區劃調整研究。上海崇明東灘自然保護區位於亞太候鳥遷飛的重要通道，是魚類洄遊產卵的重要場所，生物多樣性極為豐富，也是全球重要的生態敏感區和國際重要濕地。開展崇明東灘鳥類國家級自然保護區區域範圍和功能區劃調整的研究，不僅為淤漲型河口濕地類型保護區資源利用和保護提供借鑒和示範，還著眼解決存在著的原功能區劃沒有遵循灘塗淤漲的自然過程、沒有體現動態保護的理念；原功能區劃沒有按濕地生態結構功能特點劃分，不能體現關鍵物種棲息地嚴格保護的要求，導致資源保護和利用矛盾突出。2007年，由商務部研究院、通用汽車公司主辦，上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區、美國大自然保護協會等單位協辦的“跨國公司與中國環境保護”高層論壇在上海舉行。